蛋白組的絕對定量常用的先進(jìn)技術(shù)

瀏覽次數(shù)：534　發(fā)布日期：2023-11-2　來源：百泰派克生物科技

蛋白組學(xué)研究的一個重要方向是對蛋白質(zhì)的定量分析。傳統(tǒng)的相對定量方法提供了蛋白質(zhì)相對豐度的信息，但無法精確地測量蛋白質(zhì)的絕對豐度。為了克服這一限制，研究人員開發(fā)了許多先進(jìn)的技術(shù)，用于蛋白組的絕對定量分析。本文將詳細(xì)介紹蛋白組學(xué)研究中常用的先進(jìn)技術(shù)，用于蛋白組的絕對定量分析，為讀者揭示蛋白組定量的最新進(jìn)展和應(yīng)用。

一、同位素標(biāo)記定量法：

1.Stable Isotope Labeling with Amino Acids in Cell Culture（SILAC）：

通過在細(xì)胞培養(yǎng)中使用同位素標(biāo)記的氨基酸，實現(xiàn)蛋白質(zhì)的定量分析。

2.Isobaric Tags for Relative and Absolute Quantitation（iTRAQ）：

使用同位素標(biāo)記的化合物對蛋白質(zhì)樣品進(jìn)行標(biāo)記，然后通過質(zhì)譜分析實現(xiàn)蛋白質(zhì)的絕對定量。

二、平行反應(yīng)監(jiān)測定量法：

1.Selected Reaction Monitoring（SRM）：

通過質(zhì)譜分析選擇性地監(jiān)測特定的肽段，實現(xiàn)對蛋白質(zhì)的絕對定量。

2.Parallel Reaction Monitoring（PRM）：

類似于SRM，通過質(zhì)譜分析同時監(jiān)測多個特定的肽段，實現(xiàn)蛋白質(zhì)的絕對定量。

圖1

三、蛋白質(zhì)豐度計算法：

1.Top3計算法：

根據(jù)質(zhì)譜分析中前三個峰值的肽段信號，推算出蛋白質(zhì)的相對豐度和絕對豐度。

2.Protein Abundance Index（PAI）：

通過蛋白質(zhì)的譜計數(shù)和理論譜計數(shù)之比，估算蛋白質(zhì)的相對豐度和絕對豐度。

四、平行反應(yīng)DNA定量法：

Digital PCR（dPCR）：通過將DNA樣品分割成許多微小的反應(yīng)體積，實現(xiàn)DNA的絕對定量。

五、選擇合適的技術(shù)的考慮因素：

1.樣本性質(zhì)：不同的樣本類型可能需要不同的定量方法，如細(xì)胞培養(yǎng)上清、組織樣本或體液樣本等。

2.研究目的：根據(jù)研究的目的，如蛋白質(zhì)鑒定、定量或蛋白質(zhì)交互作用的研究，選擇合適的定量方法。

3.技術(shù)條件：考慮實驗室設(shè)備和技術(shù)水平，選擇適合的技術(shù)進(jìn)行蛋白質(zhì)的絕對定量。

蛋白組的絕對定量分析在生物藥物研究中具有重要意義。隨著技術(shù)的不斷發(fā)展，同位素標(biāo)記定量法、平行反應(yīng)監(jiān)測定量法、蛋白質(zhì)豐度計算法和平行反應(yīng)DNA定量法等先進(jìn)技術(shù)為蛋白組的絕對定量提供了有效的手段。在選擇合適的定量技術(shù)時，需要綜合考慮樣本性質(zhì)、研究目的和實驗條件等因素。這些先進(jìn)技術(shù)的應(yīng)用將為蛋白組學(xué)研究提供更精確和可靠的定量數(shù)據(jù)，推動生物藥物研發(fā)和臨床應(yīng)用的進(jìn)展。