Aivia 11講座視頻回放:復(fù)雜樣品智能識別及自定義處理工作流
瀏覽次數(shù):1281 發(fā)布日期:2022-9-9
來源:徠卡顯微鏡
新增功能!
Aivia 11
AI 加速分析
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深度學(xué)習(xí)分割目標
基于 Cellpose 的物體檢測
Aivia 11結(jié)合了先進的
Cellpose(Stringer,2021)[1]——用于目標檢測的深度學(xué)習(xí)模型。我們提供四種新的Cellpose 分析訣竅為所有人提供基于AI 的2D和3D對象分割,使用者無需具備Python 編程知識或訓(xùn)練深度學(xué)習(xí)模型。
這些模型高度契合各種成像方式和染色條件。無論您的成像實驗涉及DIC系統(tǒng)還是熒光膜染色,基于Cellpose 的目標分割訣竅每次都能夠使您能獲得穩(wěn)健且可重復(fù)的分割結(jié)果。
- 使用 Cellpose 強大的目標檢測深度學(xué)習(xí)模型
- 無需 Python 腳本或深度學(xué)習(xí)模型訓(xùn)練知識
- 利用現(xiàn)有的 Aivia 工具進行日常分析
自
Aivia 9起,我們通過Python 腳本提供了Cellpose ——AI目標分割插件。如今我們將Cellpose集成到現(xiàn)有的分析框架中,Aivia 11工作流程中的深度學(xué)習(xí)細胞分割變得更加簡潔高效。
[1] Stringer C, Wang T, Michaelos M, Pachitariu M. Cellpose: a generalist algorithm for cellular segmentation. Nature Methods. 18: 100-106. (2021)
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多孔板實驗
分析整個實驗
當您的實驗同時具有多個測試條件時,您的分析軟件應(yīng)該能夠一次分析所有條件。在Aivia 11中,我們引入的幾個功能,使您可以在同一平臺中展示、探索和分析多孔板實驗,以快速獲得洞見。
從成像實驗開始,Aivia 11的新界面Experiment Explorer允許您將徠卡多孔板數(shù)據(jù)導(dǎo)入Aivia。您可以瀏覽來自單個孔的圖像或來自Multi-well Navigator的成像結(jié)果,并使用標簽來注釋板中每個孔的實驗條件。
- 使用直觀的導(dǎo)航界面導(dǎo)入和探索整個多孔實驗
- 定義下游分析的實驗條件
- 將結(jié)果導(dǎo)出到 CytoMAP 以進行進一步的數(shù)據(jù)探索
- 支持來自MICA等成像系統(tǒng)的多孔板數(shù)據(jù)格式
您可以在單個 FOV 上使用 Aivia 的內(nèi)置工具分析圖像,并使用新的工作流工具(Workflow Processor)設(shè)計分析流程。然后,將您構(gòu)建的分析流程批量應(yīng)用于整個成像實驗,或用于添加過注釋條件的特定孔內(nèi)的圖像。
從批量分析流程中收集的統(tǒng)計結(jié)果可以導(dǎo)出到
CytoMAP(Stoltzfus,2020)[2],進行進一步的數(shù)據(jù)探索。利用 CytoMAP 的功能(如降維)加速獲取成像實驗中洞見,從而加快您的成果發(fā)布過程。
[2] Stoltzfus CR, Filipek J, Gern BH, et al. CytoMAP: a spatial analysis toolbox reveals features of myeloid cell organization in lymphoid tissues. Cell reports. 31(3): 107523.
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工作流
完整的分析
流程
我們?yōu)槟峁┝吮纫酝叩淖杂啥。在Aivia 11中您可以自定義圖像分析流程。Workflow Processor 允許您設(shè)計“從數(shù)據(jù)導(dǎo)入到目標分類和結(jié)果導(dǎo)出”的完整分析流程。
Workflow Processor 允許您將 Aivia 中的分析工具(圖像增強功能、AI 支持的像素分類器、深度學(xué)習(xí)模型、圖像分析訣竅、測量結(jié)果和目標分類器)整合到同一個工作流中。此外,您還可以設(shè)置多個工作流以連續(xù)運行,從而擴展分析功能。
- 混合搭配 Aivia 的分析工具,創(chuàng)建您自己的分析流程
- 可以從頭開始設(shè)計工作流,也可以根據(jù)以前分析的結(jié)果構(gòu)建工作流
- 批量應(yīng)用自定義工作流,快速獲得結(jié)果
設(shè)計工作流的過程已整合到Aivia 中的分析工具中。“創(chuàng)建工作流(Create a Workflow)”功能可將數(shù)據(jù)分析訣竅中的圖像增強及像素分類器自動加載到Workflow Processor 界面中 , 讓您能夠快速創(chuàng)建批處理流程,將分析應(yīng)用于整個實驗。這樣就無需回憶您采取的每個分析步驟,因此您可以專注于結(jié)果的解析。
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其他改進
- 3D 細胞分析和 3D 細胞姿勢配方的網(wǎng)格預(yù)覽速度更快
- 從標記的圖像創(chuàng)建 2D 和 3D 對象
- AiviaWeb具有永久存儲和自動存檔功能,可作為訂閱選項提供
人工智能不僅僅是一個流行語
Aivia為希望從圖像中提取更多信息的顯微鏡學(xué)家和研究人員提供高性能的圖像處理和展示平臺。Aivia中支持AI的工具簡化了成像分析的關(guān)鍵步驟,并為用戶提供了針對其數(shù)據(jù)量身定制的解決方案。
了解Aivia
深度學(xué)習(xí)
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Teravoxel 3D 渲染
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虛擬現(xiàn)實
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神經(jīng)元示蹤
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3D 跟蹤
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完善的支持
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使用先進 的AI 工具為數(shù)據(jù)量身打造增強、分割和預(yù)測工具
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實時展示數(shù)萬億個體素和數(shù)千個對象
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在沉浸式環(huán)境中交互探索 3D/4D 數(shù)據(jù)集
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使用智能追蹤工具進行快速神經(jīng)元重建
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分析物體運動并探索細胞分裂、分化和命運
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每個訂閱計劃都包含免費升級和技術(shù)支持
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