GS FLX系統(tǒng)減少了傳統(tǒng)測序樣品制備過程中對大型自動站的依賴，完全不需要進(jìn)行繁瑣的建庫過程，也不必進(jìn)行克隆挑取、微孔板處理等工作，利用創(chuàng)新的磁珠和emPCR技術(shù)進(jìn)行樣品制備，同時提供完整的后續(xù)生物信息學(xué)分析解決方案。

1) 樣品種類：GS FLX系統(tǒng)支持各種不同來源的樣品序列測定，包括基因組DNA，PCR產(chǎn)物，BACs，cDNA及小分子RNA等，不同類型的樣品測序都可在一臺儀器上完成。

2) 樣品DNA打斷：樣品如基因組DNA或BAC等被打斷成300-800bp的片段；對于小分子的非編碼RNA，這一步驟并不需要。短的PCR產(chǎn)物則可利用GS融合引物擴增后直接進(jìn)行步驟4)。

3) 加接頭：借助一系列標(biāo)準(zhǔn)的分子生物學(xué)技術(shù)，將3′端和5′端有特異性的A和B接頭連接到DNA片段上。接頭也將在后繼的純化，擴增和測序步驟中用到。圖中僅僅顯示了后續(xù)步驟中要用到的單鏈的DNA片段。

4)  一條DNA片段＝一個磁珠：接頭使成百上千條DNA片段分別結(jié)合到一個磁珠上，磁珠被單個油水混合小滴包被后，在這個小滴里進(jìn)行獨立的擴增，而沒有其他的競爭性或者污染性序列的影響；所有DNA片段進(jìn)行平行擴增(emPCR)。

5) 一個磁珠＝一條讀長：經(jīng)過emPCR擴增后，每個磁珠上的DNA片段擁有了成千上萬個相同的拷貝。經(jīng)過富集以后，這些片段仍然和磁珠結(jié)合在一起，隨后就可以放入到Pico Titer Plate板中供后繼測序使用了。

6) 數(shù)據(jù)讀取和分析工具：GS FLX 系統(tǒng)提供三種不同的生物信息學(xué)工具對測序數(shù)據(jù)進(jìn)行分析，適用于不同的應(yīng)用。例如多達(dá)3GB序列的重測序，對比已知參考序列進(jìn)行的擴增產(chǎn)物差異分析及 120MB的從頭測序工作等。