Innopsys熒光掃描儀在單細(xì)胞western blots檢測(cè)中的應(yīng)用
瀏覽次數(shù):1106 發(fā)布日期:2023-5-8
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細(xì)胞是生命體最小的組成單位,蛋白質(zhì)是生命活動(dòng)的執(zhí)行者,而細(xì)胞內(nèi)蛋白質(zhì)豐度的變化對(duì)各種生命過(guò)程有著至關(guān)重要的作用,不僅為生命活動(dòng)提供物質(zhì)基礎(chǔ),也是理解細(xì)胞功能和發(fā)展過(guò)程的中心環(huán)節(jié)。細(xì)胞在生長(zhǎng)過(guò)程中,經(jīng)過(guò)多次分裂增殖,在完成其生命周期的同時(shí)也會(huì)呈現(xiàn)分子生物學(xué)或基因方面的改變,從而產(chǎn)生細(xì)胞多樣性即細(xì)胞異質(zhì)性,這是一種普遍存在的生物學(xué)現(xiàn)象,即使看起來(lái)相同的細(xì)胞,也可能存在顯著的差異。而傳統(tǒng)的蛋白質(zhì)組學(xué)是對(duì)組織或大量細(xì)胞樣本進(jìn)行分析,獲得的是均質(zhì)化后的結(jié)果,掩蓋了單個(gè)細(xì)胞的個(gè)體差異,而在組織、器官或個(gè)體中,細(xì)胞具有非常大的異質(zhì)性,傳統(tǒng)的研究方法不能完全衡量細(xì)胞的復(fù)雜性、多樣性以及功能差異。同時(shí)基于流式的檢測(cè)技術(shù),由于很難檢測(cè)細(xì)胞胞內(nèi)的蛋白水平以及抗體來(lái)源受限,使得這一方法有一定的局限性。
隨著測(cè)序技術(shù)的發(fā)展,生命科學(xué)研究早已進(jìn)入了單細(xì)胞時(shí)代,在mRNA水平已經(jīng)可以很好的從單細(xì)胞的維度上探究細(xì)胞、組織、器官的發(fā)育過(guò)程以及與疾病相關(guān)的細(xì)胞異質(zhì)性和同質(zhì)性問(wèn)題。但由于基因轉(zhuǎn)錄水平和蛋白水平相關(guān)性并不是很高,也不能完全反映蛋白質(zhì)的調(diào)控作用,所以要更好地理解細(xì)胞的調(diào)控機(jī)制,檢測(cè)效應(yīng)分子蛋白質(zhì)比mRNA更直接有效,對(duì)于理解細(xì)胞的功能更為重要。近幾年,基于單細(xì)胞蛋白質(zhì)組技術(shù)的方法快速發(fā)展,在很大程度上彌補(bǔ)了單細(xì)胞水平蛋白質(zhì)研究的需求。
本文主要介紹一種單細(xì)胞蛋白免疫印跡檢測(cè)技術(shù)(Single cell Westerns Blotting, scWesterns),是對(duì)傳統(tǒng)的蛋白免疫印跡(Western blotting)方法的精細(xì)化改進(jìn),實(shí)現(xiàn)了在單細(xì)胞層面上高通量的對(duì)于單細(xì)胞蛋白質(zhì)組進(jìn)行免疫印跡檢測(cè)、定量和分析,與傳統(tǒng)的western blots不同,scWesterns方法可以精確量化由外界刺激所引起的單個(gè)細(xì)胞蛋白質(zhì)水平的變化。系統(tǒng)組成:scWesterns 檢測(cè)試劑、全自動(dòng)電泳分離系統(tǒng)、數(shù)據(jù)處理軟件以及Innopsys芯片掃描儀,檢測(cè)流程如圖(一)所示。scWesterns實(shí)驗(yàn)整個(gè)過(guò)程都是在改造的顯微鏡載玻片上進(jìn)行的,載玻片上有通過(guò)軟光刻技術(shù)制作而成的可以固定單個(gè)細(xì)胞的凝膠槽矩陣,每個(gè)微孔都可以看作是一個(gè)微型的反應(yīng)器,對(duì)細(xì)胞矩陣進(jìn)行明場(chǎng)光學(xué)掃描之后,將凝膠槽轉(zhuǎn)移至微型電泳槽中,進(jìn)行蛋白凝膠電泳。整個(gè)技術(shù)可以實(shí)現(xiàn)高通量的對(duì)單細(xì)胞蛋白進(jìn)行scWesterns檢測(cè)和分析。
操作流程圖一:1.解凍細(xì)胞,吹打混勻,離心重懸制備細(xì)胞懸液,細(xì)胞濃度為 10,000 - 100,000 個(gè)細(xì)胞/mL,種植細(xì)胞,將 1 mL 單細(xì)胞懸液從左到右滴加到芯片上,確保整張芯片都被均勻覆蓋,細(xì)胞在重力的作用下會(huì)沉降到光敏膠中,室溫靜置 5-20 分鐘,用明場(chǎng)顯微鏡觀察芯片,確保每個(gè)block至少有15%-20%細(xì)胞占有率,且很少存在單孔雙細(xì)胞的狀態(tài);2.在儀器電泳槽中加入300uL裂解液進(jìn)行細(xì)胞裂解,根據(jù)蛋白大小設(shè)置參數(shù)運(yùn)行儀器進(jìn)行電泳分離和蛋白固定;3.稀釋不同種屬的一抗(小鼠,山羊,兔)與芯片進(jìn)行雜交,室溫孵育 1-2小時(shí),也可4度過(guò)夜,孵育后用wash buffer清洗三次,每次10分鐘;稀釋二抗,芯片避光與二抗孵育1小時(shí),孵育后用wash buffer清洗三次,每次10分鐘,最后用去離子水連續(xù)沖洗芯片1分鐘;4.使用Innopsys 1100三色熒光掃描儀(紅、綠、藍(lán))進(jìn)行熒光信號(hào)掃描;5-6.使用分析軟件進(jìn)行數(shù)據(jù)處理和分析。
結(jié)果顯示:采用scWesterns技術(shù)對(duì)單細(xì)胞進(jìn)行四個(gè)靶蛋白檢測(cè),如圖二所示,根據(jù)不同蛋白分子量的差異以及雜交不同種屬的一抗和熒光二抗來(lái)區(qū)分不同的靶標(biāo)蛋白,使用Innopsys 1100對(duì)紅、綠、藍(lán)三種熒光信號(hào)進(jìn)行檢測(cè),發(fā)現(xiàn)細(xì)胞對(duì)刺激產(chǎn)生了ERK應(yīng)答反應(yīng),同時(shí)檢測(cè)到了EGFR表皮生長(zhǎng)因子受體、以及突變體L858R。
圖二:對(duì)紅,綠,藍(lán)不同熒光標(biāo)記的目的蛋白(ERK,EGFR,L858R,Tubulin)進(jìn)行檢測(cè),結(jié)果如上圖所示。
展望:scWesterns技術(shù)可以應(yīng)用于基礎(chǔ)研究和醫(yī)學(xué)領(lǐng)域,包括腫瘤細(xì)胞:腫瘤的耐藥基礎(chǔ)研究,惡性腫瘤標(biāo)志物發(fā)現(xiàn);免疫細(xì)胞:機(jī)體免疫狀態(tài)分析以及免疫應(yīng)答基礎(chǔ)研究;干細(xì)胞:干細(xì)胞分化發(fā)育研究,精準(zhǔn)控制干細(xì)胞分化發(fā)育;藥物研發(fā):量化細(xì)胞對(duì)藥物制劑的反應(yīng)。
Innopsys 成立于1999年?偛课挥诜▏(guó),一直致力于生物醫(yī)學(xué)領(lǐng)域相關(guān)儀器和軟件的自主研發(fā)和生產(chǎn)。Innoscan系列掃描儀,采用先進(jìn)的共聚焦PMT檢測(cè)器和多激光掃描光路,可以同時(shí)進(jìn)行多通道熒光檢測(cè)。不僅有效降低了熒光光漂白現(xiàn)象以及信號(hào)損失,還可以有效縮短掃描時(shí)間。在基因組和蛋白組表達(dá),基因突變,SNP檢測(cè),CGH,細(xì)菌病毒檢測(cè),腫瘤特異性標(biāo)志篩查,病理組織篩查等方面都有非常廣泛的應(yīng)用。
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