影響因子高達(dá)7.8分的直腸癌轉(zhuǎn)移肝癌環(huán)狀RNA文章思路解析
文章導(dǎo)讀：
在非編碼RNA的大家族中，環(huán)狀RNA是近年來(lái)繼microRNA和lncRNA之后又一個(gè)明星成員。因其3’-5’端成環(huán)，所以在生物體中具有穩(wěn)定性高，不易被降解的特性。大部分環(huán)狀RNA通過(guò)直接或間接調(diào)控miRNA和靶基因參與海綿機(jī)制，現(xiàn)已有多篇文章報(bào)道該機(jī)制在疾病的發(fā)生發(fā)展過(guò)程中起至關(guān)重要的作用。另外，環(huán)狀RNA在疾病組織中通常差異性表達(dá)，因此，十分適合做為癌癥的分子標(biāo)志物來(lái)研究。目前關(guān)于直腸癌轉(zhuǎn)移肝癌領(lǐng)域還沒(méi)有相關(guān)報(bào)道。本文通過(guò)環(huán)狀RNA測(cè)序手段，對(duì)比直腸癌患者（CRC）與直腸癌轉(zhuǎn)移為肝癌患者（CRC-m）組織樣本，成功構(gòu)建了國(guó)內(nèi)首個(gè)直腸癌轉(zhuǎn)移為肝癌的環(huán)狀RNA表達(dá)譜。通過(guò)擴(kuò)大樣本量，證實(shí)兩個(gè)差異上調(diào)的環(huán)狀RNA，分別為circRNA_0001178和circRNA_0000826，它們具備作為分子標(biāo)志物研究的臨床價(jià)值。最后，分別構(gòu)建了環(huán)狀RNA-miRNA-mRNA網(wǎng)絡(luò)圖，直觀的展示了三者間潛在的關(guān)系。
期刊：Molecular Cancer
影響因子：7.8
服務(wù)內(nèi)容：環(huán)狀RNA測(cè)序（云序生物提供）
發(fā)表時(shí)間：2019年1月
測(cè)序樣本：1. 直腸癌患者（CRC）和直腸癌轉(zhuǎn)移為肝癌患者（CRC-m）癌組織，樣本量：3 vs 3
驗(yàn)證樣本：2. 直腸癌患者（CRC）和直腸癌轉(zhuǎn)移為肝癌患者（CRC-m）癌組織，樣本量：24 vs 16
文章內(nèi)容：
1. 全轉(zhuǎn)錄組測(cè)序構(gòu)建環(huán)狀RNA表達(dá)譜
作者通過(guò)高通量測(cè)序技術(shù)，分別檢測(cè)了CRC和CRC-m患者癌組織中環(huán)狀RNA的表達(dá)，共檢測(cè)到66,855個(gè)環(huán)狀RNA（差異倍數(shù)≥2倍，P值≤0.05），其中92個(gè)環(huán)狀RNA差異上調(diào)，21個(gè)環(huán)狀RNA差異下調(diào)。差異表達(dá)的環(huán)狀RNA，大多是外顯子成環(huán)的且可能具備編碼蛋白的能力。同時(shí)，它們除了在Y染色體上不分布以外，在其他染色體上都有分布。
作者選取前4名差異上調(diào)的環(huán)狀RNA，擴(kuò)大樣本至40例，進(jìn)行環(huán)狀RNA定量PCR（云序生物提供），驗(yàn)證結(jié)果與測(cè)序結(jié)果的趨勢(shì)一致，說(shuō)明測(cè)序結(jié)果真實(shí)可靠。其中，2個(gè)環(huán)狀：circRNA_0001178和circRNA_0000826為差異高表達(dá)。ROC曲線證實(shí)這2個(gè)環(huán)狀的表達(dá)情況與臨床診斷結(jié)果關(guān)系密切，具有作為直腸癌轉(zhuǎn)移肝癌臨床診斷的潛力。
通過(guò)Cytoscape軟件，作者對(duì)這兩個(gè)環(huán)狀分別構(gòu)建了ceRNA網(wǎng)絡(luò)圖。首先，確定與circRNA_0001178或circRNA_0000826結(jié)合力最強(qiáng)的5個(gè)miRNA，接著預(yù)測(cè)與miRNA結(jié)合的靶基因，最后構(gòu)建成ceRNA網(wǎng)絡(luò)圖。
總的來(lái)說(shuō)，本篇文章首先對(duì)直腸癌轉(zhuǎn)移肝癌與直腸癌樣本進(jìn)行測(cè)序，構(gòu)建環(huán)狀RNA表達(dá)譜。從測(cè)序結(jié)果中篩選到4條表達(dá)差異最明顯的環(huán)狀RNA。通過(guò)對(duì)臨床樣本的低通量驗(yàn)證，得到2條差異高表達(dá)的環(huán)狀RNA。最后，預(yù)測(cè)能夠與其結(jié)合的miRNA和靶基因，構(gòu)建環(huán)狀RNA-miRNA-mRNA網(wǎng)絡(luò)圖。
全文鏈接：
https://molecular-cancer.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12943-018-0932-8
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