DNA甲基化、RNA甲基化、ChIP-seq、單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組等應(yīng)用文章精選
DNA甲基化研究
（1）RRBS項(xiàng)目：DNA甲基化+轉(zhuǎn)錄組等多組學(xué)分析揭示IDH1-R132H突變加劇順鉑誘導(dǎo)腎毒性
期刊：Cell Death & Differentiation 影響因子： IF 13.7 樣本：小鼠 細(xì)胞
本研究通過(guò)簡(jiǎn)化基因組甲基化測(cè)序（RRBS）和對(duì)應(yīng)的轉(zhuǎn)錄組測(cè)序（RNA-seq）分析發(fā)現(xiàn)IDH1-R132H突變會(huì)使得NDUFA1啟動(dòng)子區(qū)甲基化增加，導(dǎo)致其表達(dá)下調(diào)，抑制了NDUFA1和FSP1之間的相互作用，從而影響FSP1在線粒體中的定位及其將泛醌還原為泛醇的能力，線粒體ROS和脂質(zhì)過(guò)氧化物的積累，進(jìn)而加劇順鉑誘導(dǎo)的腎小管上皮細(xì)胞氧化損傷和鐵死亡。這一研究揭示了IDH1-R132H突變?cè)陧樸K誘導(dǎo)的腎損傷中的關(guān)鍵作用，提示靶向NDUFA1和FSP1之間的相互作用可能是防止順鉑誘導(dǎo)腎毒性的治療策略，為攜帶IDH1-R132H突變的腫瘤患者提供更個(gè)性化的治療策略，以減少腎損傷的發(fā)生。
RRBS測(cè)序?qū)Σ町惿险{(diào)啟動(dòng)子區(qū)域的基因進(jìn)行GO富集分析
（2）scRRBS項(xiàng)目：?jiǎn)渭?xì)胞甲基化+轉(zhuǎn)錄組多組學(xué)分析揭示哺乳期母體低蛋白飲食對(duì)子代的跨代傳遞
期刊：Journal of Genetics and Genomics 影響因子： IF 6.6 樣本：小鼠 卵母細(xì)胞
本研究利用母體哺乳期低蛋白飲食（LPD）小鼠模型，展示了母體LPD在哺乳期會(huì)導(dǎo)致存活率下降和生長(zhǎng)遲緩，顯著減少排卵和窩仔大小，并改變雌性LPD子代的新陳代謝、腸道微生物組和卵母細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組。LPD-F1中期II（MII）卵母細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測(cè)序分析結(jié)果表明，差異表達(dá)基因在女性妊娠和多個(gè)代謝過(guò)程中富集。母體LPD導(dǎo)致早期生長(zhǎng)遲緩并損害代謝健康，這些影響可以傳遞超過(guò)兩代。研究還利用采用單細(xì)胞簡(jiǎn)化基因組亞硫酸鹽測(cè)序 （scRRBS）來(lái)分析LPD和LPD-F1卵母細(xì)胞甲基化模式變化部分可以傳遞給F2卵母細(xì)胞，闡明哺乳期間母體營(yíng)養(yǎng)如何影響子代的生殖細(xì)胞 DNA 甲基化，從而探索跨代傳遞機(jī)制。總之，本研究結(jié)果揭示了LPD在哺乳期通過(guò)卵母細(xì)胞表觀遺傳變化跨代傳遞影響子代健康。
（3）微量WGBS項(xiàng)目：微量DNA甲基化分析揭示MeCP2在卵子發(fā)生和卵巢衰老中的表觀遺傳調(diào)控
期刊：Cellular and Molecular Life Sciences 影響因子： IF 8 樣本：小鼠 卵母細(xì)胞
本研究通過(guò)對(duì)野生型ICR小鼠和轉(zhuǎn)基因小鼠的一系列比較分析結(jié)果表明，MeCP2蛋白在原始卵泡和初級(jí)卵泡中高表達(dá)，但在次級(jí)卵泡中幾乎檢測(cè)不到。但在衰老卵巢中，卵母細(xì)胞和顆粒細(xì)胞中的MeCP2蛋白顯著增加。生長(zhǎng)中的卵母細(xì)胞中的MeCP2過(guò)表達(dá)會(huì)導(dǎo)致轉(zhuǎn)錄失調(diào)、DNA高甲基化和基因組不穩(wěn)定，最終導(dǎo)致卵泡生長(zhǎng)停滯和凋亡。DCAF13是Cullin 4-RING（CRL4）E3連接酶的底物識(shí)別接頭，可以靶向MeCP2，并在細(xì)胞和卵母細(xì)胞中被多泛素化以進(jìn)行降解。Dcaf13基因敲除的卵母細(xì)胞表現(xiàn)出MeCP2蛋白積累，并且在MeCP2敲低后部分挽救了由Dcaf13缺失誘導(dǎo)的卵泡生長(zhǎng)停滯。RNA-seq結(jié)果揭示生長(zhǎng)中的卵母細(xì)胞中，大量基因受DCAF13-MeCP2軸調(diào)控。本研究表明，CRL4DCAF13 E3泛素連接酶靶向MeCP2進(jìn)行降解，以確保生長(zhǎng)中的卵母細(xì)胞中正常的DNA甲基化和轉(zhuǎn)錄。此外，在衰老的卵泡中，觀察到DCAF13和DDB1蛋白的死亡，表明了一種潛在調(diào)控卵巢衰老的新機(jī)制。
RNA甲基化研究
（1）m5C RNA-BS項(xiàng)目：RCMS編輯系統(tǒng)在特定細(xì)胞RNA位點(diǎn)的靶向m5C甲基化和去甲基化研究
期刊：Nucleic Acids Research 影響因子： IF 16.6 樣本：細(xì)胞
本研究作者開(kāi)發(fā)了一種基于CRISPR-Cas13d的編輯系統(tǒng)，名為重編程m5C修飾系統(tǒng)（RCMS），用于特定轉(zhuǎn)錄本中的靶向m5C甲基化和去甲基化。通過(guò)m5C RNA-BS等分析揭示RCMS編輯系統(tǒng)能夠精確地在特定RNA位點(diǎn)添加或去除m5C修飾，改變細(xì)胞轉(zhuǎn)錄本穩(wěn)定性。
RCMS dCasRx-NSUN6 編輯器的特異性和非靶甲基化測(cè)序
（2）m5C RNA-BS項(xiàng)目：NSUN2介導(dǎo)m5C修飾代謝重編程促進(jìn)結(jié)直腸癌進(jìn)展
期刊：Advanced Science 影響因子： IF 14.3 樣本：人 腎細(xì)胞
本研究通過(guò)RNA-BS等分析鑒定出m5C甲基轉(zhuǎn)移酶NSUN2在CRC中表達(dá)水平升高及其在結(jié)直腸癌（CRC）中的致癌作用，以及潛在的遺傳和分子機(jī)制。NSUN2誘導(dǎo)的代謝重編程以m5C依賴性方式調(diào)控ENO1表達(dá)增強(qiáng)葡萄糖代謝，導(dǎo)致CRC細(xì)胞中乳酸產(chǎn)生增加。此外，乳酸不僅通過(guò)組蛋白H3K18乳酸化（H3K18la）激活NSUN2轉(zhuǎn)錄，還誘導(dǎo)NSUN2在Lys356殘基（K356）發(fā)生乳酸化，這對(duì)于捕獲靶RNA和ENO1 mRNA m5C修飾至關(guān)重要。
RNA-BS+RNA-seq揭示NSUN2介導(dǎo)m5C修飾靶向CRC中的ENO1導(dǎo)致葡萄糖代謝重編程
（3）m6A項(xiàng)目：MeRIP-seq+RNA-seq揭示不同品種豬肌肉發(fā)育的m6A RNA甲基化差異
期刊：cells 影響因子： IF 5.1 樣本：仔豬 肌肉細(xì)胞
本研究鑒定了大約克豬（Large White, LW）和寧鄉(xiāng)豬（Ningxiang, NX）不同品種新生仔豬肌肉發(fā)育過(guò)程中的差異表達(dá)基因，并通過(guò)MeRIP-seq繪制了m6A甲基化模式。研究結(jié)果表明，m6A修飾在肌肉發(fā)育的新生仔豬階段調(diào)控肌肉細(xì)胞發(fā)育、肌原纖維、細(xì)胞周期和磷酸酶調(diào)節(jié)活性。且LW和NX豬中差異表達(dá)基因主要富集在參與蛋白質(zhì)合成通路中。對(duì)MeRIP-seq和RNA-seq數(shù)據(jù)進(jìn)行聯(lián)合分析，共鑒定出27個(gè)差異表達(dá)且m6A修飾基因。還鑒定出一種典型的肌肉特異性包膜跨膜蛋白WFS1，在LW和NX豬中通過(guò)m6A修飾被差異調(diào)控，進(jìn)一步揭示了m6A修飾以YTHDF2依賴方式加速了WFS1降解。最后鑒定了WFS1最后一個(gè)外顯子中的C21551T導(dǎo)致m6A甲基化變化，從而影響LW和NX豬中的WFS1表達(dá)水平差異。本研究對(duì)NX和LW豬在新生仔豬肌肉發(fā)育期間的m6A修飾進(jìn)行了全面分析，并闡明了m6A修飾對(duì)這兩個(gè)品種WFS1差異表達(dá)的調(diào)控機(jī)制。
DNA與蛋白互作
（1）ChIP-seq項(xiàng)目：HPV編碼的環(huán)狀RNA circE7促進(jìn)頭頸部鱗狀細(xì)胞癌免疫逃逸
期刊：Nature Communications 影響因子： IF 14.7 樣本：人腫瘤組織、小鼠
本研究通過(guò)整合23對(duì)頭頸鱗癌（HNSCC）腫瘤樣本及其鄰近正常組織，以及105個(gè)HNSCC患者的石蠟包埋樣本，結(jié)合細(xì)胞和動(dòng)物實(shí)驗(yàn)、體內(nèi)外實(shí)驗(yàn)，揭示circE7通過(guò)表觀遺傳機(jī)制下調(diào)LGALS9基因（編碼Galectin-9蛋白），從而抑制T細(xì)胞功能和活性，進(jìn)而促進(jìn)HNSCC免疫逃逸。
（2）ChIP-seq項(xiàng)目：c-di-AMP與DasR互作以調(diào)控細(xì)菌生長(zhǎng)、發(fā)育和抗生素合成
期刊：Nature Communications 影響因子： IF 14.7 樣本：紅霉素生產(chǎn)菌
該研究將生產(chǎn)紅霉素的紅霉素生產(chǎn)菌（紅霉糖多孢菌，Saccharopolyspora erythrae）中的DasR鑒定為c-di-AMP的靶標(biāo)，從而揭示c-di-AMP與該細(xì)菌中GlcNAc信號(hào)之間的直接聯(lián)系。研究還表明c-di-AMP結(jié)合刺激了DasR介導(dǎo)的GlcNAc攝取和利用抑制，并描述了c-di-AMP介導(dǎo)形成c-di-AMP連接的DasR二聚體形成的分子機(jī)制。由于GntR家族調(diào)控因子以二聚體形式與DNA互作，因此DasR的有效二聚體化激活了DasR對(duì)其目標(biāo)調(diào)控子的調(diào)節(jié)。具體來(lái)說(shuō)，DAC活性受到DasR的直接轉(zhuǎn)錄調(diào)控，從而形成調(diào)控環(huán)，調(diào)控從營(yíng)養(yǎng)狀態(tài)到形態(tài)分化和抗生素合成的完整信號(hào)級(jí)聯(lián)。最后，系統(tǒng)發(fā)育分析和體外實(shí)驗(yàn)進(jìn)一步表明，c-di-AMP通過(guò)變構(gòu)調(diào)節(jié)發(fā)揮全局調(diào)控作用，并通過(guò)DasR介導(dǎo)的信號(hào)整合在產(chǎn)生c-di-AMP的放線菌中可能是保守且必需的。
ChIP-seq分析在紅霉素產(chǎn)生菌中c-di-AMP升高對(duì)DasR依賴的全基因組影響
單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組
Smart-seq2項(xiàng)目：?jiǎn)渭?xì)胞轉(zhuǎn)錄組測(cè)序揭示光療通過(guò)腦膜淋巴系統(tǒng)改善阿爾茲海默癥（AD）和衰老
期刊：Nature Communications 影響因子： IF 14.7 樣本：小鼠 海馬體
腦膜淋巴管（MLV）參與淀粉樣蛋白β（Aβ）的清除，被認(rèn)為是阿爾茨海默病（AD）的潛在治療靶點(diǎn)。本研究基于MLV的表層空間分布，采用近紅外光調(diào)節(jié)淋巴引流，顯著改善老年小鼠和AD（5xFAD和APP/PS1）小鼠的認(rèn)知，并通過(guò)減少aβ沉積、神經(jīng)炎癥和神經(jīng)元損傷等來(lái)改善AD相關(guān)病理。此外透射電子顯微鏡成像和RNA測(cè)序（Smart-seq2）數(shù)據(jù)表明，通過(guò)光調(diào)節(jié)改善了腦膜淋巴管內(nèi)皮細(xì)胞（MLEC）的線粒體代謝和細(xì)胞連接。這些研究共同表明，近紅外光治療可以通過(guò)恢復(fù)mLEC功能來(lái)增強(qiáng)MLV清除能力，從而改善認(rèn)知功能。總之，光的淋巴引流增強(qiáng)促進(jìn)了衰老和AD小鼠模型的病理緩解和認(rèn)知增強(qiáng)，為神經(jīng)退行性疾病提供了潛在的改善策略。
從海馬體（hippocampus，HPC）組織中提取總RNA并測(cè)序，揭示光對(duì)5xFAD小鼠海馬體相關(guān)基因表達(dá)的改善效果
微生物組
宏基因組測(cè)序項(xiàng)目：多組學(xué)分析揭示玉米青貯好氧變質(zhì)及黃梁木葉精油對(duì)其影響的研究
期刊：Chemical Engineering Journal 影響因子： IF 13.3 樣本：青貯玉米
為了更好地理解青貯飼料的有氧變質(zhì)過(guò)程及其潛在機(jī)制，以及黃梁木Neolamarckia cadamba（NCL）精油對(duì)這一過(guò)程的影響，研究者進(jìn)行了宏基因組學(xué)、轉(zhuǎn)錄組學(xué)和代謝組學(xué)的分析。研究者在2021年制備了全株玉米青貯，并在暴露于空氣中的不同時(shí)間點(diǎn)（0、3、7、14天）進(jìn)行了溫度、發(fā)酵質(zhì)量、微生物群落和代謝物的分析。隨后，提取并分析了NCL精油的成分，并研究了其對(duì)從有氧惡化青貯中分離出的微生物菌株的抗菌活性。最后，在2022年，將NCL精油添加到全株玉米青貯中，研究其對(duì)青貯有氧穩(wěn)定性的影響和機(jī)制。
全株玉米青貯在空氣中暴露14 d的變化
參考文獻(xiàn)：
1、 Lai K, Chen Z, Lin S, Ye K, Yuan Y, Li G, Song Y, Ma H, Mak TW, Xu Y. The IDH1-R132H mutation aggravates cisplatin-induced acute kidney injury by promoting ferroptosis through disrupting NDUFA1 and FSP1 interaction. Cell Death Differ. 2024 Sep 22. pii: 10.1038/s41418-024-01381-8. doi: 10.1038/s41418-024-01381-8. PubMed PMID: 39306640.
2、 Gu LJ, Li L, Li QN, Xu K, Yue W, Qiao JY, Meng TG, Dong MZ, Lei WL, Guo JN, Wang ZB, Sun QY. The transgenerational effects of maternal low-protein diet during lactation on offspring. J Genet Genomics. 2024 Apr 22. pii: S1673-8527(24)00079-1. doi: 10.1016/j.jgg.2024.04.008. PubMed PMID: 38657948.
3、 Ren P, Tong X, Li J, Jiang H, Liu S, Li X, Lai M, Yang W, Rong Y, Zhang Y, Jin J, Ma Y, Pan W, Fan HY, Zhang S, Zhang YL. CRL4DCAF13 E3 ubiquitin ligase targets MeCP2 for degradation to prevent DNA hypermethylation and ensure normal transcription in growing oocytes. Cell Mol Life Sci. 2024 Apr 5;81(1):165. pii: 10.1007/s00018-024-05185-4. doi: 10.1007/s00018-024-05185-4. PubMed PMID: 38578457.
4、 Zhang T, Zhao F, Li J, Sun X, Zhang X, Wang H, Fan P, Lai L, Li Z, Sui T. Programmable RNA 5-methylcytosine (m5C) modification of cellular RNAs by dCasRx conjugated methyltransferase and demethylase. Nucleic Acids Res. 2024 Feb 15. pii: 7608824. doi: 10.1093/nar/gkae110. PubMed PMID: 38366553.
5、 Chen B, et al. Metabolic Recoding of NSUN2-Mediated m5C Modification Promotes the Progression of Colorectal Cancer via the NSUN2/YBX1/m5C-ENO1 Positive Feedback Loop. Adv Sci (Weinh). 2024 May 20:e2309840. doi: 10.1002/advs.202309840. PubMed PMID: 38769664.
6、 Gu H, Xu K, Yu Z, Ren Z, Chen F, Zhou C, Zeng W, Ren H, Yin Y, Bi Y. N6-Methyladenosine RNA Modification Regulates the Differential Muscle Development in Large White and Ningxiang Pigs. Cells. 2024 Oct 21;13(20) pii: cells13201744. doi: 10.3390/cells13201744. PubMed PMID: 39451261.
7、 Ge, J., et al. Human papillomavirus-encoded circular RNA circE7 promotes immune evasion in head and neck squamous cell carcinoma. Nat Commun 15, 8609 (2024). https://doi.org/10.1038/s41467-024-52981-4.
8、 You D,et al. Allosteric regulation by c-di-AMP modulates a complete N-acetylglucosamine signaling cascade in Saccharopolyspora erythraea. Nat Commun. 2024 May 7;15(1):3825.
9、 Wang M, Yan C, Li X, Yang T, Wu S, Liu Q, Luo Q, Zhou F. Non-invasive modulation of meningeal lymphatics ameliorates ageing and Alzheimer's disease-associated pathology and cognition in mice. Nat Commun. 2024 Feb 16;15(1):1453. pii: 10.1038/s41467-024-45656-7. doi: 10.1038/s41467-024-45656-7. PubMed PMID: 38365740.
10、Shuo, Wu & Peishan, Huang & Chao, Zhang & Wei, Zhou & Xiaoyang, Chen & Qing, Zhang. (2024). Novel strategy to understand the aerobic deterioration of corn silage and the influence of Neolamarckia cadamba essential oil by multi-omics analysis. Chemical Engineering Journal. 482. 148715. 10.1016/j.cej.2024.148715.
（1）RRBS項(xiàng)目：DNA甲基化+轉(zhuǎn)錄組等多組學(xué)分析揭示IDH1-R132H突變加劇順鉑誘導(dǎo)腎毒性
期刊：Cell Death & Differentiation 影響因子： IF 13.7 樣本：小鼠 細(xì)胞
本研究通過(guò)簡(jiǎn)化基因組甲基化測(cè)序（RRBS）和對(duì)應(yīng)的轉(zhuǎn)錄組測(cè)序（RNA-seq）分析發(fā)現(xiàn)IDH1-R132H突變會(huì)使得NDUFA1啟動(dòng)子區(qū)甲基化增加，導(dǎo)致其表達(dá)下調(diào)，抑制了NDUFA1和FSP1之間的相互作用，從而影響FSP1在線粒體中的定位及其將泛醌還原為泛醇的能力，線粒體ROS和脂質(zhì)過(guò)氧化物的積累，進(jìn)而加劇順鉑誘導(dǎo)的腎小管上皮細(xì)胞氧化損傷和鐵死亡。這一研究揭示了IDH1-R132H突變?cè)陧樸K誘導(dǎo)的腎損傷中的關(guān)鍵作用，提示靶向NDUFA1和FSP1之間的相互作用可能是防止順鉑誘導(dǎo)腎毒性的治療策略，為攜帶IDH1-R132H突變的腫瘤患者提供更個(gè)性化的治療策略，以減少腎損傷的發(fā)生。
RRBS測(cè)序分析
RRBS測(cè)序?qū)Σ町惿险{(diào)啟動(dòng)子區(qū)域的基因進(jìn)行GO富集分析
期刊：Journal of Genetics and Genomics 影響因子： IF 6.6 樣本：小鼠 卵母細(xì)胞
本研究利用母體哺乳期低蛋白飲食（LPD）小鼠模型，展示了母體LPD在哺乳期會(huì)導(dǎo)致存活率下降和生長(zhǎng)遲緩，顯著減少排卵和窩仔大小，并改變雌性LPD子代的新陳代謝、腸道微生物組和卵母細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組。LPD-F1中期II（MII）卵母細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測(cè)序分析結(jié)果表明，差異表達(dá)基因在女性妊娠和多個(gè)代謝過(guò)程中富集。母體LPD導(dǎo)致早期生長(zhǎng)遲緩并損害代謝健康，這些影響可以傳遞超過(guò)兩代。研究還利用采用單細(xì)胞簡(jiǎn)化基因組亞硫酸鹽測(cè)序 （scRRBS）來(lái)分析LPD和LPD-F1卵母細(xì)胞甲基化模式變化部分可以傳遞給F2卵母細(xì)胞，闡明哺乳期間母體營(yíng)養(yǎng)如何影響子代的生殖細(xì)胞 DNA 甲基化，從而探索跨代傳遞機(jī)制。總之，本研究結(jié)果揭示了LPD在哺乳期通過(guò)卵母細(xì)胞表觀遺傳變化跨代傳遞影響子代健康。
LPD-F1卵母細(xì)胞中的整體DNA高甲基化
LPD-F1卵母細(xì)胞中的差異甲基化區(qū)域（DMRs）分析
（3）微量WGBS項(xiàng)目：微量DNA甲基化分析揭示MeCP2在卵子發(fā)生和卵巢衰老中的表觀遺傳調(diào)控
期刊：Cellular and Molecular Life Sciences 影響因子： IF 8 樣本：小鼠 卵母細(xì)胞
本研究通過(guò)對(duì)野生型ICR小鼠和轉(zhuǎn)基因小鼠的一系列比較分析結(jié)果表明，MeCP2蛋白在原始卵泡和初級(jí)卵泡中高表達(dá)，但在次級(jí)卵泡中幾乎檢測(cè)不到。但在衰老卵巢中，卵母細(xì)胞和顆粒細(xì)胞中的MeCP2蛋白顯著增加。生長(zhǎng)中的卵母細(xì)胞中的MeCP2過(guò)表達(dá)會(huì)導(dǎo)致轉(zhuǎn)錄失調(diào)、DNA高甲基化和基因組不穩(wěn)定，最終導(dǎo)致卵泡生長(zhǎng)停滯和凋亡。DCAF13是Cullin 4-RING（CRL4）E3連接酶的底物識(shí)別接頭，可以靶向MeCP2，并在細(xì)胞和卵母細(xì)胞中被多泛素化以進(jìn)行降解。Dcaf13基因敲除的卵母細(xì)胞表現(xiàn)出MeCP2蛋白積累，并且在MeCP2敲低后部分挽救了由Dcaf13缺失誘導(dǎo)的卵泡生長(zhǎng)停滯。RNA-seq結(jié)果揭示生長(zhǎng)中的卵母細(xì)胞中，大量基因受DCAF13-MeCP2軸調(diào)控。本研究表明，CRL4DCAF13 E3泛素連接酶靶向MeCP2進(jìn)行降解，以確保生長(zhǎng)中的卵母細(xì)胞中正常的DNA甲基化和轉(zhuǎn)錄。此外，在衰老的卵泡中，觀察到DCAF13和DDB1蛋白的死亡，表明了一種潛在調(diào)控卵巢衰老的新機(jī)制。
MeCP2在生長(zhǎng)中的卵母細(xì)胞中過(guò)表達(dá)導(dǎo)致CpG島的DNA高甲基化
RNA甲基化研究
（1）m5C RNA-BS項(xiàng)目：RCMS編輯系統(tǒng)在特定細(xì)胞RNA位點(diǎn)的靶向m5C甲基化和去甲基化研究
期刊：Nucleic Acids Research 影響因子： IF 16.6 樣本：細(xì)胞
本研究作者開(kāi)發(fā)了一種基于CRISPR-Cas13d的編輯系統(tǒng)，名為重編程m5C修飾系統(tǒng)（RCMS），用于特定轉(zhuǎn)錄本中的靶向m5C甲基化和去甲基化。通過(guò)m5C RNA-BS等分析揭示RCMS編輯系統(tǒng)能夠精確地在特定RNA位點(diǎn)添加或去除m5C修飾，改變細(xì)胞轉(zhuǎn)錄本穩(wěn)定性。
RCMS dCasRx-NSUN6 編輯器的特異性和非靶甲基化測(cè)序
（2）m5C RNA-BS項(xiàng)目：NSUN2介導(dǎo)m5C修飾代謝重編程促進(jìn)結(jié)直腸癌進(jìn)展
期刊：Advanced Science 影響因子： IF 14.3 樣本：人 腎細(xì)胞
本研究通過(guò)RNA-BS等分析鑒定出m5C甲基轉(zhuǎn)移酶NSUN2在CRC中表達(dá)水平升高及其在結(jié)直腸癌（CRC）中的致癌作用，以及潛在的遺傳和分子機(jī)制。NSUN2誘導(dǎo)的代謝重編程以m5C依賴性方式調(diào)控ENO1表達(dá)增強(qiáng)葡萄糖代謝，導(dǎo)致CRC細(xì)胞中乳酸產(chǎn)生增加。此外，乳酸不僅通過(guò)組蛋白H3K18乳酸化（H3K18la）激活NSUN2轉(zhuǎn)錄，還誘導(dǎo)NSUN2在Lys356殘基（K356）發(fā)生乳酸化，這對(duì)于捕獲靶RNA和ENO1 mRNA m5C修飾至關(guān)重要。
（3）m6A項(xiàng)目：MeRIP-seq+RNA-seq揭示不同品種豬肌肉發(fā)育的m6A RNA甲基化差異
期刊：cells 影響因子： IF 5.1 樣本：仔豬 肌肉細(xì)胞
本研究鑒定了大約克豬（Large White, LW）和寧鄉(xiāng)豬（Ningxiang, NX）不同品種新生仔豬肌肉發(fā)育過(guò)程中的差異表達(dá)基因，并通過(guò)MeRIP-seq繪制了m6A甲基化模式。研究結(jié)果表明，m6A修飾在肌肉發(fā)育的新生仔豬階段調(diào)控肌肉細(xì)胞發(fā)育、肌原纖維、細(xì)胞周期和磷酸酶調(diào)節(jié)活性。且LW和NX豬中差異表達(dá)基因主要富集在參與蛋白質(zhì)合成通路中。對(duì)MeRIP-seq和RNA-seq數(shù)據(jù)進(jìn)行聯(lián)合分析，共鑒定出27個(gè)差異表達(dá)且m6A修飾基因。還鑒定出一種典型的肌肉特異性包膜跨膜蛋白WFS1，在LW和NX豬中通過(guò)m6A修飾被差異調(diào)控，進(jìn)一步揭示了m6A修飾以YTHDF2依賴方式加速了WFS1降解。最后鑒定了WFS1最后一個(gè)外顯子中的C21551T導(dǎo)致m6A甲基化變化，從而影響LW和NX豬中的WFS1表達(dá)水平差異。本研究對(duì)NX和LW豬在新生仔豬肌肉發(fā)育期間的m6A修飾進(jìn)行了全面分析，并闡明了m6A修飾對(duì)這兩個(gè)品種WFS1差異表達(dá)的調(diào)控機(jī)制。
LW和NX豬肌肉之間差異性m6A修飾比較
DNA與蛋白互作
（1）ChIP-seq項(xiàng)目：HPV編碼的環(huán)狀RNA circE7促進(jìn)頭頸部鱗狀細(xì)胞癌免疫逃逸
期刊：Nature Communications 影響因子： IF 14.7 樣本：人腫瘤組織、小鼠
本研究通過(guò)整合23對(duì)頭頸鱗癌（HNSCC）腫瘤樣本及其鄰近正常組織，以及105個(gè)HNSCC患者的石蠟包埋樣本，結(jié)合細(xì)胞和動(dòng)物實(shí)驗(yàn)、體內(nèi)外實(shí)驗(yàn)，揭示circE7通過(guò)表觀遺傳機(jī)制下調(diào)LGALS9基因（編碼Galectin-9蛋白），從而抑制T細(xì)胞功能和活性，進(jìn)而促進(jìn)HNSCC免疫逃逸。
圖：HN30細(xì)胞中過(guò)表達(dá)circE7的ChIP-seq和ChIP-qPCR分析
（2）ChIP-seq項(xiàng)目：c-di-AMP與DasR互作以調(diào)控細(xì)菌生長(zhǎng)、發(fā)育和抗生素合成
期刊：Nature Communications 影響因子： IF 14.7 樣本：紅霉素生產(chǎn)菌
該研究將生產(chǎn)紅霉素的紅霉素生產(chǎn)菌（紅霉糖多孢菌，Saccharopolyspora erythrae）中的DasR鑒定為c-di-AMP的靶標(biāo)，從而揭示c-di-AMP與該細(xì)菌中GlcNAc信號(hào)之間的直接聯(lián)系。研究還表明c-di-AMP結(jié)合刺激了DasR介導(dǎo)的GlcNAc攝取和利用抑制，并描述了c-di-AMP介導(dǎo)形成c-di-AMP連接的DasR二聚體形成的分子機(jī)制。由于GntR家族調(diào)控因子以二聚體形式與DNA互作，因此DasR的有效二聚體化激活了DasR對(duì)其目標(biāo)調(diào)控子的調(diào)節(jié)。具體來(lái)說(shuō)，DAC活性受到DasR的直接轉(zhuǎn)錄調(diào)控，從而形成調(diào)控環(huán)，調(diào)控從營(yíng)養(yǎng)狀態(tài)到形態(tài)分化和抗生素合成的完整信號(hào)級(jí)聯(lián)。最后，系統(tǒng)發(fā)育分析和體外實(shí)驗(yàn)進(jìn)一步表明，c-di-AMP通過(guò)變構(gòu)調(diào)節(jié)發(fā)揮全局調(diào)控作用，并通過(guò)DasR介導(dǎo)的信號(hào)整合在產(chǎn)生c-di-AMP的放線菌中可能是保守且必需的。
ChIP-seq分析在紅霉素產(chǎn)生菌中c-di-AMP升高對(duì)DasR依賴的全基因組影響
單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組
Smart-seq2項(xiàng)目：?jiǎn)渭?xì)胞轉(zhuǎn)錄組測(cè)序揭示光療通過(guò)腦膜淋巴系統(tǒng)改善阿爾茲海默癥（AD）和衰老
期刊：Nature Communications 影響因子： IF 14.7 樣本：小鼠 海馬體
腦膜淋巴管（MLV）參與淀粉樣蛋白β（Aβ）的清除，被認(rèn)為是阿爾茨海默病（AD）的潛在治療靶點(diǎn)。本研究基于MLV的表層空間分布，采用近紅外光調(diào)節(jié)淋巴引流，顯著改善老年小鼠和AD（5xFAD和APP/PS1）小鼠的認(rèn)知，并通過(guò)減少aβ沉積、神經(jīng)炎癥和神經(jīng)元損傷等來(lái)改善AD相關(guān)病理。此外透射電子顯微鏡成像和RNA測(cè)序（Smart-seq2）數(shù)據(jù)表明，通過(guò)光調(diào)節(jié)改善了腦膜淋巴管內(nèi)皮細(xì)胞（MLEC）的線粒體代謝和細(xì)胞連接。這些研究共同表明，近紅外光治療可以通過(guò)恢復(fù)mLEC功能來(lái)增強(qiáng)MLV清除能力，從而改善認(rèn)知功能。總之，光的淋巴引流增強(qiáng)促進(jìn)了衰老和AD小鼠模型的病理緩解和認(rèn)知增強(qiáng)，為神經(jīng)退行性疾病提供了潛在的改善策略。
微生物組
宏基因組測(cè)序項(xiàng)目：多組學(xué)分析揭示玉米青貯好氧變質(zhì)及黃梁木葉精油對(duì)其影響的研究
期刊：Chemical Engineering Journal 影響因子： IF 13.3 樣本：青貯玉米
為了更好地理解青貯飼料的有氧變質(zhì)過(guò)程及其潛在機(jī)制，以及黃梁木Neolamarckia cadamba（NCL）精油對(duì)這一過(guò)程的影響，研究者進(jìn)行了宏基因組學(xué)、轉(zhuǎn)錄組學(xué)和代謝組學(xué)的分析。研究者在2021年制備了全株玉米青貯，并在暴露于空氣中的不同時(shí)間點(diǎn)（0、3、7、14天）進(jìn)行了溫度、發(fā)酵質(zhì)量、微生物群落和代謝物的分析。隨后，提取并分析了NCL精油的成分，并研究了其對(duì)從有氧惡化青貯中分離出的微生物菌株的抗菌活性。最后，在2022年，將NCL精油添加到全株玉米青貯中，研究其對(duì)青貯有氧穩(wěn)定性的影響和機(jī)制。
全株玉米青貯在空氣中暴露14 d的變化
參考文獻(xiàn)：
1、 Lai K, Chen Z, Lin S, Ye K, Yuan Y, Li G, Song Y, Ma H, Mak TW, Xu Y. The IDH1-R132H mutation aggravates cisplatin-induced acute kidney injury by promoting ferroptosis through disrupting NDUFA1 and FSP1 interaction. Cell Death Differ. 2024 Sep 22. pii: 10.1038/s41418-024-01381-8. doi: 10.1038/s41418-024-01381-8. PubMed PMID: 39306640.
2、 Gu LJ, Li L, Li QN, Xu K, Yue W, Qiao JY, Meng TG, Dong MZ, Lei WL, Guo JN, Wang ZB, Sun QY. The transgenerational effects of maternal low-protein diet during lactation on offspring. J Genet Genomics. 2024 Apr 22. pii: S1673-8527(24)00079-1. doi: 10.1016/j.jgg.2024.04.008. PubMed PMID: 38657948.
3、 Ren P, Tong X, Li J, Jiang H, Liu S, Li X, Lai M, Yang W, Rong Y, Zhang Y, Jin J, Ma Y, Pan W, Fan HY, Zhang S, Zhang YL. CRL4DCAF13 E3 ubiquitin ligase targets MeCP2 for degradation to prevent DNA hypermethylation and ensure normal transcription in growing oocytes. Cell Mol Life Sci. 2024 Apr 5;81(1):165. pii: 10.1007/s00018-024-05185-4. doi: 10.1007/s00018-024-05185-4. PubMed PMID: 38578457.
4、 Zhang T, Zhao F, Li J, Sun X, Zhang X, Wang H, Fan P, Lai L, Li Z, Sui T. Programmable RNA 5-methylcytosine (m5C) modification of cellular RNAs by dCasRx conjugated methyltransferase and demethylase. Nucleic Acids Res. 2024 Feb 15. pii: 7608824. doi: 10.1093/nar/gkae110. PubMed PMID: 38366553.
5、 Chen B, et al. Metabolic Recoding of NSUN2-Mediated m5C Modification Promotes the Progression of Colorectal Cancer via the NSUN2/YBX1/m5C-ENO1 Positive Feedback Loop. Adv Sci (Weinh). 2024 May 20:e2309840. doi: 10.1002/advs.202309840. PubMed PMID: 38769664.
6、 Gu H, Xu K, Yu Z, Ren Z, Chen F, Zhou C, Zeng W, Ren H, Yin Y, Bi Y. N6-Methyladenosine RNA Modification Regulates the Differential Muscle Development in Large White and Ningxiang Pigs. Cells. 2024 Oct 21;13(20) pii: cells13201744. doi: 10.3390/cells13201744. PubMed PMID: 39451261.
7、 Ge, J., et al. Human papillomavirus-encoded circular RNA circE7 promotes immune evasion in head and neck squamous cell carcinoma. Nat Commun 15, 8609 (2024). https://doi.org/10.1038/s41467-024-52981-4.
8、 You D,et al. Allosteric regulation by c-di-AMP modulates a complete N-acetylglucosamine signaling cascade in Saccharopolyspora erythraea. Nat Commun. 2024 May 7;15(1):3825.
9、 Wang M, Yan C, Li X, Yang T, Wu S, Liu Q, Luo Q, Zhou F. Non-invasive modulation of meningeal lymphatics ameliorates ageing and Alzheimer's disease-associated pathology and cognition in mice. Nat Commun. 2024 Feb 16;15(1):1453. pii: 10.1038/s41467-024-45656-7. doi: 10.1038/s41467-024-45656-7. PubMed PMID: 38365740.
10、Shuo, Wu & Peishan, Huang & Chao, Zhang & Wei, Zhou & Xiaoyang, Chen & Qing, Zhang. (2024). Novel strategy to understand the aerobic deterioration of corn silage and the influence of Neolamarckia cadamba essential oil by multi-omics analysis. Chemical Engineering Journal. 482. 148715. 10.1016/j.cej.2024.148715.
標(biāo)簽：
DNA甲基化
- 時(shí)空組學(xué)研究進(jìn)展（二)：?jiǎn)渭?xì)胞RNA測(cè)序數(shù)據(jù)的分析方法
- 時(shí)空組學(xué)研究進(jìn)展（一）：?jiǎn)渭?xì)胞RNA測(cè)序的流程與技術(shù)
- DNA甲基化、RNA甲基化、ChIP-seq、單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組等應(yīng)用文章精選
- RRBS等揭示IDH1-R132H突變通過(guò)DNA甲基化加劇順鉑誘導(dǎo)腎毒性
- MeRIP-seq+RNA-seq揭示不同品種豬肌肉發(fā)育的m6A RNA甲基化差異
- 單細(xì)胞WGBS揭示母源蛋白調(diào)控早期胚胎發(fā)育的DNA甲基化重編程機(jī)制
- Polysome Profiling助力揭示小核仁RNA 調(diào)控細(xì)胞衰老的分子機(jī)制
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