菌落PCR(Colony PCR)可不必提取基因組DNA,不必酶切鑒定,而是直接以菌體熱解后暴露的DNA為模板進(jìn)行PCR擴(kuò)增,省時(shí)少力。建議使用載體上的通用引物。通常利用此方法進(jìn)行重組體的篩選或者DNA測(cè)序分析。最后的PCR產(chǎn)物大小是載體通用引物之間的插入片斷大小。
實(shí)驗(yàn)方法原理 | 直接挑取菌落進(jìn)行PCR,PCR的95℃加熱可以破胞,釋放基因組DNA或質(zhì)粒,成為PCR體系的模板,然后進(jìn)行鏈?zhǔn)綌U(kuò)增。 |
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實(shí)驗(yàn)材料 |
基因樣品 |
試劑、試劑盒 |
dNTP PCR混合液 |
儀器、耗材 |
PCR儀 |
實(shí)驗(yàn)步驟 |
1. PCR混合液的制備
(1)Taq buffer(10×) 180 ul (2)dNTP(2.5 mM) 20~25 ul (3)Primer Forward(引物濃度在10 Pmol) 5 ul (4)Primer Reverse(引物濃度在10 Pmol) 5 ul (5)ddH2O 147 ul (6)Taq(2 U/ul) 12~15 ul 2. 常溫下隨機(jī)挑選轉(zhuǎn)化板上的轉(zhuǎn)化子,用滅菌的牙簽或槍頭挑取單個(gè)菌落(強(qiáng)調(diào)單個(gè),不能是雙克。,在LB瓊脂糖平板上輕點(diǎn),做一拷貝。 3. 然后將沾有菌體的牙簽或槍頭置于相應(yīng)的裝有PCR管中或者96空pcr反應(yīng)板(管子做好記號(hào),如平板上點(diǎn)的是1#,則管子上也標(biāo)1#,以便篩選到克隆后的擴(kuò)到培養(yǎng))。 4. 挑好單克隆菌落后將之前配制好的PCR混合液加入體系是30 ul。 5. 將混有菌體的PCR混合物置于PCR儀中,按常規(guī)條件擴(kuò)增。 6. 將擴(kuò)增出來(lái)的反應(yīng)液中加入溴酚藍(lán)或是其他染料,電泳檢測(cè)是否得到目的片斷。如有則為陽(yáng)性克隆。 7. 將已經(jīng)接種有菌落的平板置37℃培養(yǎng)箱培養(yǎng)過(guò)夜,使菌落擴(kuò)增。 8. 次日挑選陽(yáng)性克隆做進(jìn)一步篩選或培養(yǎng)。步驟2也可以不點(diǎn)板,直接接種搖菌,如果早上做PCR的話,下午就可以提質(zhì)粒,得到重組載體。 |
注意事項(xiàng) |
1. 設(shè)計(jì)引物很關(guān)鍵。一般如果是定向克隆,用載體上的通用引物即可;如pET系列可用T7通用引物。如果是非定向克。ㄈ鐔蚊盖谢蚱侥┒诉B接),一條引物用載體,一條引物用目的基因上的,這樣就可以比較方便的鑒定了,而且錯(cuò)誤概率很低。PCR條件的選擇接近最佳,同時(shí)挑取的菌體不宜太多,否則會(huì)有非特異性擴(kuò)增。
2. 使用的引物濃度不能太高,濃度過(guò)高會(huì)導(dǎo)致非特異性擴(kuò)增,反應(yīng)的循環(huán)數(shù)也不能太多,一般不超過(guò)25個(gè)。同時(shí)因?yàn)閿U(kuò)增的片段的GC含量問(wèn)題,有的GC含量很低,有的又很高,導(dǎo)致菌落PCR不容易擴(kuò)增出目的條帶,在此建議在設(shè)置PCR程序時(shí)以高GC的溫度為上限,每一循環(huán)降0.2度左右。 |