前言

又傳喜訊！近日，云序客戶中國(guó)醫(yī)學(xué)科學(xué)院放射醫(yī)學(xué)研究所的劉強(qiáng)團(tuán)隊(duì)研究揭示了lncRNAs在小鼠空腸輻射后表達(dá)的變化，為研究lncRNAs在輻射致腸損傷中的作用提供了靶分子。該研究成果以“Analysis of changes to lncRNAs and their target mRNAs in murine jejunum after radiation treatment”為題發(fā)表在《J Cell Mol Med》（IF: 4.302）。如果您剛巧看過(guò)這篇文章，并且關(guān)注了我們前期公眾號(hào)的話，您一定會(huì)有種似曾相識(shí)的感覺(jué)，沒(méi)錯(cuò)！前不久，該研究團(tuán)隊(duì)就通過(guò)同樣的測(cè)序數(shù)據(jù)發(fā)表circRNAs表達(dá)譜的文章（Identification of Circular RNAs Altered in Mouse Jejuna After Radiation，IF：5.5），同樣出自劉強(qiáng)研究團(tuán)隊(duì)，兩篇文章中的lncRNA和circRNA數(shù)據(jù)均出自云序生物提供的全轉(zhuǎn)錄組測(cè)序服務(wù)。真正體現(xiàn)了一次測(cè)序三套數(shù)據(jù)（circRNA lncRNA和mRNA），多項(xiàng)成果，超高性價(jià)比，短平快發(fā)表高分文章。

那么接下來(lái)，就讓我們通過(guò)兩篇文章的內(nèi)容來(lái)看下全轉(zhuǎn)錄組測(cè)序的巧妙之處吧！

文章1：小鼠空腸輻射后lncRNA表達(dá)譜研究（IF 4.302）

研究?jī)?nèi)容：
1.輻射組和對(duì)照組lncRNA和mRNA表達(dá)譜變化，聚類圖顯示了組間和組內(nèi)上下調(diào)的變化，維恩圖展示了輻照組和對(duì)照組lncRNA和mRNA重疊數(shù)量，火山圖顯示差異表達(dá)情況。

2.與對(duì)照組相比，輻照小鼠中l(wèi)ncRNA和mRNA的相對(duì)數(shù)量。直方圖顯示受輻射小鼠lncRNA和mRNA上調(diào)和下調(diào)數(shù)量，維恩圖則展示了lncRNA的靶基因預(yù)測(cè)，從而對(duì)lncRNA的功能進(jìn)行定義。

3.差異lncRNA分子的qPCR驗(yàn)證，對(duì)于一篇做譜的文章，差異lncRNA的結(jié)果驗(yàn)證只需做到qPCR即可。

4.差異表達(dá)的lncRNA分子功能預(yù)測(cè)，GO和KEGG通路分析表明，預(yù)測(cè)的基因主要參與VEGF信號(hào)通路。

5.lncRNA-miRNA-mRNA調(diào)控網(wǎng)絡(luò)分析，找到發(fā)揮海綿機(jī)制作用的lncRNA，以及它所調(diào)控的靶基因。

文章2：小鼠空腸輻射后circRNA表達(dá)譜研究（IF 5.5）

1. 環(huán)狀RNA表達(dá)如何？差異表達(dá)的有哪些呢？

高質(zhì)量的測(cè)序服務(wù)，專業(yè)的生信分析，云序生物讓環(huán)狀研究變得容易，這是一條廣告。高質(zhì)量的測(cè)序技術(shù)對(duì)每一個(gè)環(huán)狀的表達(dá)都做到精準(zhǔn)檢測(cè)，生信分析可視化從宏觀角度（染色體分布、成環(huán)位置）給出了所有對(duì)于放射處理后在小鼠空腸組織當(dāng)中環(huán)狀RNA分子的表達(dá)情況。

在此基礎(chǔ)上，哪些環(huán)狀RNA分子發(fā)生了差異表達(dá)？在這里火山圖、Venn圖應(yīng)有盡有。

2.差異環(huán)狀RNA分子的qPCR驗(yàn)證，同上一篇一樣，qPCR驗(yàn)證必不可少。

3.差異表達(dá)的環(huán)狀RNA分子功能預(yù)測(cè)，GO分析和Pathway分析作為功能預(yù)測(cè)當(dāng)中必不可少的一部分也被涵蓋在本研究當(dāng)中，包括結(jié)合、催化、細(xì)胞因子和細(xì)胞分泌等GO條目均發(fā)生富集。KEGG分析預(yù)測(cè)結(jié)果顯示差異環(huán)狀RNA的靶基因與MAPK信號(hào)通路相關(guān)（Cacna1e、Mras、Prkcb、Ptpn7），要知道最近的報(bào)道顯示EGF介導(dǎo)的Ras/Raf/Mek/Erk/MAPK信號(hào)通路活化與腸道干細(xì)胞增值相關(guān)。

 

4.海綿機(jī)制預(yù)測(cè)ceRNA網(wǎng)絡(luò)圖。按照海綿機(jī)制的反式調(diào)控方式，該網(wǎng)絡(luò)中包括42個(gè)上調(diào)和48個(gè)下調(diào)的環(huán)狀RNA分子，以及預(yù)測(cè)相互結(jié)合的22個(gè)靶基因mRNA。

總結(jié)

通過(guò)對(duì)兩篇文章的對(duì)比，大家可以發(fā)現(xiàn)在新的領(lǐng)域，借助于新分子的高通量測(cè)序，是一個(gè)高效快速發(fā)文章的手段。作為轉(zhuǎn)錄組領(lǐng)域的新分子lncRNA和環(huán)狀RNA這兩年仍然是科研界文章和基金的寵兒。劉強(qiáng)老師團(tuán)隊(duì)通過(guò)云序生物的全轉(zhuǎn)錄組測(cè)序真正實(shí)現(xiàn)了一次測(cè)序兩篇文章，累積影響因子約10分，實(shí)現(xiàn)了超高的性價(jià)比！看到這樣經(jīng)濟(jì)實(shí)惠且無(wú)比高效的發(fā)文章策略，您是不是也心動(dòng)了？那還不抓緊時(shí)間與我們聯(lián)系。

2019年的國(guó)自然申請(qǐng)?jiān)诩�，小編認(rèn)為去年我們總結(jié)的3大熱點(diǎn)（RNA甲基化、外泌體、環(huán)狀RNA）仍然會(huì)是2019年的重磅熱點(diǎn)項(xiàng)目。感興趣的可以參考：

2018國(guó)自然研究熱點(diǎn)一：環(huán)狀RNA研究深度剖析

2018國(guó)自然研究熱點(diǎn)二：RNA甲基化研究深度剖析

2018國(guó)自然研究熱點(diǎn)三：外泌體研究深度剖析

全文鏈接

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6237565/ 

https://www.karger.com/Article/FullText/491652

封面素材來(lái)源：素材中國(guó) 

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RNA pull down

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