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細菌感染性疾病的直接核酸診斷試驗

瀏覽次數(shù):7186 發(fā)布日期:2009-6-5  來源:本站 僅供參考,謝絕轉(zhuǎn)載,否則責任自負

  細菌感染性疾病的直接核酸診斷試驗

                 Florence Paillard, PhD, and Craig S. Hill, PhD

準確和快速的診斷是及時采取治療措施和防止感染性疾病擴散的關鍵。理想的感染性疾病的診斷試劑應該能夠給臨床醫(yī)生提供快速、靈敏度高和特異性強的實驗結(jié)果。檢測試劑如果靈敏度不高則可能導致疾病的漏檢,使患者不能得到及時的治療,還可造成疾病的擴散;同樣,試劑如果特異性較差則可能出現(xiàn)假陽性結(jié)果,假陽性的出現(xiàn)不僅會導致不必要的治療,還可能給人們帶來心理上的陰影。不論對個人還是公共衛(wèi)生部門,因檢測方法的不可靠所導致的錯誤診斷都有可能造成嚴重的后果。令人欣慰的是,近年來分子診斷技術的發(fā)展已使得人們可以研制出比傳統(tǒng)方法更為靈敏、特異和快速的用于感染性疾病的診斷試劑。

一、細菌感染性疾病診斷方法述評

數(shù)十年來,檢測細菌的的標準方法是培養(yǎng)(液體和/或固體培養(yǎng)基)和染色,如用于結(jié)核分枝桿菌的抗酸染色和淋病奈瑟菌的革蘭染色。其它一些方法還包括采用抗體技術檢測細菌抗原的酶免疫測定(EIA)和直接熒光抗體技術(DFA)等。

采用分子生物學技術檢測微生物核酸成分的核酸檢測(NATs)技術的發(fā)展為臨床診斷方法帶來了革命性的變化。目前用于微生物鑒定的NATs主要有兩種類型:培養(yǎng)確認檢測試劑和直接檢測試劑。培養(yǎng)確認的NATs試劑主要用來對培養(yǎng)基上生長的微生物進行確認;直接NATs試劑可以直接檢測標本中的微生物,無需培養(yǎng)。與培養(yǎng)確認探針試劑相比,由于直接NATs試劑完全不需要培養(yǎng)這一步驟,所以可以更快地給出檢測結(jié)果;直接NATs試劑一般來說其準確性也高于直接免疫檢測方法。美國FDA批準的第一個非放射性直接NATs試劑是Gen-Probe PACE試劑,用來檢測衣原體和淋球菌感染。

對直接NATs試劑而言,一個至關重要的改進在于加入了目標擴增步驟,即探針檢測前將目標序列進行擴增。第一個用于沙眼衣原體檢測的核酸擴增試劑(NAATs)于1993年獲得了FDA的批準。此后,隨著核酸擴增技術的不斷改進,出現(xiàn)了可以將樣品成分的抑制作用降為最小的第二代NAATs,它的操作流程也得到了相應改進。

本文將就已經(jīng)商品化并得到FDA批準的用于檢測五種細菌感染的直接NATs試劑進行述評。這五種感染為:鏈球菌性咽炎、肺結(jié)核(TB)、陰道炎、衣原體(CT)和淋球菌(GC)感染。

二、直接NAT方法學

非擴增直接NATs(表1):大多數(shù)商品化的直接NATs試劑都采用特異性針對出現(xiàn)在被測生物體內(nèi)的一段獨有的核酸序列(目標序列)的核酸探針。這種探針通常采用熒光或化學發(fā)光標記。所測樣品需進行處理以使其能夠釋放出核酸。檢測時,標記的DNA探針可以和靶序列特異性結(jié)合,形成一個穩(wěn)定的探針-目標序列雜交體。該雜交體被從非雜交探針中分離或區(qū)別開后,標記物散發(fā)出信號。

在直接檢測臨床標本中的微生物時,NATs可以采用不同的方式來提高試劑的靈敏度。Gen-Probe采用的一項專利技術是將rRNA作為檢測目標,rRNA在大多數(shù)微生物體內(nèi)是以數(shù)以千計的拷貝量存在的。例如,沙眼衣原體中的rRNA可達2000拷貝,而DNA中有用的靶序列在每個細菌體內(nèi)的量僅有一個或數(shù)個拷貝。因此以rRNA為檢測目標可以大大提高試劑的靈敏度。除此之外,Gen-Probe由于在雜交檢測中還采用了雜交保護檢測(HPA)方法,使其試劑的靈敏度得以進一步提高。檢測rRNAHPA技術的結(jié)合使得第一個DNA探針檢測試劑被臨床實驗室廣泛用于培養(yǎng)的確定和直接檢測。

第二個用于提高DNA探針檢測靈敏度的方法是對信號分子進行放大,如雜交捕獲試劑(Hybrid Capture assay)。它采用針對RNA:DNA雜交體的抗體來檢測雜交形成,每個抗體都帶有酶標記物。每個酶分子都會產(chǎn)生多種著色分子用于與之結(jié)合的每個雜交分子。這種從一個雜交分子產(chǎn)生多重信號分子的方法稱為“信號放大”方法。但與第三種改進試劑性能的“目標擴增”方法相比,信號放大方法的靈敏度和特異性都要低的多。

目標擴增直接核酸擴增檢測(表1):目標擴增是指通過在一個試管內(nèi)產(chǎn)生數(shù)百萬個目標序列拷貝的方法來提高試劑的靈敏度,這種方法類似于通過培養(yǎng)使細菌體內(nèi)產(chǎn)生更多的靶DNARNA拷貝以提高檢測的靈敏度。但靶擴增的過程要比培養(yǎng)快的多,它可以用來檢測實驗室里難以培養(yǎng)或不能培養(yǎng)的細菌。目標擴增所采用的復制序列(亦稱amplicons)為標記的DNA探針。目前廣泛采用的鑒定細菌的幾種目標擴增方法分別為PCR、鏈替代擴增(SDA)和轉(zhuǎn)錄介導擴增(TMA)。

1PCR:指DNA目標序列受熱變性,然后加入DNA聚合酶進行擴增的過程?膳c目標序列特異性結(jié)合的引物引導DNA聚合酶對該序列進行復制。DNA合成的每個過程均經(jīng)歷加熱變性退火延伸這樣一個循環(huán),每個循環(huán)后拷貝數(shù)可增加一倍。由于反應循環(huán)可進行一定次數(shù),所以短時間內(nèi)即可擴增獲得大量目標DNA

2SDA:與PCR不同,SDA的擴增過程是在同一溫度下進行的。這種“恒溫”方法也需使用引物來保證擴增的DNA序列的特異性。不同的是,它無需采用加熱變性的方法來解鏈雙鏈DNA,而是采用限制性核酸內(nèi)切酶對新合成的DNA引物進行切割。DNA聚合酶能識別切割位點并可以在該點重新啟動DNA合成,通過對DNA的復制以替代以前的DNA鏈。這一過程可以使DNA的拷貝成倍增長,并循環(huán)進行。和PCR一樣,SDA僅擴增DNA。如果擴增對象是RNA,則需首先將其轉(zhuǎn)錄為DNA。均相檢測采用出現(xiàn)在SDA反應中的稱之為“分子燈標”的一種特異性熒光探針,這種探針與擴增反應過程產(chǎn)生的復制序列(amplicon)進行雜交并改變其結(jié)構(gòu)時會產(chǎn)生熒光信號。

3TMATMA是在恒溫過程中特異性擴增RNADNA分子,反應過程需引物和兩種酶:逆轉(zhuǎn)錄酶(RT)和RNA聚合酶。逆轉(zhuǎn)錄酶用來合成DNA,合成的DNA再被RNA聚合酶用來復制更多的RNA,這一過程可以循環(huán)進行。采用自動化擴增儀,TMA可以在1530分鐘內(nèi)使目標序列擴增100億倍。檢測采用HPA方法。HPA使用可以和復制序列進行特異性雜交的吖啶酯標記探針。擴增后,一種“選擇試劑”可以破壞掉未雜交探針上的吖啶酯,而已經(jīng)雜交的探針上的吖啶酯不會受影響,這是因為雜交結(jié)構(gòu)可以保護它。檢測可采用發(fā)光儀。

1.用于細菌檢測的商品化直接NAT技術

NAT類型        技術         核酸       標記        生產(chǎn)商

            雜交保護(HPA)  rRNA     化學發(fā)光     Gen-Probe Inc

非靶擴增    固相捕獲          rRNA     比色         BD

            雜交捕獲          DNA      化學發(fā)光     Digene Corp.

           

            PCR               DNA      比色        Roche

靶擴增      SDA               DNA      熒光        BD

            TMA              rRNA     化學發(fā)光    Gen-Probe Inc

三、直接NATs與培養(yǎng)/免疫方法的比較

(一)、與其它常用微生物檢測方法相比,直接NATs的優(yōu)勢主要有:

1. 檢測時間短(16小時)。雖然這一檢測時間與EIA相似,但較之培養(yǎng)所需的2472小時甚至8周(如結(jié)核桿菌)而言,還是有很顯著的改進。快速檢測不僅可以使病人得到及時治療,在某些情況下,還能提高公共衛(wèi)生的安全性(如避免疾病的擴散)。

2. 高通量檢測。一些直接NATs可以在同一個時間里進行幾百個標本的檢測,不僅省時、也降低了成本。自動化的直接NATs也大大減輕了工作負擔。

3. 高靈敏度NAATs。NAATs理論上可以從每份標本中檢出一個生物體,而其它方法如EIA的最低檢測水平為每份標本1000個以上的生物體。NAATs的臨床靈敏度一般在95%以上,與標準培養(yǎng)方法相等或更敏感,在某些標本中更是明顯(如尿標本CT檢測)。

4. 因為無須要求被檢測標本中的微生物一定是存活的,所以直接NATs對標本的要求不高。與培養(yǎng)相比,直接NATs所用的標本可以放置更長時間。

(二)、直接NATs的潛在局限性主要有:

1. 一些第一代NAATs在某種情況下會因為擴增抑制作用而導致試劑靈敏度的降低(如采用尿標本檢測CT)。這種抑制作用通常是標本-特異的,會引起假陰性結(jié)果。通過內(nèi)在監(jiān)控或擴增控制等方法可以控制這種抑制作用,也可以采用目標捕獲等技術處理標本從而消除抑制作用。盡管有時會出現(xiàn)抑制作用,但大多數(shù)NAATs臨床檢測靈敏度仍然高于非擴增的直接NATsEIA。

2. 標本之間復制序列的殘留物污染對NAATs可能是一個問題,但不影響非擴增直接NATs。嚴格執(zhí)行操作程序可以最大限度的減少殘留物污染所帶來的影響。

3. 目前FDA批準的NAATs不能用于檢測耐藥性。對于需要了解耐藥情況的一些病例如結(jié)核診斷,需同時進行NAAT和培養(yǎng)。NAATs可以快速檢定結(jié)核桿菌,使患者得到及時治療;而培養(yǎng)可以確定診斷及細菌耐藥情況。

4. NAATs的成本通常高于傳統(tǒng)微生物和EIA檢測方法。一個例外是CT培養(yǎng),它一般很難進行,而且成本要高于NAATs。

四、用于細菌感染性疾病的直接NATs(表2

表2FDA批準的用于細菌感染性疾病的直接NATs

病名   病原體   生產(chǎn)商/試劑     檢測技術   所用標本(FDA認可)

  A群鏈球 A群鏈球菌  Gen-Probe/           HPA         咽拭子標本

菌性咽炎        GASDirect

                             Roche/                           呼吸道標本

                             AMPLICOR MTB    PCR        (涂片陽性)

肺結(jié)核     結(jié)核桿菌     Gen-Probe/                        呼吸道標本

                        AMPLIFIEDMTD) TMA       涂片陽性、陰性

     

                                                     宮頸內(nèi)拭子標本

                        Gen-Probe, PACE 2 CT  HPA      男性尿道拭子標本

                                                    眼結(jié)膜拭子標本

   衣原體感染  沙眼衣原體   Digene,Hybrid          Hybrid

                             Capture II CT         Capture    宮頸內(nèi)拭子標本

                                                              宮頸內(nèi)拭子標本

                             Roche,AMPLICOR CT  PCR      男性尿道拭子標本

                                                              男性和女性尿標本

                                                               宮頸內(nèi)拭子標本

                                                                 男性尿道拭子標本

                              Gen-Probe,APTIMA Combo 2 TMA   男性和女性尿標本

                                                                 陰道拭子

                              Gen-Probe, PACE 2 GC  HPA       宮頸內(nèi)拭子標本

                                                                男性尿道拭子標本

                               Digene,Hybrid          Hybrid     

                               Capture II GC          Capture    宮頸內(nèi)拭子標本

                                                                 宮頸內(nèi)拭子標本

                                Roche,AMPLICOR GC  PCR      男性尿道拭子標本

       淋球菌感染  淋病奈瑟菌                                    男性尿液

                                                                 宮頸內(nèi)拭子標本

                                BDProbe Tec ET CT/GC   SDA    男性尿道拭子標本

                                                                 男性和女性尿標本

                                                                 宮頸內(nèi)拭子標本

                                Gen-Probe,APTIMA Combo 2 TMA  男性尿道拭子標本

                                                                  男性和女性尿標本

                                                                  陰道拭子

                  陰道加特納菌、

       陰道炎     陰道毛滴蟲、   BD Affirm VPIII            固相   陰道拭子

                  念珠菌屬                                  捕獲

    A群鏈球菌性咽炎:檢測咽炎病人A群鏈球菌(GAS)的金標準是采用咽拭子標本進行培養(yǎng),但培養(yǎng)需要2448小時。目前所開發(fā)的快速抗原檢測試劑(RADT)雖然可以進行快速檢測,而且使用也較方便,但其靈敏度一般比培養(yǎng)低。許多專家建議當病人為兒童或青少年、或醫(yī)生在他的實際工作中不能確定所使用的RADT的靈敏度是否和培養(yǎng)相同時,則應當采用咽拭子培養(yǎng)對所有RADT檢測陰性的標本進行確定。

Gen-Probe公司生產(chǎn)的GASDirect試劑(表2)是目前唯一通過FDA認可的用于檢測GAS的直接NAT試劑。它采用HPA方法測定GASrRNA序列。GASDirect的靈敏度約為90%、特異性98%,優(yōu)于RADT試劑,與培養(yǎng)的靈敏度相似。GASDirect的檢測時間為60分鐘,每份標本的檢測成本低于咽拭子培養(yǎng),與RADT相同。因此,在GAS的檢測方法中,GASDirect不失為一個有用的選擇。

肺結(jié)核(TB):目前美國胸科學會和CDCTB的實驗室檢測要求是熒光抗酸染色(AFB涂片)和液體及固體培養(yǎng)基培養(yǎng)。涂片比較快捷但靈敏度較低;培養(yǎng)的靈敏度較高但需28周。Gen-Probe公司生產(chǎn)的AMPLIFIED結(jié)核分枝桿菌檢測試劑(MTD、第一個由FDA批準的結(jié)核NAAT檢測試劑)和Roche公司的AMPLICOR MTB試劑(表2)已被用于TB的診斷。不過這兩種試劑被限定只能用于呼吸道標本的檢測。它們可以用做TB的初期診斷,但不能用于監(jiān)控治療。

    與培養(yǎng)或最終確診結(jié)果相比,上述方法的靈敏度和特異性與培養(yǎng)相似,但這些商品化的NAAT試劑的檢測時間只需一天,因此可以為醫(yī)生提供快速診斷結(jié)果。FDA早期批準的NAAT試劑僅用于AFB涂片陽性的病人,而后來批準的MTD試劑可以用來對涂片陰性的可疑TB患者進行檢測。MTD這一用途使其能夠?qū)吮局薪Y(jié)核桿菌數(shù)量很少而難以采用涂片檢查的病人進行快速檢測。圖1概述了CDC推薦的采用MTD檢測結(jié)核分枝桿菌的使用原則。

1. 用于可疑TB患者的MTD檢測使用原則

        第一份痰標本 → 培養(yǎng) → 確定或否定TB診斷

               

        涂片   NAAT

               

        陽性    陽性  MTB陽性

        陽性    陰性 → 檢查有無抑制作用  無  檢測其它標本  涂片(+MTDNTM

                                         → 有 → 采用MTD或其它NAAT檢測其它標本

        陰性    陽性  檢測其它標本  MTD+ MTB陽性

        陰性    陰性  檢測其它標本 → 涂片(MTD→ MTB陰性

       

        注:NTM:非結(jié)核分枝桿菌。

陰道炎:與陰道炎有關的微生物包括陰道加特納菌、陰道毛滴蟲和念珠菌屬。傳統(tǒng)診斷陰道炎的方法為陰道標本培養(yǎng)和玻片鏡檢。培養(yǎng)雖然靈敏,但耗時、耗力,且成本較高;玻片鏡檢比較快捷,但對某些病原體的靈敏度較低(如檢測念珠菌和滴蟲的靈敏度55%),且檢測結(jié)果的準確性常常依靠操作人員的經(jīng)驗。BD公司的Affirm VPIII檢測試劑(表2)是一種NAT試劑,采用兩個探針:一個是捕獲探針,一個為檢測探針。靶序列首先與固定在一個珠子上的捕獲探針進行雜交,然后再與檢測探針雜交。隨后經(jīng)洗滌去除未結(jié)合的標本和探針,將檢測探針與檢測酶結(jié)合。通過幾次洗滌將多余的酶去除后再加入酶底物,結(jié)果呈藍色,可通過肉眼觀察。Affirm VPIII能檢測上述三種病原體,與培養(yǎng)相比,其靈敏度分別為:念珠菌81%、加特納菌89%、毛滴蟲92%。

衣原體(CT)和淋球菌(GC)感染:檢測CTGC的實驗室方法目前主要包括革蘭染色、培養(yǎng)、非擴增NATs、NAATs、EIADFA。

1.非擴增NATsGen-Probe公司生產(chǎn)的檢測CT、GC或聯(lián)檢DNA探針試劑(PACE 2 CT、PACE 2 GCPACE 2C)已獲得FDA的批準,可用來檢測來自宮頸內(nèi)、男性尿道和眼結(jié)膜(僅供CT)的標本。使用一份拭子標本,PACE2就可以對CTGC進行聯(lián)檢(PACE 2C)或檢測其中的一種。目前在美國PACE2系列已成為臨床實驗室最為常用的檢測CTGC的方法。PACE 2采用HPA方法測定rRNA,靈敏度和特異性與培養(yǎng)相似;PACE 2 GC的靈敏度與NAATs相似,但PACE 2 CT的靈敏度低于NAATs(表3)

表3.。捶NFDA批準的檢測CT直接NATs對比

  試劑      技術  靶序列  拭子標本的靈敏度  尿標本的靈敏度

 Gen-Probe PACE 2 CT HPA  rRNA   70%--90%            不適用

 Roche AMPLICOR CT  PCR    DNA       >90%                80%--90%

  BD Probe Tec CT/GC    SDA    DNA       >90%                80%--90%

  Gen-Probe APTIMA

   Combo 2 CT/GC        TMA   rRNA      >95%                >90%

2NAATsRoche公司的AMPLICOR試劑是第一代基于PCRNAAT;BD公司的BDProbe Tec是第一代基于SDANAAT這些試劑擴增的目標序列通常位于染色體DNA或質(zhì)粒中。BDProbe Tec目前有兩種:一是檢測CTBDProbe Tec CT,另一種是可以在一份標本中同時檢測CTGCBDProbe Tec CT/GC。新近出現(xiàn)的CT/GC NAATGen-Probe公司的Combo 2試劑,它是基于TMA的第二代NAAT,通過在一份標本中同時擴增CTGCrRNA分子而對二者進行檢測和確定。這種試劑采用一種獨特的目標捕獲方法對目標分子進行純化和濃縮以去除可能存在于標本內(nèi)的抑制物。目標捕獲方法采用特異性探針將目標rRNA分子結(jié)合到磁微粒上,未結(jié)合的分子經(jīng)洗滌除去。隨后已經(jīng)過純化和濃縮后的目標分子通過TMA進行擴增。

3.檢測CTGC的直接NATs的靈敏度和特異性:檢測CTNAATs通常比非擴增的NATsCT培養(yǎng)的靈敏度高,而檢測GCNAATs的靈敏度與培養(yǎng)和非擴增的NATs相似。采用拭子標本的所有檢測CTNAATs一般都有較高的靈敏度(>90%),其中Combo 2試劑的靈敏度最高(>90%)。

對于泌尿生殖道標本,PACE 2試劑盒被批準只可采用男性尿道和女性宮頸內(nèi)拭子標本檢測CTGC。而NAATs不僅可以采用拭子標本、也可使用尿液標本。由于尿的采集是非侵入性的,易于被病人接受,同時也減輕了工作負擔。由于高水平抑制物質(zhì)的存在,采用尿標本的第一代NAATs的靈敏度比采用拭子標本低5-10%,這點在女性更為明顯。采用PCR方法(如AMPLICOR試劑)檢測女性尿標本中GC的效果尚不清楚。SDA方法已獲批準可以采用男性和女性尿標本進行檢測,但女性尿標本檢測靈敏度比宮頸內(nèi)拭子標本低大約10%。Combo 2靶捕獲方法可以減少抑制,因此采用該試劑檢測尿標本的靈敏度高達91%-100%。

CDC最近發(fā)表了CTGC檢測指南(表4)。NAATs因其高靈敏度被推薦用于CT檢測,但也可采用探針檢測和EIA方法。對于GC檢測應首選拭子標本培養(yǎng),因其具有很高的靈敏度,并能進行藥敏檢測。NAATs和探針檢測的靈敏度與GC培養(yǎng)相似,當因轉(zhuǎn)送和儲存條件不佳難以進行培養(yǎng)時推薦采用NAATs和探針檢測。不論CT還是GC感染,所有檢測方法均推薦采用男性尿道和女性宮頸內(nèi)拭子標本。如果侵入性的拭子采集方法不被接受或不能采集,NAATs可采用尿標本。由于交叉污染或某些第一代NAATs可以和非淋病奈瑟菌發(fā)生非特異性反應,CDC建議核查一些陽性結(jié)果以排除假陽性。在低流行人群中,對CT/GC NAAT結(jié)果陽性者應進行附加NAAT檢測以排除可能出現(xiàn)的假陽性結(jié)果,避免給患者帶來不良影響。陽性結(jié)果的確認應采用不同的NAAT或采用技術相同但擴增不同CT/GC序列的NAAT,以幫助排除假陽性結(jié)果。

表4.  CDC推薦篩查男女CTGC感染的檢測方法

   病原體         檢測方法

              采用拭子或尿標本的NAAT

              采用拭子標本的非擴增NATEIA

     衣原體(CT)   或DFA

                      拭子培養(yǎng)

                            拭子培養(yǎng)

     淋球菌(GC)     采用拭子標本的NAAT

                            或非擴增NAT

                            采用尿標本的NAAT

五、直接NATs的未來發(fā)展趨勢

提升自動化程度使操作更容易是直接NATs的未來發(fā)展趨勢之一,F(xiàn)行的直接NAT儀器大多只能自動化操作檢測過程中的一部分(如擴增或測定)。新的全自動儀器如TIGRIS DTSGen-Probe公司)可以自動化完成所有檢測步驟,每12小時最多可進行1000個測試。

一些以往采用繁雜、冗長檢測方法的NAATs正開始使用測定擴增反應中產(chǎn)生的復制序列的探針(實時檢測)。實時擴增技術尤其適用于定量檢測。

多元化檢測也是未來發(fā)展的一個方向,它可以用一項檢測來測定多個病原體。相信擴增技術、生物芯片和微流體技術的應用最終能夠使我們采用一項檢測、用一份標本來檢測多個不同的病原體,不僅快捷、而且具有良好的性價比。

六、結(jié)論

直接NATs代表了檢測細菌感染的診斷方法上的一項突破?旖荨⒕_、采用標本靈活使得直接NATs在臨床實驗室的用量持續(xù)增長。在諸如CT感染等多種細菌感染的診斷中,直接NATs正在越來越多地替代培養(yǎng)和其它常規(guī)方法。在TB的診斷中,由于需要區(qū)分不同的分枝桿菌和測定藥敏,所以NAATs還不能完全取代培養(yǎng),但NAATs和培養(yǎng)可以取長補短、聯(lián)合用在TB的診斷中。用于分枝桿菌的NAATs的未來發(fā)展包括檢測不同分枝桿菌的多元化測定和藥敏測定。更新一代的直接NATs也正在研發(fā)中。

  七、參考文獻(略)

作者簡介:Florence Paillard, PhD,美國科學和醫(yī)學專業(yè)作家;Craig S. Hill, PhD,美國Gen-Probe公司科學事物主管。

來源:西安天隆科技有限公司銷售部
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