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Small RNA(包括miRNAs、siRNAs和piRNAs等)是生命活動中重要的調(diào)控因子,在基因表達(dá)調(diào)控、生物個體發(fā)育、代謝紊亂發(fā)揮著重要的作用。
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服務(wù)商: 上海歐易生物科技有限公司 | 查看該公司所有服務(wù) >> |
歐易特色
● 高度靈活性:可研究任一17~35 nt之間小RNA分子
● 高度精確性:可精確到單核苷酸水平,非常有利于區(qū)分高度同源的小RNA分子和鑒定小RNA的多態(tài)性
● 檢測動力學(xué)范圍廣:可在超過6個數(shù)量級范圍內(nèi)實現(xiàn)準(zhǔn)確的序列檢測和定量分析,有利于低豐度小RNA差異表達(dá)的研究
● 數(shù)據(jù)質(zhì)量高:深度測序保證了抽樣隨機性,可靠性和重復(fù)性高,與實時定量PCR結(jié)果具有較高的一致性
small RNA測序項目流程
數(shù)據(jù)分析內(nèi)容
標(biāo)準(zhǔn)數(shù)據(jù)分析
● small RNA測序數(shù)據(jù)預(yù)處理 ·數(shù)據(jù)處理統(tǒng)計 ·Reads長度分布統(tǒng)計·Reads拷貝數(shù)統(tǒng)計
● 序列比對注釋高質(zhì)量Ref tag構(gòu)建
·參考基因組比對 ·miRBase數(shù)據(jù)庫比對注釋·Rfam數(shù)據(jù)庫比對 ·Gene比對 ·Repbase比對·Reads分類注釋匯總
● 已知miRNA鑒定 ● 新miRNA預(yù)測·新miRNA預(yù)測 ·新miRNA二級結(jié)構(gòu)預(yù)測
● miRNA差異分析(已知/新預(yù)測)·miRNA表達(dá)量統(tǒng)計 ·miRNA差異篩選
● 差異miRNA靶基因預(yù)測(已知/新預(yù)測)
·差異miRNA靶基因預(yù)測
·差異miRNA靶基因GO富集分析
·差異miRNA靶基因KEGG富集分析
small RNA測序樣品要求
● Total RNA:≥2 μg
● OD260/280為1.8-2.2
● 適用范圍:真核生物(有、無參考基因組皆可)