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新冠病毒研究用水系列四:測序儀用水對結果的影響

瀏覽次數:1879 發(fā)布日期:2020-6-3  來源:本站 僅供參考,謝絕轉載,否則責任自負
基因測序技術是一種基因檢測技術,也被稱為DNA測序技術,是進行分子生物學研究和基因改造的基礎,也是解鎖人類生命奧秘的重要方式之一;驕y序技術發(fā)展了40余年,已在眾多領域被廣泛應用,包括生物的基因組圖譜繪制、物種進化演替過程、表觀遺傳學、疾病相關基因的確定和診斷等等。近年來,基因測序相關產品和技術由實驗室研究演變到臨床使用,為我們理解人類生物學特征和疾病,評估遺傳疾病提供了關鍵性信息,所以說基因測序技術是下一個改變世界的技術毫不為過。
 
新冠病毒研究用水
 
在新冠疫情期間,這項技術得到了更多人的關注。疫情爆發(fā)初期,在不到一個月的時間內,通過基因測序技術,新冠病毒(COVID-19)的基因組序列被公布,為分析武漢新型冠狀病毒的進化來源、致病機制提供了第一手資料。不少國家也發(fā)起了COVID-19患者基因測序計劃,以了解個人基因對病毒感染反應的影響,這項研究的數據將為患者護理及藥物處方提供信息,未來還可以幫助疫苗設計,從而拯救更多生命。
 
基因測序流程
 

整個測序環(huán)節(jié)中,從樣品收集到上機測序,水貫穿了包括測序儀的日常清洗維護和試劑配制在內的每一個環(huán)節(jié)。作為一個必不可少的基礎試劑,水的品質對最終測序結果會產生顯著影響。水中的雜質,如無機鹽、有機物、核酸酶、顆粒物等,不僅會污染設備,縮短測序儀毛細管的使用壽命,而且還會降低DNA聚合酶的活性,最終干擾測序結果的準確性。

下面這些基因測序經常遇到的問題很有可能是使用的水有問題,快來看看你有沒有中招…
Q1DNA測序樣品用什么溶溶解比較好?
溶解DNA測序樣品,使用超純水溶解最好。
原因: DNA的測序反應的原理其實就是Taq酶的聚合反應,需要一個最佳的酶反應條件。如果溶解DNA樣品的溶液含有過多的鹽,會影響測序反應體系,造成Taq酶的聚合性能下降,干擾測序反應甚至無法產生信號。
純水應用Tips: 超純水機采用基因測序專用超純化柱,RephiLe獨創(chuàng)配方填料的低鎂型純化柱,可以特異性去除水中的鎂離子,降低空白本底對測序反應體系的影響。
Q2:測序結果怎么沒有峰圖呢?
原因:模板被降解,罪魁禍首可能是測序使用的水中含有核酸酶。
純水應用Tips: 制備超純水的超純水機需要帶有終端濾器,如樂楓生物的RephiBio終端濾器,可以去除DNA酶和RNA酶。
Q3:為什么測序峰圖出現了瀑布效應
 
 測序峰圖瀑布效應
 
“瀑布效應”是基線突然從高處下降的現象。
原因:樣品被有機物污染,有機物會被激發(fā)產生熒光,抬高基線。
純水應用Tips: 使用帶有TOC檢測系統的超純水機,如樂楓Genie系列智能超純水系統,采用全氧化法設計的TOC在線監(jiān)測系統,在線監(jiān)測TOC含量,有機物含量低于5 ppb,符合ISPE制藥工程指南 / 美國藥典USP等標準對于TOC檢測的要求。
Q4釘子峰如何避免?
 
測序峰圖釘子峰
 
“釘子峰”是A、T、C、G四個顏色的峰都被突然拔起,形成的尖銳峰形。
 
原因: 溶液中可能存在氣泡或者顆粒,氣泡和顆粒對激光全反射,形成“釘子峰”。

純水應用Tips: 純水機取水口配備0.22μm的終端濾器,測序之前使用超聲波對超純水進行脫氣可以有效地防止“釘子峰”。

樂楓生物Genie系列智能純水系統以穩(wěn)定的水質、智能的操作系統充分滿足基因測序用水需求,在諸多應用到測序儀的實驗室常常會看到樂楓生物Genie系列智能超純水系統的身影。華大基因海外“火眼實驗室”采用的超純水機是Genie 系列的超純水系統。
 
 
 
關于樂楓生物

    樂楓生物(Rephile Bioscience,Ltd.) 是專業(yè)從事高端水純化和實驗室分離純化產品研發(fā)、設計和制造的企業(yè),為高科技生物技術和生命科學領域的用戶服務。樂楓公司著眼于全球發(fā)展,在中國、美國、法國、印度、南非等近20個國家建立了銷售機構,同時也為國際大型公司提供OEM和ODM,產品銷往包括歐美的近100個國家。成立十余年,樂楓持續(xù)投入研發(fā),創(chuàng)立出了自己的產品品牌RephiLe(瑞楓),推出了多個新概念產品- 無線連接的Genie系列純水系統和智能型大流量純水工作站Super-Genie等。目前樂楓純化柱填料配方齊全,也提供多款密理博純水系統的兼容耗材。
 
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來源:上海樂楓生物科技有限公司
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