歡迎回來(lái)!我們將繼續(xù)回來(lái)與大家一起分享一些新穎的不一樣的想法。分享一些客戶常問(wèn)的技術(shù)問(wèn)題,以及我們的回答?茖W(xué)家們提出了使用我們產(chǎn)品過(guò)程中遇到的問(wèn)題,我們給與了回答,還有什么比這個(gè)更節(jié)省您的時(shí)間?
這周我們我們討論:為什么用酒精作為防腐劑保存環(huán)境樣品不是個(gè)好主意?
問(wèn):我們想用PowerSoil DNA Isolation Kit提取從物體表面采集的棉拭子DNA。
對(duì)方法上是否有比較好的建議?通常我們會(huì)先潤(rùn)濕滅菌面前,擦拭物體表面,然后把面前浸入到溶液中(可能是70%乙醇)。經(jīng)過(guò)適當(dāng)浸泡后,轉(zhuǎn)移一些溶液到PowerBead Tubes中,然后按照說(shuō)明書進(jìn)行提取。使用酒精會(huì)影響提取結(jié)果嗎?有沒有從物體表面(如門把等)上采集樣品建議操作方法嗎?
非常感謝!
雖然酒精能成功地保護(hù)龍舌蘭蟲的DNA,但對(duì)細(xì)菌并不合用。為什么呢?因?yàn)榫凭S糜谶M(jìn)行分子鑒定前對(duì)實(shí)驗(yàn)操作臺(tái)進(jìn)行消毒處理。我們用酒精滅菌。如果用酒精保存用于微生物組分析的棉拭子、土壤等其它樣品,你會(huì)獲得擦拭實(shí)驗(yàn)操作臺(tái)同樣結(jié)果。酒精會(huì)殺死幾乎所有微生物。當(dāng)細(xì)胞壁消失后,DNA會(huì)被釋放到上清液中,從可溶的雜質(zhì)中分離DNA將非常困難。
我們?cè)?jīng)嘗試分別從用100%、70%和50%酒精保存的土樣中提取DNA,結(jié)果是失敗的。用酒精保存的水樣濾膜也同樣失敗。沒有任何價(jià)值。
對(duì)于棉拭子,最好的保存運(yùn)輸條件是干燥。干燥的物體表面,只要刮取你要檢測(cè)的地方即可,不需要用到鹽水。而口腔棉拭子或濕的樣品,讓其在空氣中自然干燥,然后可在-20℃長(zhǎng)期保存或運(yùn)輸,室溫也可以。當(dāng)拭子為干燥狀態(tài),上面沾染到的細(xì)菌和真菌就停止生長(zhǎng)。我們需要的不是消毒。
因?yàn)镈NA這種強(qiáng)壯的分子能在環(huán)境中保存相當(dāng)長(zhǎng)一段時(shí)間,所有我們通常建議土樣或水樣濾膜干燥、冷凍保存和運(yùn)輸。土樣在不同溫度條件下長(zhǎng)期保存過(guò)程中發(fā)生變化的相關(guān)數(shù)據(jù)正在收集當(dāng)中。有了結(jié)果后我們會(huì)先大家公布。
同時(shí),我們建議準(zhǔn)備使用RNA PowerSoil Kit提取RNA的土樣加入LifeGuard Soil Preservation Solution。加入LifeGuard后的土樣還應(yīng)該盡快放入到冰箱,最好是-20℃,以獲得最原始的RNA當(dāng)然剪影。這是因?yàn)镽NA表達(dá)隨著環(huán)境的變化發(fā)生突然改變。當(dāng)樣品放入到溶液中,微生物的生長(zhǎng)繁殖就停止了。
對(duì)基于DNA的微生物組學(xué)研究,因?yàn)榛蚪M當(dāng)然不會(huì)馬上發(fā)生改變,原始狀態(tài)保存土壤不加任何額外液體是最簡(jiǎn)單、最少干擾和最省錢的辦法。
讓你的微生物樣品遠(yuǎn)離酒精吧。如果你要研究龍舌蘭蝴蝶幼蟲,它是一種很好的防腐劑。是有效放腐,不是消化。如果你想知道門把手或土壤中有哪些微生物,就讓它們保持在原始的生長(zhǎng)基質(zhì)中,或干燥的濾紙或棉拭子。它們跟DNA一起保持靜止、完整。