產(chǎn)品及特點(diǎn)
KOD DNA Polymerase 是從克隆有 Thermococcus kodakaraensis DNA
聚合酶基因的質(zhì)粒在大腸桿菌中經(jīng)誘導(dǎo)表達(dá)分離純化而來(lái)。該酶所具有的超強(qiáng) 3’
→ 5’外切酶活性使得其擴(kuò)增保真性比 Pfu DNA Polymerase 更高,保真性是 Taq
的約 50 倍,同時(shí)具有合成速度快的特點(diǎn),聚合速度約為普通 Pfu DNA Polymerase
的 5 倍,Taq DNA Polymerase 的 2 倍,達(dá)到 100-138 bp/秒,可以在短時(shí)間內(nèi)
獲得高產(chǎn)量的擴(kuò)增產(chǎn)物,特別適合于高保真地?cái)U(kuò)增 6 kb 以內(nèi)的 PCR 產(chǎn)物,擴(kuò)增所
得的 DNA 為平末端,可用于基因克隆、表達(dá)及突變分析等分子生物學(xué)實(shí)驗(yàn)。
規(guī)格及成分
成 份
編 號(hào)
塑料袋包裝
KOD DNA 聚合酶 (5 U/uL)
101002a
50 uL
10×KOD DNA 聚合酶緩沖液
101002b
1.0 mL
使用手冊(cè)
101002sc
1 份
運(yùn)輸及保存
低溫運(yùn)輸,-20℃保存、有效期一年。
自備試劑
DNA 模板、引物、超純水
使用方法
一、建議PCR條件(以50 μL反應(yīng)體系為例)
注:實(shí)際操作中計(jì)算好需補(bǔ)加水的量后,建議先加水,然后按上述順序添加其它成
分,最后添加KOD DNA聚合酶。最好在冰浴上混合PCR各種成分,防止KOD DNA
聚合酶降解引物和模板。待各成分充分混勻后,離心數(shù)秒,使反應(yīng)混合物沉到管底。
然后將反應(yīng)管置于PCR儀中進(jìn)行擴(kuò)增。
二、關(guān)于PCR條件的優(yōu)化
成分
體積
終濃度
模板
-
<0.5μg
正向引物(10 μM)
1 μL
0.2 μM
反向引物(10 μM)
1 μL
0.2 μM
10×KOD DNA 聚合酶緩沖液
5 μL
1×
dNTP Mixture(10mM each)
1 μL
0.2 mM
KOD DNA 聚合酶
0.25-0.5 μL
(1.25-2.5U)
-
超純水
補(bǔ)足到 50 μL
-1. 質(zhì)粒或者噬菌體模板(模板量5-20 ng,循環(huán)參數(shù)如下表)
2. 基因組DNA和cDNA模板(基因組DNA模板量為50-100 ng,1-2 μL cDNA
(起始轉(zhuǎn)錄用的RNA為500 ng),循環(huán)參數(shù)如下表)
循環(huán)參數(shù)
目標(biāo) DNA
<2 kb
Step 1
94C 2 分鐘
Step 2
94C 20-30 秒
Step 3
Ta 15-20 秒
Step 4
72C 20-60 秒
Step 5
72C 5 分鐘
Repeat step 2-4 for 30-35 個(gè)循環(huán)
Ta= Tm - 5C
循環(huán)參數(shù)
目標(biāo) DNA
<1 kb
目標(biāo) DNA
<2 kb
目標(biāo) DNA
3-4 kb
目標(biāo) DNA
5-6 kb
Step 1
94C 2 分鐘
94C 2 分鐘
94C 2 分鐘
94C 2 分鐘
Step 2
94C 20 秒
94C 20 秒
94C 20 秒
94C 30 秒
Step 3
Ta 20 秒
Ta 20 秒
Ta 20 秒
Ta 30 秒
Step 4
72C 20 秒
72C 30 秒
72C 40 秒
72C 60 秒
Step 5
72C 5 分鐘
72C 5 分鐘
72C 5 分鐘
72C 5 分鐘
Repeat step 2-4 for 30-35 個(gè)循環(huán)
Ta= Tm-5C
相關(guān)資料
活性定義
1 U 指 75℃條件下,30 分鐘內(nèi)使 10 nmoles 的 dNTPs 摻入酸不溶性沉淀
物所需要的酶量。
問(wèn)題解決
問(wèn)題
可能的原因
解決方法
沒(méi)有PCR產(chǎn)
物
設(shè)計(jì)的擴(kuò)增靶序
列太長(zhǎng)
設(shè)計(jì)稍短的擴(kuò)增靶序列,以基因組DNA為模
板KOD適合擴(kuò)增不超過(guò)2kb左右的產(chǎn)物,以
質(zhì)粒和噬菌體DNA為模板適合擴(kuò)增6 kb以
下的DNA。
PCR條帶彌
散
沒(méi)有在冰上混合
PCR反應(yīng)液
KOD擴(kuò)增延伸速
PCR 反應(yīng)液應(yīng)該在冰上混合,KOD DNA聚
合酶應(yīng)該最后加,以防止KOD DNA聚合酶
降解引物和模板。度為1Kb/15-30
秒,具有比其它聚
合酶更快的延伸
速度延伸時(shí)間過(guò)
長(zhǎng),有時(shí)會(huì)有拖尾
彌散效應(yīng)。
如出現(xiàn)拖尾效應(yīng),可縮短退火延伸時(shí)間或者
減少酶量。
低產(chǎn)量
模板為高GC含量
模板量太低
加入DMSO 2-5%,由于該酶的耐熱性好,
在應(yīng)用于GC 含量高的模板等以及易產(chǎn)生高
級(jí)結(jié)構(gòu)的模板時(shí),可在96℃以上進(jìn)行變性。
提高模板量
關(guān)聯(lián)產(chǎn)品
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