高效構建60-120 bp 短片段 cfDNA 文庫的方法
簡介：從血漿中分離的cfDNA（游離DNA）能夠在創(chuàng)新式的非入侵條件下提供極具價值的基因組信息。cfDNA片段的大小主要集中于170bp，即纏繞一個核小體的DNA片段。越來越多的研究認為更短的cfDNA片段（40-170bp）保留著關于胎兒、腫瘤相關拷貝數變異和細胞起源的基因組信息（Jiang et al.,PNAS,2015; Snyder et al., Cell, 2016）。高通量測序技術（NGS）是一項非常靈敏和準確的技術，通過該項技術，我們可以對液態(tài)活檢（LiquidBiopsy）中分離的cfDNA進行測序和分析，目前在科研和精準醫(yī)療領域已經有多項相關應用。
在cfDNA文庫構建前，我們使用Pippin Prep全自動DNA片段回收儀（美國Sage Science公司）將人血漿cfDNA分選(size-selection)為小于160bp和大于160bp的兩部分，并用小于1ng的篩選后片段構建文庫（建庫試劑盒選用美國Rubicon Genomics’ ThruPLEX Plasma-Seq）。作為對照，我們同時也用未分選片段大小的血漿cfDNA構建ThruPLEX Plasma-Seq文庫。
結論：
根據我們的實驗結果可以得出，使用Pippin Prep儀器分選小于170bp的cfDNA片段，能順利構建插入片段集中于60-120bp的高度多樣化cfDNA文庫（108個單獨分子），這些在70-110bp的片段相互間隔約10bp。值得注意的是，通過對照實驗發(fā)現(xiàn)，建庫前分選才可以顯著富集小cfDNA片段，建庫后分選并不能顯著富集小cfDNA片段。
得益于Pippin Prep 精準片段分選技術和ThruPLEX Plasma-Seq 低于納克級文庫構建技術的結合，我們可以富集<160bp的cfDNA片段并建庫。雖然小片段cfDNA的含量低于常規(guī)方法的檢測極限，但我們的方法有效的改善了小片段cfDNA的獲取。
更多詳細信息請聯(lián)系
環(huán)亞生物科技有限公司
地址：上海市閔行區(qū)友東路358號閔欣大廈1號樓212室
電話：021-54583565
網址：www.apgbio.com
郵箱：[email protected]
在cfDNA文庫構建前，我們使用Pippin Prep全自動DNA片段回收儀（美國Sage Science公司）將人血漿cfDNA分選(size-selection)為小于160bp和大于160bp的兩部分，并用小于1ng的篩選后片段構建文庫（建庫試劑盒選用美國Rubicon Genomics’ ThruPLEX Plasma-Seq）。作為對照，我們同時也用未分選片段大小的血漿cfDNA構建ThruPLEX Plasma-Seq文庫。
結論：
根據我們的實驗結果可以得出，使用Pippin Prep儀器分選小于170bp的cfDNA片段，能順利構建插入片段集中于60-120bp的高度多樣化cfDNA文庫（108個單獨分子），這些在70-110bp的片段相互間隔約10bp。值得注意的是，通過對照實驗發(fā)現(xiàn)，建庫前分選才可以顯著富集小cfDNA片段，建庫后分選并不能顯著富集小cfDNA片段。
得益于Pippin Prep 精準片段分選技術和ThruPLEX Plasma-Seq 低于納克級文庫構建技術的結合，我們可以富集<160bp的cfDNA片段并建庫。雖然小片段cfDNA的含量低于常規(guī)方法的檢測極限，但我們的方法有效的改善了小片段cfDNA的獲取。
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