ATAC-seq最近幾年是比較火的一種測(cè)序技術(shù)。那ATAC-seq技術(shù)到底什么呢？ATAC-seq的全稱是Assay for Transposase Accessible Chromatin using sequencing, 運(yùn)用測(cè)序手段研究轉(zhuǎn)座酶可接近的染色質(zhì)的一種技術(shù)。該技術(shù)通過(guò)轉(zhuǎn)座酶對(duì)某種特定時(shí)空下開放的核染色質(zhì)區(qū)域進(jìn)行切割，進(jìn)而獲得在該特定時(shí)空下基因組中所有活躍轉(zhuǎn)錄的調(diào)控序列。這項(xiàng)技術(shù)僅需少量細(xì)胞便可獲得實(shí)時(shí)全基因組活性調(diào)控序列信息，廣泛應(yīng)用于轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合分析、核小體定位、活性調(diào)控元件分布等研究，在表觀遺傳機(jī)制研究領(lǐng)域有廣闊的應(yīng)用前景。

那么對(duì)ATAC-seq研究到底火爆到什么程度呢？我們通過(guò)ATAC-seq技術(shù)相關(guān)的文章來(lái)看看。根據(jù)最新統(tǒng)計(jì)發(fā)現(xiàn)：利用ATAC-seq技術(shù)發(fā)表的文章的數(shù)量呈現(xiàn)出指數(shù)性增長(zhǎng)；其中Cell以及旗下雜志302篇、Nature以及旗下雜志215篇、Science及其旗下雜志82篇。可想而知，ATAC-seq技術(shù)到底有多火。在這一大的研究背景下，我們云序生物作為一家專業(yè)的測(cè)序服務(wù)公司，又提供什么樣的ATAC-seq服務(wù)呢？

ATAC-seq相關(guān)文章發(fā)表數(shù)量

 

云序生物 - ATAC-seq一站式服務(wù)

1. 一站式服務(wù)流程

2.技術(shù)優(yōu)勢(shì)

快速：實(shí)驗(yàn)流程精簡(jiǎn)，耗時(shí)短

微量：細(xì)胞量少，適用于臨床樣本

準(zhǔn)確：重復(fù)性好，與同類技術(shù)及同類測(cè)序平臺(tái)一致性高

全面：獲取信息量大（全基因組調(diào)控活性圖譜、全轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合圖譜）

3. ATAC-seq信息分析

標(biāo)準(zhǔn)分析：Peak檢測(cè)、Peak長(zhǎng)度檢測(cè)、Peak深度分布、Peak相關(guān)基因、樣本間差異peak檢測(cè)、樣品間差異peak相關(guān)基因、樣品間差異peak相關(guān)基因的GO和KEGG富集分析

高級(jí)信息分析：核小體定位分析、轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合分析（需客戶提供感興趣的TF名稱）、全基因組活性圖譜

聯(lián)合分析：ATAC-Seq與RNA-Seq關(guān)聯(lián)分析、ATAC-Seq與ChIP-Seq關(guān)聯(lián)分析

云序生物-ATAC-seq相關(guān)文章思路總結(jié)

1. ATAC-Seq與RNA-Seq關(guān)聯(lián)分析

ATAC-seq結(jié)果，研究了該時(shí)空條件下發(fā)生轉(zhuǎn)錄的基因以及順勢(shì)調(diào)控元件的一些序列，那么我們就可以對(duì)這些基因進(jìn)行分析。聯(lián)合RNA-seq結(jié)果，看ATAC上測(cè)到的一些豐度高的DNA序列區(qū)域，是否對(duì)應(yīng)的轉(zhuǎn)錄本表達(dá)量也有增加，也可以找到對(duì)應(yīng)的轉(zhuǎn)錄本相關(guān)基因的上游調(diào)控序列，從而整體分析從DNA到RNA的轉(zhuǎn)錄過(guò)程，進(jìn)而對(duì)基因功能分析，再結(jié)合實(shí)驗(yàn)表型進(jìn)行討論，從而理清楚表觀調(diào)控-表達(dá)-功能-表型這樣一個(gè)過(guò)程。

案例解析：

EGRINs (EnvironmentalGene Regulatory Influence Networks) in Rice That Function in the Response to Water Deficit, High Temperature, and Agricultural Environments OPEN.The Plant Cell,IF：8.228 

本篇文章是利用ATAC-seq與RNA-seq聯(lián)合分析的經(jīng)典案例。作者選擇5個(gè)不同的水稻品種，對(duì)它們分別進(jìn)行熱處理和干旱處理以模擬高溫和缺水這2種脅迫環(huán)境。進(jìn)一步通過(guò)對(duì)這種脅迫處理的5個(gè)水稻品種進(jìn)行RNA-seq檢測(cè)RNA的表達(dá)差異和ATAC-seq檢測(cè)染色質(zhì)開放區(qū)域差異。最后聯(lián)合ATAC-seq數(shù)據(jù)和RNA-seq數(shù)據(jù)，以及轉(zhuǎn)錄因子的motif信息。構(gòu)建植物應(yīng)激的轉(zhuǎn)錄因子-靶基因的調(diào)控網(wǎng)絡(luò)圖，并尋找關(guān)鍵的轉(zhuǎn)錄因子-靶基因模塊，預(yù)測(cè)了關(guān)鍵轉(zhuǎn)錄因子活性。完成植物在應(yīng)**況下反應(yīng)相關(guān)的轉(zhuǎn)錄因子的研究。

ATAC-seq與RNA-seq聯(lián)合分析

2.ATAC-seq與ChIP-seq聯(lián)合分析

在ChIP實(shí)驗(yàn)中，好多時(shí)候我們是用以研究轉(zhuǎn)錄因子所調(diào)控的那些基因。那么ATAC測(cè)序之后是否就不需要做ChIP實(shí)驗(yàn)了呢？其實(shí)并不是，就像做轉(zhuǎn)錄組測(cè)序，可以知道基因表達(dá)量的上下調(diào)情況，但是我們?nèi)匀恍枰�通過(guò)qPCR來(lái)進(jìn)行分子生物學(xué)驗(yàn)證一樣。ATAC測(cè)序之后也需要做ChIP-seq來(lái)做進(jìn)一步的驗(yàn)證，通過(guò)ChIP的測(cè)序結(jié)果，來(lái)進(jìn)一步對(duì)ATAC所預(yù)測(cè)到的一些轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合區(qū)域進(jìn)行驗(yàn)證。

案例解析：

Nfib Promotes Metastasis through a Widespread Increase in Chromatin  Accessibility.Cell，IF:31.398

該文章是通過(guò)比較原發(fā)性和肝轉(zhuǎn)移性的小細(xì)胞肺癌細(xì)胞之間的差異，從而研究人小細(xì)胞肺癌促進(jìn)癌癥擴(kuò)散轉(zhuǎn)移的背景機(jī)制。首先利用ATAC-seq，發(fā)現(xiàn)NFI家族轉(zhuǎn)錄因子富集在具有差異的染色質(zhì)開放位點(diǎn)中，預(yù)示著NFI家族轉(zhuǎn)錄因子在調(diào)控腫瘤細(xì)胞轉(zhuǎn)移中扮演著重要角色。進(jìn)一步進(jìn)行ChIP-seq，通過(guò)2種測(cè)序結(jié)果聯(lián)合分析，發(fā)現(xiàn)在染色質(zhì)高開放性位點(diǎn)區(qū)域伴隨著Nfib拷貝數(shù)量增多，且Nfib在侵襲性原發(fā)性腫瘤和轉(zhuǎn)移性腫瘤內(nèi)高表達(dá)，Nfib表現(xiàn)出維持染色質(zhì)及遠(yuǎn)端調(diào)控區(qū)域開放和促進(jìn)神經(jīng)基因表達(dá)的功能，說(shuō)明Nfib對(duì)促進(jìn)癌細(xì)胞增殖和遷移具有重要的作用。

ATAC-seq與ChIP-seq聯(lián)合分析

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