空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究是很多老師非常感興趣的一種最新組學(xué)研究技術(shù)。做完空間轉(zhuǎn)錄組測(cè)序后，能拿到哪些結(jié)果，是不是存在買家秀和賣家秀的差距？本期，生物芯片生物信息團(tuán)隊(duì)利用已發(fā)表數(shù)據(jù)的實(shí)操分析，為大家展示空間轉(zhuǎn)錄組測(cè)序數(shù)據(jù)結(jié)果。

我們分析了來自10x Genomics 的Visium技術(shù)生成的某腫瘤生物學(xué)數(shù)據(jù)集，SC_S1 、SC_S2兩個(gè)樣本，數(shù)據(jù)分析結(jié)果及展示如下：
 

1. 單樣本降維聚類及可視化
空間轉(zhuǎn)錄組測(cè)序結(jié)果是拿到包含空間位置的每個(gè)spot的轉(zhuǎn)錄信息。因此，根據(jù)結(jié)果，我們可以對(duì)spot為單位的數(shù)據(jù)進(jìn)行降維聚類及組織區(qū)域分布匹配：

圖1 UMAP圖（左）和組織學(xué)圖像（右）

左邊是降維聚類展示圖，總共分成11個(gè)亞群，右邊是將11個(gè)亞群分布回歸到組織塊上。

2. 特定區(qū)域定位展示

根據(jù)空間分布特點(diǎn)，選擇感興趣的類群，進(jìn)行單獨(dú)著色定位：

圖2 不同亞型空間定位圖

3. 多樣本疊加可視化
對(duì)來自不同樣本的數(shù)據(jù)，可以將這些結(jié)果進(jìn)行合并展示，本結(jié)果為兩個(gè)組織區(qū)域接近樣本，合并后的UMAP圖如下：

圖3：多樣本共同可視化UMAP圖

左圖為不同顏色代表不同樣本，右側(cè)為13類不同亞群分類圖

4. 不同類型cluster細(xì)胞類型標(biāo)記
該部分與常規(guī)單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測(cè)序數(shù)據(jù)類似，可以根據(jù)特征marker基因，對(duì)潛在的亞型類型細(xì)胞進(jìn)行標(biāo)記，如下：

圖4 細(xì)胞類型分類圖

5. 多樣本并行分布UMAP可視化
對(duì)于多個(gè)樣本，可以進(jìn)行單獨(dú)的分布展示，以從全局角度對(duì)兩個(gè)樣本進(jìn)行對(duì)比分析，如下圖兩個(gè)不同樣本的UMAP圖：

圖5 多樣本并行UMAP圖可視化展示

6. 同基因不同樣本特征分布可視化
有了上述的分布圖性，可以對(duì)某一個(gè)特征marker基因，在不同樣本中的表達(dá)進(jìn)行可視化展示：

圖6：同個(gè)基因在不同樣本的表達(dá)特征圖

7. 多樣本基因表達(dá)提琴圖展示
當(dāng)然，為展示基因在不同樣本和不同類型亞群分布情況，可以以提琴圖進(jìn)行展示：

圖7：樣本marker基因的提琴圖

不同顏色代表不同的樣本，橫坐標(biāo)為不同亞群，縱坐標(biāo)為基因表達(dá)豐度。

8. 多樣本基因表達(dá)空間分布可視化
當(dāng)然，UMAP圖和提琴圖沒法充分顯示出空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)的優(yōu)勢(shì)，以下在空間組織上進(jìn)行不同樣本基因表達(dá)的同步展示，可充分顯示出同一個(gè)基因在不同樣本中的異同點(diǎn)：

圖8：多個(gè)樣本切片，特定marker的空間組織圖形
 

上述空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析結(jié)果由生物芯片生物信息團(tuán)隊(duì)獨(dú)立完成。你也想要這么漂亮的數(shù)據(jù)？趕緊聯(lián)系我們吧！咨詢電話：400-100-2131