云序生物最新m6A“RNA甲基化”研究匯總—病毒篇

瀏覽次數(shù)：3990　發(fā)布日期：2018-6-11　來源：本站　僅供參考，謝絕轉(zhuǎn)載，否則責(zé)任自負(fù)

RNA甲基化領(lǐng)域是當(dāng)前最耀眼的國(guó)際科研明星，也是國(guó)自然申請(qǐng)的大熱點(diǎn)；究其原因，是因?yàn)樽罱粌赡�，RNA甲基化的功能與分子機(jī)制方面取得了巨大的進(jìn)展。RNA甲基化已被證實(shí)在癌癥發(fā)生發(fā)展，病毒感染，神經(jīng)發(fā)育，干細(xì)胞分化等過程中發(fā)揮著關(guān)鍵作用。今天，我們承接上一期的癌癥篇，為您帶來病毒領(lǐng)域的RNA甲基化研究進(jìn)展。

1.Nature Immunology：DDX46影響抗病毒RNA的去m6A甲基化，抑制細(xì)胞的抗病毒免疫應(yīng)答

影響因子：21.5，2017.8.28

中國(guó)醫(yī)學(xué)科學(xué)院聯(lián)合上海第二軍醫(yī)大學(xué)團(tuán)隊(duì)證實(shí)RNA解旋酶DDX46通過RNA去甲基化修飾，抑制水泡型口炎病毒（VSV）的天然免疫應(yīng)答。那為什么作者會(huì)鎖定DDX46來做研究呢？因?yàn)榇蠖鄶?shù)DDX家族成員參與mRNA剪接，其中有三個(gè)成員（DDX1，DDX3和DDX41）作為胞質(zhì)感受器還參與了抗病毒的天然免疫反應(yīng)。于是，作者希望能夠找到其它參與mRNA剪接且在核內(nèi)影響宿主抗病毒反應(yīng)的DDX家族成員。作者將DDX家族的7個(gè)成員（DDX5，17，23，39，42，46和48）作為候選，應(yīng)用siRNA敲低其表達(dá)，發(fā)現(xiàn)只有敲低DDX46表達(dá)才能顯著增加VSV病毒感染后干擾素的產(chǎn)生。為進(jìn)一步揭示DDX46功能，作者應(yīng)用CLIP測(cè)序，發(fā)現(xiàn)DDX46與抗病毒基因（Mavs，Traf3和Traf6）通過與共有保守結(jié)構(gòu)域CCGGUU結(jié)合而起作用。在分子機(jī)制上，作者以去甲基化酶ALKBH5為研究對(duì)象，應(yīng)用RIP測(cè)序，發(fā)現(xiàn)感染病毒后細(xì)胞核內(nèi)DDX46與ALKBH5結(jié)合顯著增加，使得與DDX46結(jié)合的抗病毒效應(yīng)分子mRNA發(fā)生去甲基化修飾，導(dǎo)致復(fù)合物在核內(nèi)滯留，抑制了抗病毒效應(yīng)分子蛋白的表達(dá)，從而降低干擾素產(chǎn)生，最終抑制抗病毒天然免疫應(yīng)答反應(yīng)。

圖1. RIP測(cè)序檢測(cè)感染DDX46與ALKBH5結(jié)合的增加

2. Nature Microbiology：HIV病毒感染促進(jìn)自身及宿主淋巴細(xì)胞的m6A RNA甲基化
2016.2.22

同樣來自Nature的子刊，加州大學(xué)圣地亞哥醫(yī)學(xué)院Tariq團(tuán)隊(duì)利用HIV感染CD4淋巴細(xì)胞（該細(xì)胞為艾滋病病毒的主要攻擊對(duì)象），在病毒感染增殖期（感染后第3天）取樣進(jìn)行實(shí)驗(yàn)。作者應(yīng)用m6A RNA甲基化測(cè)序和northern blot技術(shù)結(jié)合，證實(shí)HIV-1病毒感染淋巴細(xì)胞后，不管是病毒自身的RNA，還是宿主細(xì)胞的RNA，能促進(jìn)RNA的甲基化反應(yīng)。研究團(tuán)隊(duì)?wèi)?yīng)shRNA，在CD4 T淋巴細(xì)胞敲低m6A甲基轉(zhuǎn)移酶METTL3和METTL14，發(fā)現(xiàn)HIV-1的復(fù)制受到抑制，在敲低甲基轉(zhuǎn)移酶ALKBH5，發(fā)現(xiàn)促進(jìn)了HIV的復(fù)制。作者通過m6A RNA甲基化測(cè)序，檢測(cè)到HIV RNA上有14個(gè)m6A甲基化peak，接著再應(yīng)用m6A RNA甲基化測(cè)序，在受感染CD4 T淋巴細(xì)胞中篩選到56個(gè)因m6A甲基化修飾而差異表達(dá)的轉(zhuǎn)錄因子，GO分析表明這些轉(zhuǎn)錄因子和病毒基因的表達(dá)調(diào)控有密切關(guān)系。為了進(jìn)一步研究病毒RNA甲基化位點(diǎn)功能，作者在第11個(gè)peak的莖環(huán)結(jié)構(gòu)IIB區(qū)將A7877和A7883位點(diǎn)做甲基化處理，發(fā)現(xiàn)人類和病毒RNA中m6A修飾促進(jìn)Rev蛋白和RRE RNA的結(jié)合，從而調(diào)控RNA出核。

圖2. HIV-1病毒感染CD4 T淋巴細(xì)胞后m6A修飾的作用機(jī)制

3. Cell Host & Microbe：m6A RNA甲基化修飾調(diào)控黃病毒感染

影響因子：14.9，2016.11.9

杜克大學(xué)醫(yī)學(xué)院Stacy研究團(tuán)隊(duì)研究了m6A RNA甲基化修飾對(duì)丙型肝炎病毒（HCV）感染的影響。他們發(fā)現(xiàn)，在Huh7細(xì)胞內(nèi)利用siRNA敲低甲基轉(zhuǎn)移酶METTL3和METTL14后，HCV的非結(jié)構(gòu)蛋白NS5A的表達(dá)明顯升高，當(dāng)敲低去甲基化酶FTO后，NS5A蛋白表達(dá)明顯降低。由于NS5A蛋白與HCV的復(fù)制密切相關(guān)，以上研究表明m6A相關(guān)的酶系統(tǒng)調(diào)控HCV感染。研究人員還發(fā)現(xiàn)，YTHDF蛋白可以識(shí)別HCV RNA，并負(fù)調(diào)控HCV子代病毒的產(chǎn)生。由于HCV病毒的復(fù)制主要位于細(xì)胞內(nèi)的脂質(zhì)體內(nèi)，他們利用免疫熒光技術(shù)對(duì)HCV感染的細(xì)胞內(nèi)的YTHDF蛋白進(jìn)行了定位，發(fā)現(xiàn)HCV感染誘導(dǎo)YTHDF蛋白向脂質(zhì)體的定位，識(shí)別并結(jié)合HCV RNA，還在其他黃病毒屬病毒包括登革病毒（DENV2）、黃病毒（YFV）、寨卡病毒（ZIKV）和西尼羅病毒（WNV）中也應(yīng)用m6A RNA甲基化測(cè)序檢測(cè)到m6A修飾位點(diǎn)。綜上，本研究發(fā)現(xiàn)細(xì)胞質(zhì)內(nèi)復(fù)制的HCV病毒存在m6A修飾，在病毒的生命周期內(nèi)扮演重要角色，這也為黃病毒屬疫苗的研究提供了新的切入點(diǎn)。

圖3.黃病毒屬病毒m6A RNA修飾調(diào)控病毒感染機(jī)制

4.Cell Host Microbe：寨卡病毒感染過程中病毒及宿主的m6A RNA甲基化修飾的動(dòng)態(tài)變化

影響因子：14.9，2016.11.9

加州圣地亞哥大學(xué)學(xué)者發(fā)現(xiàn)m6A甲基化不但影響寨卡病毒自身的轉(zhuǎn)錄，還影響宿主RNA的結(jié)構(gòu)和功能，并闡明了相關(guān)作用機(jī)制。作者首先應(yīng)用m6A RNA甲基化測(cè)序，檢測(cè)到m6A在寨卡病毒中高表達(dá)。接著，在293T細(xì)胞內(nèi)利用shRNA敲低甲基轉(zhuǎn)移酶METTL3和METTL14以及去甲基化酶ALKBH5和FTO后，應(yīng)用RIP測(cè)序和Real-time PCR結(jié)合，檢測(cè)寨卡病毒體內(nèi)RNA表達(dá)量，以上研究表明m6A相關(guān)酶系統(tǒng)調(diào)控m6A的甲基化與去甲基化，從而負(fù)調(diào)控病毒的復(fù)制。作者應(yīng)用敲降技術(shù)，敲低YTHDF1-3蛋白的表達(dá)，發(fā)現(xiàn)任意單獨(dú)敲除一種蛋白后，都可促進(jìn)寨卡病毒的復(fù)制，并且敲低YTHDF 2蛋白后，對(duì)病毒復(fù)制的促進(jìn)作用最強(qiáng)。為驗(yàn)證敲降結(jié)果，作者構(gòu)建YTHDF1-3蛋白與pcDNA的重組質(zhì)粒，分別轉(zhuǎn)染至293T細(xì)胞，發(fā)現(xiàn)病毒的復(fù)制受到抑制，并且YTHDF 2的抑制作用最強(qiáng)。敲降和過表實(shí)驗(yàn)共同說明，YTHGF 1-3參與了寨卡病毒感染的過程，并且YTHGF 2蛋白作用最顯著。為進(jìn)一步研究YTHGF 2蛋白作用機(jī)制，作者應(yīng)用WB技術(shù)，檢測(cè)到Y(jié)THGF 2在敲低METTL14或ALKBH5的細(xì)胞中高表達(dá)，并應(yīng)用RT-qPCR技術(shù)，檢測(cè)到敲低ALKBH5后，能顯著促進(jìn)病毒復(fù)制，而METTL14抑制病毒復(fù)制，說明ALKBH5通過直接結(jié)合YTHGF 2，參與病毒復(fù)制過程�？傮w來說，本研究揭示了受寨卡病毒感染宿主細(xì)胞內(nèi)m6A相關(guān)酶的作用機(jī)制。

圖4.宿主體內(nèi)寨卡病毒的作用機(jī)制

5. eLIFE：m6A RNA甲基化調(diào)控HIV-1病毒感染和Gag蛋白表達(dá)

影響因子：7.7，2016.7.2

與加州大學(xué)一樣，來自俄亥俄州立大學(xué)團(tuán)隊(duì)也研究了HIV-1 RNA m6A修飾與病毒感染和基因表達(dá)的關(guān)系。作者應(yīng)用RIP測(cè)序和m6A RNA甲基化測(cè)序，發(fā)現(xiàn)HIV-1感染CD4 Jurkat細(xì)胞，CD4 T淋巴細(xì)胞或293T細(xì)胞后，發(fā)現(xiàn)m6A在細(xì)胞間的修飾位置相似，主要分布在基因組非編碼區(qū)。接著，作者應(yīng)用CLIP和m6A RNA甲基化測(cè)序，檢測(cè)過表達(dá)HIV-1病毒后，Hela或CD4細(xì)胞中YTHDF1-3蛋白的表達(dá)量，旨在檢測(cè)YTHDF蛋白是否能與病毒的m6A位點(diǎn)結(jié)合。結(jié)果發(fā)現(xiàn)三種YTHDF蛋白都可識(shí)別并結(jié)合HIV-1 RNA中的m6A修飾位點(diǎn)。那么既然蛋白和位點(diǎn)是能夠結(jié)合的，那么它們之間是在何處，在何時(shí)，又發(fā)揮著何種功能呢？作者接著在人類癌癥細(xì)胞系中應(yīng)用過表達(dá)和敲降技術(shù)做功能驗(yàn)證，證實(shí)YTHDF蛋白在HIV-1病毒復(fù)制過程中發(fā)揮負(fù)調(diào)控作用。并且，抑制蛋白表達(dá)后，病毒Gag蛋白的表達(dá)明顯抑制，而通過敲降去甲基化酶AlkBH5，F(xiàn)TO或共抑制后，病毒Gag蛋白的表達(dá)明顯升高。

圖5. YTHDF蛋白負(fù)調(diào)控HIV-1病毒表達(dá)

6. PLoS Pathogens：m6A RNA甲基化影響不同類型細(xì)胞感染Kaposi肉瘤病毒后的調(diào)控模式

影響因子：6.6，2018.4.16

伯克利大學(xué)Britta團(tuán)隊(duì)首次揭示了感染Kaposi肉瘤病毒（KSHV）后，細(xì)胞中m6A的分布情況，發(fā)現(xiàn)YTHDF2蛋白在核內(nèi)發(fā)揮作用。作者應(yīng)用超高液相色譜法，發(fā)現(xiàn)受KSHV病毒感染的iSLK 219細(xì)胞（是研究病毒裂解細(xì)胞的模式細(xì)胞），其RNA m6A甲基化位點(diǎn)修飾比對(duì)照組高3倍，說明病毒感染細(xì)胞可促進(jìn)m6A甲基化的修飾。作者通過m6A RNA甲基化測(cè)序研究病毒裂解宿主細(xì)胞期間細(xì)胞RNA中m6A的表達(dá)量，發(fā)現(xiàn)m6A甲基化程度與細(xì)胞裂解程度呈成反比。為驗(yàn)證m6A RNA甲基化測(cè)序結(jié)果，作者應(yīng)用RIP測(cè)序和Real-time PCR技術(shù)檢測(cè)一條與抗病毒相關(guān)通路上6個(gè)基因的結(jié)合和表達(dá)量，發(fā)現(xiàn)該通路的確參與了KSHV病毒的表達(dá)，與m6A RNA甲基化轉(zhuǎn)錄組功能預(yù)測(cè)的結(jié)果一致。作者假設(shè)m6A在KSHV病毒生命周期中起關(guān)鍵作用。通過siRNA敲低iSLK 219和iSLK BAC 16細(xì)胞中METTL3或YTHDF1-3蛋白的表達(dá)，使分別其感染正常293T細(xì)胞，發(fā)現(xiàn)病毒的復(fù)制受抑制，并且病毒裂解反式激活因子ORF50也受到了抑制。通過對(duì)比兩種細(xì)胞的m6A分布，作者發(fā)現(xiàn)在iSLK 219細(xì)胞中，m6A主要調(diào)控前病毒模式，而在iSLK BAC 16細(xì)胞中，m6A主要調(diào)控后病毒模式。綜上，本研究證實(shí)了m6A參與了病毒感染的通路，并且在不同的細(xì)胞類型中差異很大。