云序生物客戶發(fā)表的首篇吉西他濱耐藥胰腺導(dǎo)管癌環(huán)狀RNA文章導(dǎo)讀
本篇文章主要研究的藥物是吉西他濱，其主要應(yīng)用于晚期胰腺癌病人的治療，可是若病人對(duì)此類藥物產(chǎn)生了耐藥反應(yīng)，那勢(shì)必會(huì)影響患者的生活質(zhì)量，甚至生命。目前，對(duì)于吉西他濱對(duì)胰腺癌耐藥機(jī)制研究尚不明朗。作者首先構(gòu)建了對(duì)吉西他濱耐藥細(xì)胞系，并通過全轉(zhuǎn)錄組測(cè)序比較了耐藥與正常細(xì)胞系之間環(huán)狀RNA的表達(dá)譜。通過生信分析，快速找到10條感興趣且差異表達(dá)的環(huán)狀RNA，驗(yàn)證結(jié)果與測(cè)序結(jié)果一致。選取兩條在吉西他濱耐藥患者中顯著高表達(dá)的環(huán)狀RNA，在40例臨床血漿樣本中進(jìn)行驗(yàn)證，發(fā)現(xiàn)兩者表達(dá)模式不變。環(huán)狀RNA和miRNA網(wǎng)絡(luò)圖顯示兩者可能結(jié)合的miRNA。沉默及過表達(dá)實(shí)驗(yàn)證實(shí)這些環(huán)狀RNA可能影響吉西他濱耐藥細(xì)胞系的功能。總的來說，本篇文章提供了一種研究吉西他濱耐藥新的分子標(biāo)志物。
期刊：frontiers in Pharmacology
影響因子：3.8
服務(wù)內(nèi)容：全轉(zhuǎn)錄組測(cè)序（云序生物提供）
樣本：1. 吉西他濱耐藥胰腺癌細(xì)胞系和未做處理胰腺癌細(xì)胞系，樣本量：3 vs 3
2. 耐藥病人血漿和健康人血漿，樣本量：20 vs 20
發(fā)表時(shí)間：2018年6月
文章內(nèi)容：
首先，作者通過MTT法檢測(cè)不同濃度吉西他濱處理細(xì)胞株細(xì)胞的活性，確定了半抑制濃度后，借助增殖曲線證實(shí)此種藥物能夠抑制細(xì)胞增殖。此外，作者還檢測(cè)了在大多耐藥細(xì)胞株中普遍高表達(dá)的標(biāo)志物MDR1基因的表達(dá)量，發(fā)現(xiàn)其的確在耐藥PANC-1細(xì)胞系中高表達(dá)。以上結(jié)果都證實(shí)，耐藥細(xì)胞株構(gòu)建成功。
作者通過高通量測(cè)序技術(shù)，分別檢測(cè)了耐藥細(xì)胞株和正常細(xì)胞株中環(huán)狀RNA的差異，共檢測(cè)到126個(gè)環(huán)狀RNA（差異倍數(shù)≥2倍，P值≤0.05），其中68個(gè)環(huán)狀RNA差異上調(diào)，58個(gè)環(huán)狀RNA差異下調(diào)。對(duì)差異環(huán)狀RNA的來源基因進(jìn)行GO和KEGG通路預(yù)測(cè)，發(fā)現(xiàn)了與免疫相關(guān)的GO條目和信號(hào)通路。
作者選取差異表達(dá)前10的環(huán)狀RNA進(jìn)行環(huán)狀RNA定量PCR（云序生物提供），驗(yàn)證結(jié)果為7個(gè)在耐藥細(xì)胞株中高表達(dá)，3個(gè)低表達(dá)與測(cè)序結(jié)果一致，準(zhǔn)確性高達(dá)100%，說明測(cè)序結(jié)果是真實(shí)可靠的。
作者選取了其中差異高表達(dá)的2條環(huán)狀RNA（上圖標(biāo)*的），以一條差異不顯著的環(huán)狀RNA為對(duì)照組，臨床樣本擴(kuò)大至20例臨床耐藥和20例不耐藥進(jìn)行定量PCR，發(fā)現(xiàn)與測(cè)序結(jié)果一致。
作者通過TargetScan軟件對(duì)這兩個(gè)環(huán)狀可能吸附的miRNA進(jìn)行預(yù)測(cè)，挑選結(jié)合力最強(qiáng)的miRNA進(jìn)行miRNA定量PCR（云序生物提供）實(shí)驗(yàn)，發(fā)現(xiàn)miR19a-3p，miR138-5p和miR145-5p在臨床樣本耐藥組中低表達(dá)。
6. 環(huán)狀RNA抑制耐藥胰腺癌細(xì)胞對(duì)藥物的敏感性和促進(jìn)對(duì)照組胰腺癌細(xì)胞的耐藥性
為研究前面篩選到的環(huán)狀，作者分別構(gòu)建siRNA，在耐藥細(xì)胞系中進(jìn)行干擾實(shí)驗(yàn)，發(fā)現(xiàn)環(huán)狀能夠促進(jìn)耐藥細(xì)胞系對(duì)藥物的敏感性，并影響凋亡的能力。過表達(dá)實(shí)驗(yàn)證實(shí)兩個(gè)環(huán)狀在對(duì)照組癌細(xì)胞中影響了細(xì)胞的耐藥性。
總結(jié)：
總的來說，本篇文章首先驗(yàn)證了吉西他濱在胰腺癌細(xì)胞中的功能，接著構(gòu)建耐藥與正常胰腺癌細(xì)胞株進(jìn)行全轉(zhuǎn)錄組測(cè)序，從測(cè)序結(jié)果中篩選到10條差異表達(dá)最明顯的環(huán)狀RNA。通過對(duì)臨床樣本的低通量驗(yàn)證，得到2條在耐藥細(xì)胞系中高表達(dá)的環(huán)狀RNA，預(yù)測(cè)其結(jié)合的miRNA。最后，分別敲降和過表達(dá)這兩個(gè)環(huán)狀，證實(shí)兩者都參與了細(xì)胞耐藥的過程。
全文鏈接：
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5996282/
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