微信學(xué)術(shù)交流群之聊天記錄（2）
 

A:想請(qǐng)問一下預(yù)測(cè)兩個(gè)蛋白之間的相互作用有什么方法嗎?

殷賦科技:用蛋白-蛋白對(duì)接方法。蛋白-蛋白對(duì)接有好多軟件都可以做，比如ZDOCK(Discovery Studio里邊也整合了這個(gè)軟件)、Hex、Rosetta。我們平臺(tái)將來也會(huì)上線這個(gè)功能。

B:請(qǐng)問一下大家，做分子對(duì)接是怎么收費(fèi)的呀?

殷賦科技：平臺(tái)分子對(duì)接收費(fèi)標(biāo)準(zhǔn)在這里：http://www.yinfotek.com/platform

C:我也想問一下，預(yù)測(cè)蛋白之間相互作用是否有相應(yīng)的方法和軟件，怎樣收費(fèi)?

殷賦科技:ZDOCK免費(fèi)，Rosetta可以申請(qǐng)學(xué)術(shù)license。

D:問下vina可以做蛋白對(duì)接嗎?

E:可以。

F:效果不好哦。

殷賦科技：一般不用vina做蛋白-蛋白對(duì)接。一個(gè)可選的方案是先用ZDOCK做剛性對(duì)接，然后算分子動(dòng)力學(xué)。

D:ZDOCK對(duì)接效果并不好，在前期增加了binding site限制后，對(duì)接后的空間位置仍然是偏離的。

殷賦科技: 那就用Rosetta。不知道大家有沒其他推薦。

G:我個(gè)人感覺zdock是非常準(zhǔn)的。

殷賦科技:那就好啊。我正打算把這些軟件開發(fā)成便捷的方案呢。

H:那個(gè)Rosseta特別麻煩，自學(xué)會(huì)遇到好多坑。不知道有沒有人有好的資料，或交流群。

殷賦科技:Rosetta官方教程講得就非常好了：https://www.rosettacommons.org/demos/latest/tutorials/Protein-Protein-Docking/Protein-Protein-Docking#preparing-structures-for-docking

H:那個(gè)pyrosetta(Python包)，給的函數(shù)太多了。要想掌握，有不少坑。

殷賦科技:蛋白-蛋白對(duì)接也可以用I-TASSER: https://zhanglab.ccmb.med.umich.edu/services/。

H:rosetta可以設(shè)計(jì)蛋白，這個(gè)應(yīng)該比docking和MD更有技術(shù)含量吧?Rosetta擅長(zhǎng)設(shè)計(jì)蛋白，如果是奔著這個(gè)目標(biāo)的話，建議用它。

殷賦科技: 研究好了Rosetta，來寫篇教程或者經(jīng)驗(yàn)分享啊，歡迎大家踴躍投稿!

A:這些軟件win系統(tǒng)可以使用嗎?

殷賦科技:應(yīng)該有win，http://zdock.umassmed.edu/。

A:如果只是想預(yù)測(cè)一下，兩個(gè)蛋白是否有相互作用，有什么比較快捷的網(wǎng)站之類的嗎?

殷賦科技:試試這個(gè) http://string-db.org/。

H: 云平臺(tái)是你們自己的服務(wù)器還是基于阿里云的?

殷賦科技 :我們自己的服務(wù)器。

I: 能用你們的平臺(tái)免費(fèi)做對(duì)接嗎?

殷賦科技:現(xiàn)在注冊(cè)就有2張計(jì)算券。

H :有模板報(bào)告結(jié)果么?可以給大家看看平臺(tái)能做出些什么指標(biāo)或結(jié)果。

殷賦科技:有公眾號(hào)文章。因?yàn)槭诸^事情多，目前還在開發(fā)很多功能，暫時(shí)沒時(shí)間做模板。將來會(huì)逐步完善的。

目前我們平臺(tái)有vina和dock6兩個(gè)方案，可以做蛋白、核酸、多肽、小分子兩兩間對(duì)接，蛋白-蛋白除外。多肽、核酸作為配體的話，只支持少于6個(gè)氨基酸、堿基的情況，當(dāng)做有機(jī)小分子來處理。因?yàn)閿?shù)量多了，就不準(zhǔn)確。

H:一直對(duì)分子對(duì)接和MD感興趣，搜了那么微信號(hào)，只有你們一直堅(jiān)持專門針對(duì)這些寫分享文章。

 

ECD實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)的波長(zhǎng)

殷賦科技:請(qǐng)教下天然產(chǎn)物領(lǐng)域的朋友，各儀器測(cè)定的ECD實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)中，波長(zhǎng)都是整數(shù)嗎，有沒有出現(xiàn)小數(shù)的?我沒操作過儀器，所以不清楚。

J:應(yīng)該是可以設(shè)定的，我記得有個(gè)參數(shù)是設(shè)定每秒鐘測(cè)定的數(shù)據(jù)點(diǎn)數(shù)。

我們目前測(cè)的都是整數(shù)，參數(shù)都是用的那一個(gè)。

我目前測(cè)的沒有小數(shù)，只有整數(shù)，不知道調(diào)參數(shù)之后會(huì)不會(huì)有。

殷賦科技:我想大多數(shù)人應(yīng)該不會(huì)設(shè)置成有小數(shù)的吧，不然數(shù)據(jù)點(diǎn)就大十倍了。

J:可是我計(jì)算出來的數(shù)據(jù)都是帶小數(shù)的，還要篩選一下，保留整數(shù)。

 

薛定諤教程

K:薛定諤或是新版ds有沒有教程啊?

殷賦科技:這些軟件都自帶教程吧。

K:那個(gè)help看著有點(diǎn)亂。

殷賦科技:網(wǎng)上搜下應(yīng)該有，看看其他群友有沒有可供分享的咯。

K:有時(shí)那些設(shè)置的參數(shù)不知道要不要按教程來。

殷賦科技:這就要你對(duì)參數(shù)有足夠了解了。

K:那看來還是要看help里的介紹了。

殷賦科技:是啊，開卷有益。

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