單細(xì)胞mRNA測序揭示早熟樹突狀細(xì)胞在炎癥反應(yīng)中的作用       
——研究表明單細(xì)胞測序在發(fā)現(xiàn)通常隱藏在海量細(xì)胞樣本中的稀有細(xì)胞群的重要性

波士頓和南舊金山，加州，2014年6月30——在本月Nature上發(fā)表的一篇文章中，Broad 研究所和FLUIDIGM的科學(xué)家使用C1^TM單細(xì)胞自動制備系統(tǒng)制備細(xì)胞用于單細(xì)胞測序，發(fā)現(xiàn)在受到相同抗原刺激的樹突狀細(xì)胞群體中有一個亞群的早熟細(xì)胞更早地表達(dá)抗病毒基因。 由于通常情況下是在海量細(xì)胞中進(jìn)行平均的檢測，這些早熟的細(xì)胞是無法被發(fā)現(xiàn)的。基于FLUIDIGM和Broad研究所在單細(xì)胞基因組學(xué)的貢獻(xiàn)，這一發(fā)現(xiàn)將使研究者可以探索機(jī)體在受到外源攻擊時，這些早熟的細(xì)胞如何調(diào)控機(jī)體的免疫反應(yīng)。

Nature的文章同樣也著重指出細(xì)胞異質(zhì)性的作用及其在免疫反應(yīng)中的胞間通訊的重要性。在通常的實(shí)驗(yàn)中，細(xì)胞在一個環(huán)境中被一起研究，允許細(xì)胞間的通訊和傳遞信號。然而，F(xiàn)LUIDIGM的C1^TM單細(xì)胞自動制備系統(tǒng)的獨(dú)有特性允許研究者分離單一細(xì)胞來發(fā)現(xiàn)那些表達(dá)抗病毒基因的特定細(xì)胞。因?yàn)檫@些特定的細(xì)胞被分離了，那些不表達(dá)抗病毒基因的細(xì)胞就不會引起免疫反應(yīng)，這表明胞間通訊在免疫反應(yīng)中起到至關(guān)重要的作用。

除了發(fā)現(xiàn)稀有的細(xì)胞亞群以外，這一研究為單細(xì)胞研究的數(shù)據(jù)樹立了一個新的標(biāo)準(zhǔn)。在文章中發(fā)表的1774個細(xì)胞的數(shù)據(jù)是目前為止最大的單細(xì)胞基因組數(shù)據(jù)，也是最大的單細(xì)胞mRNA測序數(shù)據(jù)。

為了發(fā)現(xiàn)和描述這些只占樹突狀細(xì)胞群1%的稀有的早熟細(xì)胞，研究者需要按比例放大到很高數(shù)量的細(xì)胞。為了達(dá)到這個目的，他們首先需要解決兩個關(guān)鍵問題：怎樣制備含有成千上萬個細(xì)胞的單細(xì)胞文庫，以及怎樣在可承受范圍內(nèi)對如此大量的樣本進(jìn)行測序。

為了制備數(shù)目巨大的單細(xì)胞文庫，研究者依靠實(shí)驗(yàn)開始時剛剛上市的C1^TM單細(xì)胞自動制備系統(tǒng)。C1™系統(tǒng)的微流控技術(shù)使得研究者能快速和可靠地分離，處理和研究單一細(xì)胞用于基因組學(xué)分析。在研究中，科學(xué)家們發(fā)現(xiàn)可以用少于100萬的讀長獲得穩(wěn)定的單細(xì)胞的數(shù)據(jù)（通常做海量mRNA測序需要500萬到1000萬的讀長）。科學(xué)家們能更快地獲得穩(wěn)定的數(shù)據(jù)大大降低了實(shí)驗(yàn)運(yùn)行的成本。
 
要獲得完整的文章——Single-cell RNA-seq reveals dynamic paracrine control of cellular variation, Nature. 2014 Jun 19;509(7505):363-9

請?jiān)L問：  http://info.fluidigm.com/Shalek_Et_Al.html

單細(xì)胞基因組學(xué)倡議
在2012年，Broad研究所的基因組學(xué)平臺和FLUIDIGM（NASDAQ:FLDM）建立了單細(xì)胞基因組學(xué)倡議用于加速哺乳動物單細(xì)胞基因組學(xué)研究方法的開發(fā)和結(jié)果的發(fā)現(xiàn)。單細(xì)胞基因組學(xué)倡議也是在許多包括干細(xì)胞和腫瘤生物學(xué)在內(nèi)的前沿領(lǐng)域的單細(xì)胞基因組學(xué)研究者之間進(jìn)行合作的橋梁。倡議的機(jī)構(gòu)位于麻省劍橋的Broad研究所，在那里有全套的富魯達(dá)單細(xì)胞工具，實(shí)驗(yàn)流程和技術(shù)，最引人注目的就是C1^TM單細(xì)胞自動制備系統(tǒng)和BioMark HD^TM系統(tǒng)。

技術(shù)
FLUIDIGM的C1^TM單細(xì)胞自動制備系統(tǒng)是基于公司開創(chuàng)性的微流控技術(shù)，這一技術(shù)使研究者們能快速和可靠地分離，處理和描述單個細(xì)胞用于基因組學(xué)分析�？茖W(xué)家們可以用一種技術(shù)抽提，反轉(zhuǎn)錄，擴(kuò)增并最終檢測和分析細(xì)胞活性，從而降低不同平臺技術(shù)帶來的差異。

在這篇最近發(fā)表的文章中的實(shí)驗(yàn)，一共用到了5套C1^TM單細(xì)胞自動制備系統(tǒng)，從1774個細(xì)胞中產(chǎn)生了有生物意義的數(shù)據(jù)。

這篇文章是第10篇C1^TM單細(xì)胞自動制備系統(tǒng)上發(fā)表的文獻(xiàn)。

關(guān)于富魯達(dá)
富魯達(dá)（NASDAQ:FLDM）為像單細(xì)胞生物學(xué)和生產(chǎn)基因組學(xué)等的高增長市場開發(fā)，生產(chǎn)和市場化生命科學(xué)分析和制備系統(tǒng)。我們銷售給全球頂尖的科研院校，臨床實(shí)驗(yàn)室，制藥公司，生物技術(shù)公司以及農(nóng)業(yè)生物技術(shù)公司。我們的系統(tǒng)是基于專利的微流控和多參數(shù)流式質(zhì)譜儀技術(shù)，產(chǎn)品設(shè)計(jì)時大大簡化了實(shí)驗(yàn)流程，提高了通量并降低了成本，同時又能提供優(yōu)秀的數(shù)據(jù)質(zhì)量。富魯達(dá)產(chǎn)品僅供研究用途。不可用于診斷步驟。

FLUIDIGM®，C1™和BioMark™是FLUIDIGM的商標(biāo)或注冊商標(biāo)。

關(guān)于麻省理工學(xué)院和哈佛大學(xué)的Broad研究所
麻省理工學(xué)院和哈佛大學(xué)的The Eli and Edythe L. Broad研究所在2004年建立，用于給有創(chuàng)造力的科學(xué)家轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)的機(jī)會。Broad研究所旨在描述生命的所有分子部件以及它們的聯(lián)系；發(fā)現(xiàn)主要人類疾病的分子基礎(chǔ)；開發(fā)有效的診斷和治療方法；并向整個科研界發(fā)布發(fā)現(xiàn)，工具，方法和數(shù)據(jù)。

該研究所由麻省理工學(xué)院，哈佛大學(xué)和它們的附屬醫(yī)院，以及洛杉磯的慈善人士Eli和Edythe L. Broad 建立，人員包括麻省理工學(xué)院和哈佛大學(xué)的生物醫(yī)療領(lǐng)域的教授，專業(yè)職員和學(xué)生，研究所與全球超過40個國家的100多個私立和公立的科研機(jī)構(gòu)有合作項(xiàng)目。希望了解Broad研究所的更多信息，請登錄http://www.broadinstitute.org。

更多FLUIDIGM產(chǎn)品信息，請咨詢：http:///