文章導(dǎo)讀:
外泌體是細(xì)胞間傳遞信號(hào)的媒介,直徑在30-200nm,表面具有磷脂雙分子層,內(nèi)部具有豐富內(nèi)含物的小囊泡,其內(nèi)含物包括miRNA,環(huán)狀RNA,LncRNA和mRNA等。以不久前發(fā)表于Nature Cell Biology(影響因子:
19)的文章為例,看一看外泌體中LncRNA的功能機(jī)制是如何研究的。
本篇文章由中山大學(xué)孫逸仙紀(jì)念醫(yī)院宋爾衛(wèi)、蘇士成團(tuán)隊(duì)聯(lián)合發(fā)表,首次揭示了腫瘤相關(guān)巨噬細(xì)胞(TAM)通過(guò)分泌外泌體包裹的LncRNA調(diào)控腫瘤細(xì)胞糖代謝過(guò)程。為了找到外泌體中特有且高表達(dá)的LncRNA,本文作者借助
外泌體LncRNA測(cè)序,對(duì)TAM及對(duì)照組細(xì)胞分泌的外泌體和相關(guān)細(xì)胞分別進(jìn)行測(cè)序,找到了在外泌體中特異性高表達(dá)的LncRNA HISLA。通過(guò)外泌體與腫瘤細(xì)胞共培養(yǎng)、
RNA Pull Down、RIP、ChIP等手段,揭示了LncRNA HISLA通過(guò)抑制轉(zhuǎn)錄因子HIF-1a與PHD2蛋白結(jié)合來(lái)保證HIF-1a穩(wěn)定性,即而維持腫瘤細(xì)胞有氧狀態(tài)在HIF-1a信號(hào)的持續(xù)激活。反過(guò)來(lái),處于顯著無(wú)氧糖酵解狀態(tài)的腫瘤細(xì)胞可分泌大量的乳酸分子,乳酸作用于巨噬細(xì)胞可顯著上調(diào)巨噬細(xì)胞中HISLA表達(dá),從而維持巨噬細(xì)胞來(lái)源的外泌體中HISLA的高豐度裝載。
路線圖:
框中涉及實(shí)驗(yàn)技術(shù),云序提供一站式服務(wù)
理解重點(diǎn):
1.TAM是一種癌癥相關(guān)巨噬細(xì)胞。在遇到癌癥細(xì)胞后,職能發(fā)生180度大轉(zhuǎn)變,成為癌細(xì)胞的“幫兇”,參與癌細(xì)胞促生長(zhǎng),遷移等過(guò)程。目前已發(fā)現(xiàn),TAM中LncRNA能夠以外泌體為媒介參與鄰近癌細(xì)胞糖酵解的過(guò)程。本文想深入探究其中的機(jī)制。本文對(duì)照組:外周血中分離的一種單核巨噬細(xì)胞(MDM)。
2. HIF-1α是一種氧傳感轉(zhuǎn)錄因子,能夠決定葡萄糖的代謝途徑是氧化還是糖酵解(無(wú)氧)。HIF-1α首先被PHD2羥基化,然后被降解。在本文中發(fā)現(xiàn),LncRNA HISLA競(jìng)爭(zhēng)性與PHD2結(jié)合,從而防止HIF-1α降解,達(dá)到增強(qiáng)腫瘤細(xì)胞有氧糖酵解。
3. 葡萄糖作為能量代謝的原料,主要通過(guò)有氧或無(wú)氧(又叫糖酵解)方式代謝產(chǎn)能。而腫瘤細(xì)胞在有氧條件下發(fā)生的糖酵解,產(chǎn)生大量中間產(chǎn)物:乳酸。
正文部分:
1.TAM促進(jìn)有氧糖酵解和抑制乳腺癌細(xì)胞凋亡過(guò)程
借助免疫組化,通過(guò)GLUT3和CD63抗體標(biāo)記乳腺癌組織,發(fā)現(xiàn)糖酵解與TAM相關(guān)。為了實(shí)驗(yàn)準(zhǔn)確性,將每組8例樣本量擴(kuò)大到453例,從而得到了同樣趨勢(shì),說(shuō)明TAM與有氧糖酵解存在很大聯(lián)系。通過(guò)體外共培養(yǎng)實(shí)驗(yàn),進(jìn)一步研究TAM調(diào)控腫瘤有氧糖酵解過(guò)程機(jī)理,發(fā)現(xiàn)乳腺癌細(xì)胞與從組織中分離的原代TAM共培養(yǎng)后,能夠顯著提高糖酵解水平(檢測(cè)指標(biāo)包括:細(xì)胞外酸化程度,葡萄糖消耗量和乳酸量,糖酵解途徑蛋白marker)。同時(shí),發(fā)生有氧糖酵解細(xì)胞的凋亡能力往往很低。
2.TAM激活HIF-1α參與促進(jìn)有氧糖酵解和抑制細(xì)胞凋亡
已有研究報(bào)道HIF-1α可促進(jìn)有氧糖酵解過(guò)程。作者將乳腺癌細(xì)胞與TAM共培養(yǎng)后,發(fā)現(xiàn)HIF-1α蛋白高表達(dá),并且找到了高表達(dá)的原因在于其半衰期很長(zhǎng)。同時(shí),HIF-1α與有氧糖酵解水平呈正比(檢測(cè)指標(biāo)同一)。并且,HIF-1α抑制細(xì)胞凋亡。
3. 高通量測(cè)序篩選在TAM外泌體中高表達(dá)LncRNA
TAM主要研究領(lǐng)域是它們與其他類型細(xì)胞間傳遞遺傳信息的機(jī)制,那外泌體是否是其中的媒介呢?為了解決這個(gè)問(wèn)題,本文對(duì)乳腺癌細(xì)胞上清提取的外泌體進(jìn)行了
LncRNA高通量測(cè)序,測(cè)序組別為三組,分別是TAM與MDM(TAM的對(duì)照組細(xì)胞)提取的巨噬細(xì)胞,TAM與MDM細(xì)胞上清提取的外泌體,乳腺癌細(xì)胞與TAM共培養(yǎng)細(xì)胞與未做處理乳腺癌細(xì)胞(對(duì)照組)。在TAM外泌體組中找到88個(gè)與MDM外泌體相比差異上調(diào)的LncRNA。一切高通量手段都要通過(guò)低通量手段驗(yàn)證,作者借助
LncRNA定量PCR檢測(cè)了7個(gè)指標(biāo),其中有5個(gè)指標(biāo)與測(cè)序結(jié)果一致。
4. TAM外泌體中LncRNA HISLA促進(jìn)糖酵解
通過(guò)前期高通量測(cè)序,找到在三組中都高表達(dá)的LncRNA HISLA。將其敲除后,促進(jìn)了外泌體的分泌。更有趣的是,在與TAM共培養(yǎng)前,抑制乳腺癌細(xì)胞中LncRNA HISLA基因能夠抑制糖酵解。并通過(guò)RNA聚合酶II和III特異性抑制劑:α-amanitin證實(shí),TAM外泌體未影響腫瘤細(xì)胞本身LncRNA轉(zhuǎn)錄過(guò)程,所以受體細(xì)胞中LncRNA HISLA增加主要是由于TAM外泌體中帶來(lái)的。為了觀察外泌體中LncRNA HISLA的形成軌跡,作者在基因上加上生物素標(biāo)簽,通過(guò)動(dòng)態(tài)共聚焦顯微鏡發(fā)現(xiàn)LncRNA HISLA主要由核內(nèi)體RAB7分泌而來(lái)。
5.腫瘤缺氧微環(huán)境中乳酸在TAM中上調(diào)LncRNA
通過(guò)生信軟件預(yù)測(cè)LncRNA HISLA基因啟動(dòng)子區(qū)域與轉(zhuǎn)錄因子PU.1有典型結(jié)合位點(diǎn)。接著,借助
ChIP qPCR實(shí)驗(yàn)證實(shí)兩者是直接結(jié)合的。作者又發(fā)現(xiàn)LncRNA HISLA在TAM中的表達(dá)量遠(yuǎn)高于其他巨噬細(xì)胞MDM,已有研究表明MDM“策反”為TAM細(xì)胞期間,細(xì)胞中性粒細(xì)胞集落刺激因子和乳酸會(huì)差異表達(dá),檢測(cè)后發(fā)現(xiàn)導(dǎo)致LncRNA HISLA上調(diào)的主要原因是乳酸。更有趣的是,作者在TAM中發(fā)現(xiàn)HIF-1α表達(dá)量與LncRNA HISLA相關(guān),并且LncRNA HISLA能夠影響有氧糖酵解的生理表型?偟膩(lái)說(shuō),乳酸在腫瘤缺氧微環(huán)境中起正反饋?zhàn)饔谩?/div>
6. HISLA通過(guò)干擾PHD2與HIF-1α結(jié)合從而維持HIF-1α穩(wěn)定
當(dāng)乳腺癌細(xì)胞與TAM或TAM外泌體共培養(yǎng)時(shí),細(xì)胞的羥甲基化和退化都收到了抑制,而此過(guò)程可能與HIF-1α的羥甲基化和退化有關(guān)。
RNA pull down和
RIP實(shí)驗(yàn)證實(shí)LncRNA HISLA與PHD2(HIF-1α的羥甲基化和退化指示蛋白)是直接結(jié)合的關(guān)系。Fish實(shí)驗(yàn)證實(shí)兩者主要結(jié)合在細(xì)胞質(zhì)。
7. LncRNA HISLA與乳腺癌糖代謝和化療耐受相關(guān)
為驗(yàn)證本次研究成果與臨床的相關(guān)性,作者以453個(gè)乳腺癌患者為樣本,檢測(cè)LncRNA HISLA表達(dá)量與腫瘤糖代謝關(guān)鍵基因(GLUT1,GLUT3,HK2)以及TAM的marker:CD68抗原。結(jié)果顯示LncRNA HISLA在TAM中廣泛表達(dá),檢出率為33%,同時(shí)表達(dá)量與TAM的浸潤(rùn)面積相關(guān)。重要的是,LncRNA HISLA在患者血液外泌體和組織樣本中表達(dá)量相關(guān),且都與TAM相關(guān)。表明在乳腺患者體內(nèi)的TAM通過(guò)抑制LncRNA HISLA表達(dá),從而增強(qiáng)腫瘤糖酵解過(guò)程。另外,作者將LncRNA HISLA表達(dá)情況與臨床病理關(guān)聯(lián),發(fā)現(xiàn)高表達(dá)組與疾病的分級(jí)、分期、淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移及HER2亞型相關(guān)。并且表達(dá)量與GLUT3高表達(dá),患者較差生存情況相關(guān)。總的來(lái)說(shuō),LncRNA HISLA在乳腺癌化療耐藥方面可作為理想的分子標(biāo)志物。
總結(jié):
本文首先通過(guò)
外泌體LncRNA測(cè)序證實(shí)TAM通過(guò)分泌外泌體中LncRNA促進(jìn)乳腺癌細(xì)胞糖酵解過(guò)程。借助分子間相互作用的機(jī)制實(shí)驗(yàn),如
RNA Pull Down,RIP,ChIP等證實(shí)LncRNA HISLA可通過(guò)結(jié)合PHD2蛋白從而維持HIF-1α穩(wěn)定。同時(shí),癌細(xì)胞分泌乳酸對(duì)TAM中LncRNA HISLA具有上調(diào)作用,從而形成了正反饋。臨床大樣本數(shù)據(jù)結(jié)果證實(shí)LncRNA HISLA在TAM中表達(dá),并且與乳腺癌患者糖酵解、化療效果差異和生存期長(zhǎng)短相關(guān)?偟膩(lái)說(shuō),本研究發(fā)現(xiàn)了腫瘤細(xì)胞分泌細(xì)胞外囊泡所攜帶LncRNA具有促進(jìn)腫瘤糖酵解作用。
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https://doi.org/10.1038/s41556-019-0299-0