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A:對接的時候，小分子與蛋白的活性位點是怎么選呢?參照文獻(xiàn)么?選擇的時候，活性位點有很多，是選擇什么樣的位點對接呢?

B:先分析你的化合物和已知底物的相似性關(guān)系，再選擇合適位點。

A:我剛剛開始接觸這些，不太懂，相似性關(guān)系是分析哪方面呢?

B:拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)相似性，電荷分部的相似性。一類化合物能結(jié)合多個口袋的話，那結(jié)合就是競爭性的。挨個dock，最后把結(jié)果放在一起可以分析。也可以先看一下文獻(xiàn)有沒有特殊位點比如離子通道蛋白就有這種例子。主要看你的目標(biāo)來定。

殷賦科技:看看我們公眾號的文章，《如何確定對接口袋》�？偟脑瓌t是，盡可能依靠來自實驗或文獻(xiàn)的信息來確定對接口袋，其次是軟件預(yù)測。如果沒有任何信息可以幫助你選擇或確定唯一的對接口袋，那就全部都用，分別做對接，再分析對接結(jié)果。有條件的，再做實驗驗證，比如定點突變。

Mr.Nerve-中國藥科大學(xué):使用薛定諤時，如何對某一部分進(jìn)行片段取代，取代成各種各樣的基團(tuán)，然后批量對接，這可以實現(xiàn)嗎?

殷賦科技:MOE可以實現(xiàn)，不知道薛定諤能不能。

Mr.Nerve-中國藥科大學(xué):那我用MOE弄成sdf格式，然后批量對接對嗎?取代片段可以自行選擇吧，不一定要用內(nèi)置庫吧?

殷賦科技: 如果要用自己的片段庫，需要處理成MOE能夠使用的格式。請看MOE的說明。當(dāng)然也可以先生成化合物庫再對接，這就跟一般的對接流程沒啥區(qū)別了。

 

2

A:知道納米材料的官能團(tuán)和一段氨基酸序列，可以推測兩者能不能發(fā)生相互作用嗎?

B:可以。

A:怎么推測?

B:生物材料?

A:不知道，老板就給了官能團(tuán)和氨基酸序列。

B:我們組都是建模跑md，看結(jié)合能力。

A:那段序列找不到模板建模，也不知材料結(jié)構(gòu)。

C:同源建模需要模板，序列足夠長時才能用; 序列短，不能用該方法。因為序列太短，不能滿足Do Littles提出的同源家族判斷標(biāo)準(zhǔn)。太短，也沒有一定的穩(wěn)定構(gòu)象，而是柔性不斷變化。很短的，按有機(jī)小分子進(jìn)行構(gòu)象搜索就可以。

A:是不是必須要建模，采用對接方式，讓兩者發(fā)生作用?那段氨基酸序列有50個氨基酸。

C:50個氨基酸做不了同源建模預(yù)測3d結(jié)構(gòu)。做實驗都比計算快，可以用核磁或生物質(zhì)譜。

A:那意思預(yù)測不了?

C:我是說同源建模沒法做，可以試試其它的方法。比如，你有核磁知道兩個原子間距離，用距離約束再進(jìn)行計算就會比純計算準(zhǔn)確。

A:啥也沒有，我連材料結(jié)構(gòu)都不知道。

D:50個aa完全可以做de novo prediction。可以先做個二級結(jié)構(gòu)預(yù)測，如果是coil居多，就不用提交robetta了。

 

3

A:各位老師，請問如何用MOE計算蛋白口袋氨基酸的序列一致性呢?

殷賦科技:在SEQ界面，找到alignment。

A:這個怎么看口袋附近氨基酸殘基的一致性呢?

殷賦科技:選擇口袋殘基，看看是不是一樣的，或者相似的，數(shù)值看alignment的similarity。

A:這樣貌似是總體的值。

A:選擇select就顯示這樣了。

B:點擊similarity，Metric>similarity。

A:similarity也是一樣吶。

B:是否同時選中了兩條鏈呢?

A:選中之后就出來了呢!

A:如果我想看口袋附近氨基酸殘基的一致性呢？

B:Moe 疊合pockets, 需要在『align/superpose』做出調(diào)整。里面有多種option。自己嘗試下就好了。

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