轉(zhuǎn)錄組測序及分析，數(shù)據(jù)深入挖掘
 
Illumina 2500 高通量測序平臺，通過信息分析，可獲得基因表達(dá)差異信息、SNP分析、預(yù)測新轉(zhuǎn)錄本等信息，為研究基因的結(jié)構(gòu)和基因的表達(dá)調(diào)控提供了重要的手段。   
 
 
樣品要求
樣品需求量（單次）：≥5μg;
樣品濃度：≥80 ng/μL;
樣品純度：OD260/280≥1.8；OD260/230 ≥1.8；RIN ≥6.0，23S:16S≥1.0
 
實驗流程
提取樣品總RNA后，用帶有Oligo（dT）的磁珠富集真核生物mRNA（若為原核生物，則用試劑盒去除rRNA后進(jìn)入下一步）。加入fragmentationbuffer將mRNA打斷成短片段，以mRNA為模板，用六堿基隨機(jī)引物（randomhexamers）合成第一條cDNA鏈，然后加入緩沖液、dNTPs、RNase H和DNA polymeraseI合成第二條cDNA鏈，在經(jīng)過QiaQuickPCR試劑盒純化并加EB緩沖液洗脫之后做末端修復(fù)、加poly（A）并連接測序接頭，然后用瓊脂糖凝膠電泳進(jìn)行片段大小選擇，最后進(jìn)行PCR擴(kuò)增，建好的測序文庫用IlluminaHiSeq™ 2500進(jìn)行測序。
 
 
分析流程及內(nèi)容：
 

 
標(biāo)準(zhǔn)信息分析
l  對原始數(shù)據(jù)進(jìn)行去除接頭和低質(zhì)量reads的處理
l  測序評估
l  基因表達(dá)注釋
l  基因差異表達(dá)分析
l  預(yù)測新轉(zhuǎn)錄本
l  等位基因差異表達(dá)分析（需正反交實驗設(shè)計）
 
無參考序列信息分析
l  對原始數(shù)據(jù)進(jìn)行去除接頭序列及低質(zhì)量reads的處理；
l  數(shù)據(jù)產(chǎn)出統(tǒng)計及測序數(shù)據(jù)的成分和質(zhì)量評估；
l  組裝結(jié)果分析（Contig長度分布、Unigene*長度分布）；
l  Unigene  功能注釋及COG分類；
l  Unigene  的GO分類；
l  Unigene  代謝通路分析；
l  預(yù)測編碼蛋白框（CDS）；
l  Unigene  表達(dá)差異分析；
l  Unigene  在樣品間的差異GO分類和Pathway 富集性分析；
l  SNP  分析；
l  SSR  開發(fā)及引物設(shè)計；
l  主成分分析（五個或五個以上樣品）；
l  條件特異表達(dá)分析（五個或五個以上樣品）
 
數(shù)字基因表達(dá)（DGE）

• 基因表達(dá)水平分析
• 差異表達(dá)基因分析
• GO/KEGG
• 蛋白相互作用
• 基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建

 
 
 可根據(jù)需求進(jìn)行個性化分析，提供分析代碼，客戶可重現(xiàn)分析。
 
 
另：提供單細(xì)胞測序、LncRNA測序等。

    西農(nóng)生（北京）生物技術(shù)有限公司是開展蛋白質(zhì)組技術(shù)專業(yè)服務(wù)的生物技術(shù)公司,搭建了以Amersham的高通量雙向電泳系統(tǒng)和Bruker公司最先進(jìn)的autoflex II TOF/TOF質(zhì)譜系統(tǒng)為基礎(chǔ)的，配以樣品處理及蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)分析為輔的蛋白質(zhì)技術(shù)平臺，提供從樣品處理到2D膠,直到質(zhì)譜鑒定及數(shù)據(jù)分析的全流程服務(wù)。

   公司擁有樣品前處理實驗室及二維電泳實驗室,質(zhì)譜（bruker autoflex II TOF/TOF）實驗室等,工作由具有蛋白組技術(shù)經(jīng)驗的技術(shù)人員完成，主要員工均具有碩士以上學(xué)歷，多年從事蛋白技術(shù)實踐經(jīng)驗.公司已與全國多家醫(yī)院，高校及科研院所開展了及正在開展蛋白質(zhì)組課題的合作。
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醫(yī)院：北醫(yī)三院，解放軍309醫(yī)院，北京朝陽醫(yī)院，四川大學(xué)華西醫(yī)院，昆明延安醫(yī)院等。
高校：中國農(nóng)業(yè)大學(xué)，北京農(nóng)學(xué)院，北京林業(yè)大學(xué)，河南農(nóng)業(yè)大學(xué)，內(nèi)蒙古農(nóng)業(yè)大學(xué)，青海大學(xué)，重慶醫(yī)科大學(xué)，新疆醫(yī)科大學(xué)等。
科研院所：中科院遺傳與發(fā)育所，中科院海洋所，中科院農(nóng)業(yè)資源中心，中國林業(yè)科學(xué)研究院，醫(yī)科院藥植所，醫(yī)科院病原所，中國CDC營養(yǎng)所，山東省農(nóng)科院等。

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