PCR反應,全稱聚合酶鏈式反應,是一種分子生物學技術,能在短時間內(nèi)將特定的DNA序列大量復制。這次實驗我們針對某一特定的基因片段進行了PCR擴增,現(xiàn)在,讓我們揭曉反應結(jié)果。在試管中,我們可以看到明顯的DNA條帶,這表示PCR反應成功,我們成功擴增了目標DNA序列。這個結(jié)果對于我們的研究具有重要意義,它不僅證明了我們的實驗方法的有效性,也為我們后續(xù)的研究提供了重要的參考。一個PCR反應過程分為很多的步驟,包括樣本采集,運輸,核酸提取,qpcr擴增等步驟,因此優(yōu)化PCR反應要素配置及其重要,下面詳細介紹:
1、引物及濃度:
①長度:15~30bp。
②堿基:G+C含量以40%~60%為宜,ATGC最好隨機分布,避免5個以上的堿基成串排列。③避免引物內(nèi)部出現(xiàn)二級結(jié)構(gòu)、兩條引物間互補,特別是3′端的互補。
④引物3′端的堿基,特別是最末及倒數(shù)第二個堿基,應嚴格要求配對。
⑤與其它序列無明顯同源性。⑥濃度為0.1~1μmol或10~100pmol。
2、酶及其濃度:
催化一典型的PCR反應約需酶量2.5U(指總反應體積為100μl時),濃度過高可引起非特異性擴增,濃度過低則合成產(chǎn)物量減少。
3、dNTP的質(zhì)量與濃度:
dNTP應為50~200μmol/L,4種dNTP的濃度要相等(等摩爾配制),過高dNTP能與Mg2+結(jié)合,使游離的Mg2+濃度降低。
4、模板:
模板的量與純化程度,是PCR成敗與否的關鍵環(huán)節(jié)之一,避免DNA純化中的SDS和蛋白酶K等雜質(zhì)。
5、Mg2+濃度:
一般的PCR反應中,各種dNTP濃度為200μmol/L時,Mg2+濃度為1.5~2.0mmol/L為宜。Mg2+濃度過高,反應特異性降低,出現(xiàn)非特異擴增,濃度過低會降低Taq DNA聚合酶的活性,使反應產(chǎn)物減少。
6、溫度與時間:
①變性:93℃~94lmin℃,過高或過低的溫度影響酶的活性。②退火:取決于引物的長度、堿基組成及其濃度,還有靶基序列的長度。一般高于Tm值5℃~10℃,時間為30~60s。③延伸:常用溫度為72℃,時間根據(jù)待擴增片段的長度而定。
7、循環(huán)次數(shù):
主要取決于模板DNA的濃度。一般的循環(huán)次數(shù)選在30~40次,循環(huán)次數(shù)越多,非特異性產(chǎn)物的量亦隨之增多。