1. 樣品質(zhì)控
使用商業(yè)化DNA抽提試劑盒提取血液、細(xì)胞或組織DNA,DNA純度A260/A280≈1.8,檢測(cè)樣品濃度標(biāo)化為15~20ng/µL,上樣4µL。
注:標(biāo)準(zhǔn)品濃度已標(biāo)化為15~20ng/µL,上樣4µL。樣品及標(biāo)準(zhǔn)品濃度過高或過低會(huì)影響擴(kuò)增效率,對(duì)實(shí)驗(yàn)造成干擾,測(cè)量結(jié)果誤差較大。
2. qPCR反應(yīng)體系及條件
反應(yīng)體系以20µL為例PCR儀設(shè)置以 ABI 7500為例,其他型號(hào)定量PCR儀應(yīng)通過標(biāo)準(zhǔn)品進(jìn)行參數(shù)校正或咨詢專業(yè)技術(shù)人員。
【基線設(shè)置】
內(nèi)參基線設(shè)定:以標(biāo)準(zhǔn)品基線設(shè)定內(nèi)參基線,將內(nèi)參的基線設(shè)定為6~12個(gè)循環(huán)。
端粒基線設(shè)定:以標(biāo)準(zhǔn)品基線設(shè)定端;,將端粒的基線設(shè)定為3~7個(gè)循環(huán)。
【閾值設(shè)置】
內(nèi)參閾值設(shè)定:以標(biāo)準(zhǔn)品CT值設(shè)定內(nèi)參擴(kuò)增曲線閾值,將內(nèi)參的CT 值定為17±1。
端粒閾值設(shè)定:以標(biāo)準(zhǔn)品CT值設(shè)定端粒擴(kuò)增曲線閾值,將端粒的CT 值定為12±1 。
說(shuō)明:
(1)如果標(biāo)準(zhǔn)品的內(nèi)參CT值>25,但陰性對(duì)照管的內(nèi)參CT值正常, 表明試劑盒擴(kuò)增效率下降或
儀器運(yùn)行障礙。
(2)如果陰性對(duì)照管的內(nèi)參或端粒CT<25,表明在環(huán)境或加樣過程中存在輕微污染。
備注:
1. 樣本檢測(cè)以及標(biāo)準(zhǔn)品的使用應(yīng)做技術(shù)上三重復(fù),陰性對(duì)照做單重復(fù)。
2. 如果檢測(cè)樣本為血液DNA,可以將所得端粒相對(duì)長(zhǎng)度在上海翼和應(yīng)用生物技術(shù)有限公司構(gòu)建
的1500例中國(guó)人群數(shù)據(jù)庫(kù)比對(duì),評(píng)估樣本個(gè)體端粒的相對(duì)長(zhǎng)度;若選用其他樣本,建議自行構(gòu)
建數(shù)據(jù)庫(kù)并做進(jìn)一步分析。
3. 端粒長(zhǎng)度計(jì)算方法(T/S):先分別計(jì)算標(biāo)準(zhǔn)品與樣品的△CT=CT(端粒)-CT(內(nèi)參)
再計(jì)算 T/S=2-(△CT(樣品)-△CT(標(biāo)準(zhǔn)品))
注:T為待測(cè)樣品,S為標(biāo)準(zhǔn)品,T/S為待測(cè)樣品與標(biāo)準(zhǔn)品的端粒相對(duì)長(zhǎng)度比