根據(jù)高通量測序技術對生物體不同個體或群體的基因組進行測序,并與已知的參考基因組比對進行差異分析,獲得大量遺傳變異信息
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動植物全基因組重測序主要是根據(jù)高通量測序技術對生物體不同個體或群體的基因組進行測序,并與已知的參考基因組比對進行差異分析,獲得大量遺傳變異信息,應用于種群遺傳多態(tài)性分析、進化分析、功能基因挖掘、育種等研究領域。
產(chǎn)品優(yōu)勢
◇ 檢測區(qū)域大:全面獲得基因組的變異信息。 ◇ 精準度高:二代測序保證了更準確的測序結果。 |
◇ 效率更高:基于二代測序技術平臺,更高速、高效。 ◇ 檢測范圍廣:可一次性獲得SNV、InDel、SV、CNV等變異信息。 |
技術路線
樣本要求 |
DNA≥3 μg(濃度≥25 ng/μL) |
測序策略 |
Illumina PE150,數(shù)據(jù)量根據(jù)檢測項目決定 |
服務周期 |
14個自然日 |
發(fā)表雜志:Nature Communications IF:12.4 發(fā)表年份:2018
法國的汗蜂有兩種生活模式,一種是生活在較冷地區(qū)的汗蜂,雌蜂沒有助手;另一種是生活在較暖地區(qū)的汗蜂,雌蜂有一個助手。為了研究這種行為模式的差異,作者首先從頭組裝了一只雌蜂的基因組,然后對150個個體進行全基因組重測序。通過關聯(lián)分析,發(fā)現(xiàn)8個區(qū)域的194個SNP存在基因組水平上的顯著差異。其中,最顯著差異的7個SNP富集在ASD相關的基因Syx1a上。該基因已經(jīng)被證明和突觸融合蛋白有關,并且在其他物種中已經(jīng)發(fā)現(xiàn)和社會性行為密切相關。從而證明該基因是汗蜂的社會性行為的重要遺傳因素。
圖1 社會行為及其基因組位置相關的SNP
圖2 syx1a 位點調(diào)控SNPs的功能效應
參考文獻
Kocher S D, Mallarino R, Rubin B E R, et al. The genetic basis of a social polymorphism in halictid bees[J]. Nature communications, 2018, 9(1): 4338.