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單細(xì)胞測序分析及單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組上機(jī)實訓(xùn)培訓(xùn)班通知

瀏覽次數(shù)：10995　發(fā)布日期：2019-7-9　來源：本站　本站原創(chuàng)，轉(zhuǎn)載請注明出處

關(guān)于舉辦“單細(xì)胞測序分析及單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組上機(jī)實訓(xùn)”培訓(xùn)班通知

各有關(guān)單位:

隨著新一代單細(xì)胞測序技術(shù)的快速發(fā)展，在準(zhǔn)確度大大提高的前提下, 進(jìn)一步降低測序成本。由此不斷產(chǎn)生出巨量的分子生物學(xué)數(shù)據(jù)，這些數(shù)據(jù)有著數(shù)量巨大、關(guān)系復(fù)雜的特點(diǎn)，以至于不利用計算機(jī)根本無法實現(xiàn)數(shù)據(jù)的存儲和分析。隨著生物信息學(xué)作為新興學(xué)科迅速蓬勃發(fā)展，正在改變?nèi)藗冄芯可镝t(yī)學(xué)的傳統(tǒng)方式，單細(xì)胞技術(shù)以及數(shù)據(jù)分析技術(shù)已成為探索生物學(xué)底層機(jī)制和研究人類復(fù)雜疾病診斷、治療及預(yù)后的重要工具，廣泛應(yīng)用于生命科學(xué)各個領(lǐng)域，是21世紀(jì)生命科學(xué)與生物技術(shù)的重要戰(zhàn)略前沿和主要突破口。為進(jìn)一步推動我國生物信息學(xué)特別是單細(xì)胞測序的發(fā)展，提高從業(yè)人員的技術(shù)水平，由中科成創(chuàng)（北京）生物技術(shù)有限公司舉辦“單細(xì)胞測序分析及單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組上機(jī)實訓(xùn)”培訓(xùn)班具體事宜通知如下：

一、培訓(xùn)目標(biāo)及特點(diǎn)：

本培訓(xùn)以單細(xì)胞測序技術(shù)的應(yīng)用與數(shù)據(jù)分析、單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組為主題，精心設(shè)計了具有前沿性、實用性和針對性強(qiáng)的理論課程和上機(jī)課程。培訓(xùn)邀請的主講人均是有理論和實際研究經(jīng)驗的人員。學(xué)員通過與專家直接交流，能夠分享到這些頂尖學(xué)術(shù)機(jī)構(gòu)的研究經(jīng)驗和實驗設(shè)計思路。學(xué)員通過集中專題學(xué)習(xí)后能夠擴(kuò)展思路，在研究技術(shù)方面領(lǐng)悟更多。

二、培訓(xùn)對象：

大中專院校生物信息、生物計算、生命科學(xué)、醫(yī)學(xué)、化學(xué)、農(nóng)學(xué)、計算機(jī)科學(xué)、數(shù)學(xué)類專業(yè)的課程負(fù)責(zé)人、一線教師、教研室骨干人員、教學(xué)管理人員；科研單位從事生物、生命科學(xué)、微生物研究的相關(guān)人員；生物、醫(yī)藥、化學(xué)及相關(guān)企業(yè)的領(lǐng)導(dǎo)與技術(shù)骨干。

三、時間地點(diǎn)：2019年8月16日——8月19日 山東青島（時間安排：第1天報到，授課3天）

四丶培訓(xùn)內(nèi)容：

單細(xì)胞測序技術(shù)與應(yīng)用	1. 單細(xì)胞組學(xué)技術(shù)發(fā)展歷程和原理介紹。 2. 單細(xì)胞測序技術(shù)在科研領(lǐng)域的應(yīng)用。 3. 近年單細(xì)胞方向高分文章思路解析。 4. 單細(xì)胞組學(xué)和多組學(xué)整合分析思路和案例介紹。
Linux及R語言入門與實操	1. 常規(guī)基礎(chǔ)Linux命令入門講解及實操訓(xùn)練。 2. R語言簡介及安裝，RStudio的安裝及使用說明。 3. R語言語法介紹及常用命令。 4. 數(shù)據(jù)處理功能及統(tǒng)計應(yīng)用。 5. R語言畫圖實操。
單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析思路及流程	1. 單細(xì)胞實驗處理、建庫及測序。 2. 單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組比對、定量、分群及擬時間分析等分析思路。 3. 單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組轉(zhuǎn)錄因子及功能通路解析。 4. 單細(xì)胞組學(xué)技術(shù)在癌癥、發(fā)育、免疫及在植物、微生物等領(lǐng)域的研究內(nèi)容及思路。
單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析實操	1. 常規(guī)單細(xì)胞組學(xué)數(shù)據(jù)比對。 2. 10X官方單細(xì)胞軟件Cellranger講解及實操。 3. 從基因表達(dá)矩陣開始到marker基因篩選全過程講解及實操。 4. 通過Seurat軟件進(jìn)行PCA及tSNE降維。 5. 單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組細(xì)胞鑒定及聚類分析。 6. 通過Seurat及GSVA等進(jìn)行單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組差異分析。
多組學(xué)整合分析和結(jié)果解讀	1. 轉(zhuǎn)錄組，基因組，表觀分析介紹。 2. RNA和 ATAC-seq等多組學(xué)整合分析。 3. 常規(guī)10X單細(xì)胞ATAC數(shù)據(jù)測序原理簡介、分析流程介紹。 4. 單細(xì)胞免疫組庫測序技術(shù)及應(yīng)用。 5. 組學(xué)分析常用數(shù)據(jù)庫介紹及使用。
單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組軌跡、通路、轉(zhuǎn)錄因子等分析及繪圖實操	1. 通過Monocle軟件進(jìn)行單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組擬時間分析。 2. 通過DAVID及metascape網(wǎng)站進(jìn)行通路富集分析。 3. 通過SCENIC軟件進(jìn)行轉(zhuǎn)錄因子預(yù)測分析。 4. tSNE，小提琴圖，熱圖，網(wǎng)絡(luò)圖，GO、KEGG富集圖，GSEA等圖形繪制。