一、背景
隨著深度測(cè)序技術(shù)的發(fā)展與成熟，產(chǎn)生了海量的基因組/表觀基因組的數(shù)據(jù)（包括各類常見(jiàn)和罕見(jiàn)變異、insertion/deletion, CNVs, RNA-seq, mRNA-seq, methylation-seq and Chip-seq），統(tǒng)計(jì)遺傳學(xué)和系統(tǒng)生物學(xué)方法是當(dāng)前研究多基因復(fù)雜疾病易感性，復(fù)雜疾病的發(fā)生機(jī)制和疾病防治與藥物開(kāi)發(fā)的主要技術(shù)手段，并將成為我國(guó)基因組醫(yī)學(xué)自主創(chuàng)新的重要條件。越來(lái)越多的證據(jù)表明，復(fù)雜疾病是由多基因，基因-基因相互作用，基因與環(huán)境相互作用所引起的。這些基因和基因，基因與環(huán)境的相互作用，或者更廣泛地說(shuō)遺傳，表觀遺傳和環(huán)境形成一個(gè)多層次的復(fù)雜生物網(wǎng)絡(luò)。正是這些復(fù)雜網(wǎng)絡(luò)的變異引起了疾病的發(fā)生與發(fā)展。研究疾病的發(fā)生與發(fā)展的主要工具是統(tǒng)計(jì)遺傳學(xué)和計(jì)算系統(tǒng)生物學(xué)。統(tǒng)計(jì)遺傳學(xué)運(yùn)用遺傳學(xué)與數(shù)學(xué)的理論和方法，歸納整合群體遺傳學(xué)、遺傳流行病學(xué)、數(shù)量遺傳學(xué)、生態(tài)遺傳學(xué)和分子遺傳學(xué)等分支學(xué)科內(nèi)容，涉及遺傳連鎖分析、遺傳關(guān)聯(lián)分析、群體遺傳結(jié)構(gòu)與分化分析等眾多內(nèi)容。特別是隨著Illumina,ABI 等公司新的測(cè)序技術(shù)的推廣應(yīng)用，基于大規(guī)模全基因組測(cè)序數(shù)據(jù)的深度分析將成為多基因復(fù)雜疾病遺傳易感性關(guān)系和基因定位研究的主要方法。

然而，針對(duì)這種全基因深度測(cè)序數(shù)據(jù)的分析，統(tǒng)計(jì)遺傳學(xué)面臨著巨大挑戰(zhàn)和革命性變化，本講習(xí)班將提供標(biāo)準(zhǔn)多變量分析到功能數(shù)據(jù)分析、獨(dú)立取樣數(shù)據(jù)到非獨(dú)立取樣數(shù)據(jù)、低解析度數(shù)據(jù)到高解析度數(shù)據(jù)、單個(gè)基因組/表觀基因組變異到多個(gè)整合基因組/表觀基因組數(shù)據(jù)分析的全套解決方案。目前，國(guó)際上在該領(lǐng)域的試驗(yàn)設(shè)計(jì)和統(tǒng)計(jì)分析技術(shù)進(jìn)展很快，本次講習(xí)班的目的就是為中美統(tǒng)計(jì)遺傳學(xué)領(lǐng)域的專家學(xué)者、計(jì)算系統(tǒng)生物學(xué)家、從事復(fù)雜疾病遺傳易感性研究的專業(yè)人員、生物信息科學(xué)工作者、研究生提供一個(gè)互相交流的平臺(tái)，并為今后的項(xiàng)目交流和相互合作創(chuàng)造條件。

二、會(huì)議主題：統(tǒng)計(jì)遺傳學(xué)與基因組學(xué)
We recognize that next generation sequencing technologies have raised expectations for new genomic and epigenomic knowledge that will be translatable into novel therapeutics and insights into human health issues. However, immense biomedical complexities obstruct clinically valuable discoveries hidden under the deluge of high dimensional data and extensive analyses. To develop new analytic paradigms and novel statistical methods for sequence-based genomic and epigenomic data analysis needs to overcome the serious limitations of the current paradigms and statistical methods for genomic and epigenomic data analysis which has mainly been designed for microarray data. We will also need to confront the great challenges of genomic and epigenomic data analysis raised by the next-generation sequencing (NGS).  
 
By this workshop, we will gain insights of the statistical challenges arising from next-generation sequencing data analysis and foster discussions about the paradigm shift in genomic and epigenomic data analysis. The presented concepts, methods and algorithms will open a new avenue for the attendee on the analysis of growing bigger and bigger genomic and epigenomic data generated by the NGS.
 
三、會(huì)議日程
2015年6月1日   
會(huì)議注冊(cè)報(bào)到（全天上午8：00-23：00）地點(diǎn):青海民族學(xué)院生命科學(xué)學(xué)院

2015年6月2 日   
上午：開(kāi)幕式主題發(fā)言、特邀報(bào)告（金力）
1. Big genomic, epigenomic, physiological and imaging data analysis (Momiao Xiong)
(1) Association Analysis with next-generation sequencing (NGS) data  (Momiao Xiong)
(2) Genotype-phenotype Network Analysis (Momiao Xiong)
(3) Causal Inference as a Unified Framework for Integrative Analysis of Genomic, Epigenomic, Physiological and Imaging Data Analysis (Momiao Xiong)  

下午專題課：統(tǒng)計(jì)遺傳學(xué)理論方法培訓(xùn)與研討
1．復(fù)雜疾病基因定位中的連鎖分析方法及fbat/pBAT上機(jī)實(shí)習(xí)（YinYao）
2. 群體基因組學(xué)與基因定位研究（徐書華）

2015年6月3 日   
上午: 特邀報(bào)告（鐘楊）
2. Interaction analysis with NGS Data
(1) Qualitative trait (Momiao Xiong)
(2) Quantitative trait (Momiao Xiong, Futao Zhang)
(3) Interaction analysis with functional response data and its application to sleep apnea (Momiao Xiong)
(4) Nonlinear Structural Equation and Its Application to Interaction Analysis (Momiao Xiong)
(5) softwarefor interaction analysis with NGS data (Momiao Xiong, Futao Zhang)
 
下午專題課：統(tǒng)計(jì)遺傳學(xué)理論方法培訓(xùn)與研討
1. 群體遺傳結(jié)構(gòu)對(duì)關(guān)聯(lián)分析的影響（何云剛）
2. 人類群體中正向選擇信號(hào)的檢測(cè)（汪思佳）

2015年6月4 日
上午： 特邀報(bào)告（盧大儒）
3. Historical and Modern psychiatry genetics (Yin Yao)
(a) Moving from Common to Rare variants
(b) Moving from gene-based to pathway-based analysis, a lesson learned from OCD drug effect study
 
下午專題課：比較基因組學(xué)和分子進(jìn)化中的統(tǒng)計(jì)分析方法（谷迅）
上機(jī)實(shí)習(xí)（蘇志熙）

2015年6月5日   
上午： 特邀報(bào)告（日本專家長(zhǎng)谷川政美）
4. Family-based association studies for common and rare analysis
(1) Family-based association analysis: from candidate gene to Gwas and NGS (weighted and un-weighted, Yin Yao)
(2) Integration analysis of gene expression and SNP data (Yin Yao)
(3) Analysis of gene expression microarray data (Huiqi Qu)
 
下午專題課：全基因組測(cè)序數(shù)據(jù)分析（周雁）
 理解復(fù)雜的轉(zhuǎn)錄組：從頭到尾(倪挺) 
上機(jī)實(shí)習(xí)(倪挺等)

2015年6月6日    市區(qū)生物多樣性考察

2015年6月7日    代表離會(huì)

四、特邀報(bào)告人
1.金力，博士、復(fù)旦-浩青特聘教授、中科院院士。研究領(lǐng)域涵蓋醫(yī)學(xué)遺傳學(xué)、遺傳流行病學(xué)、計(jì)算生物學(xué)、人類群體遺傳學(xué)和基因組學(xué)。承擔(dān)973、863等多項(xiàng)國(guó)家重點(diǎn)研究項(xiàng)目和重大課題。在國(guó)際學(xué)術(shù)刊物如Nature、Science、PNAS、American Journal of Human Genetics等發(fā)表論文200余篇。Human Genomics、現(xiàn)代人類學(xué)通訊主編。
2.熊墨淼，教授，博士生導(dǎo)師�，F(xiàn)任美國(guó)德州大學(xué)公共衛(wèi)生學(xué)院終生教授，復(fù)旦大學(xué)現(xiàn)代人類學(xué)教育部重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室兼職教授。主要研究領(lǐng)域?yàn)榻y(tǒng)計(jì)遺傳學(xué)，系統(tǒng)生物學(xué)與大數(shù)據(jù)分析。先后主持和承擔(dān)了多個(gè)NIH課題。 在基因之間、基因與環(huán)境之間交互作用模型、遺傳網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建等方面成績(jī)顯著。在Nature, PNAS、American Journal of Human Genetics、Genetics等國(guó)際學(xué)術(shù)刊物發(fā)表論文170余篇。
3.Yin Yao，教授，博士生導(dǎo)師。哥倫比亞大學(xué)遺傳學(xué)博士，法國(guó)里昂國(guó)際癌癥研究所博士后。復(fù)旦大學(xué)現(xiàn)代人類學(xué)研究中心特聘教授，現(xiàn)為美國(guó)NIH精神疾病研究所研究員, Chief, Unit of Statistical Genomics, NIMH。多年來(lái)一致從事復(fù)雜疾病遺傳易感性研究。先后主持和承擔(dān)了多個(gè)NIH課題，具有豐富的復(fù)雜疾病遺傳易感性研究關(guān)聯(lián)分析工作經(jīng)驗(yàn)。在Nature Genetics、Science、American Journal of Human Genetics、Molecular Psychiatry, Schizophrenia Bullion Board, Cancer Research等國(guó)際學(xué)術(shù)刊物發(fā)表論文160余篇。
4.盧大儒，教授，博士生導(dǎo)師。復(fù)旦大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院遺傳學(xué)研究所教授。主要研究方向?yàn)榛�因組醫(yī)學(xué)，人類遺傳學(xué)， 基因治療。發(fā)表SIC論文百余篇，獲獎(jiǎng)30余項(xiàng)。兼任中國(guó)遺傳學(xué)會(huì)副秘書長(zhǎng)等職，和實(shí)驗(yàn)生物學(xué)報(bào)、國(guó)外醫(yī)學(xué)遺傳學(xué)分冊(cè)和突變癌變畸變雜志編委等。
5.谷迅，教授，博士生導(dǎo)師。美國(guó)愛(ài)亥華洲立大學(xué)遺傳學(xué)系教授，復(fù)旦大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院遺傳學(xué)研究所教授。主要研究方向?yàn)楸容^基因組學(xué)、生物信息學(xué)、系統(tǒng)生物學(xué)。在國(guó)際學(xué)術(shù)刊物上發(fā)表論文多篇，獲獎(jiǎng)多項(xiàng)。
6．鐘楊，教授，博士生導(dǎo)師。復(fù)旦大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院教授，西藏大學(xué)特聘教授（教育部長(zhǎng)江學(xué)者），國(guó)家杰出青年基金獲得者�，F(xiàn)任西藏大學(xué)校長(zhǎng)助理、復(fù)旦大學(xué)研究生院院長(zhǎng)、國(guó)家“863”生物資源與安全技術(shù)主題專家組成員。BMC Bioinformatics、科學(xué)通報(bào)、Journal of Systematics and Evolution、Computer Methods and Programs in Biomedicine、Protein & Cell和Computer Biology and Chemistry等學(xué)術(shù)刊物編委。主要從事分子進(jìn)化研究及生物信息學(xué)分析,發(fā)表SCI論文180余篇，曾獲國(guó)家發(fā)明二等獎(jiǎng)和教育部自然科學(xué)一等獎(jiǎng)。
7．徐書華，博士，現(xiàn)為中科院-馬普學(xué)會(huì)計(jì)算生物學(xué)伙伴研究所研究員、研究組長(zhǎng)、博士生導(dǎo)師。主要從事人類群體遺傳學(xué)和計(jì)算基因組學(xué)研究，包括混合人群的遺傳結(jié)構(gòu)、環(huán)境適應(yīng)和基因定位策略等。部分相關(guān)工作發(fā)表在Science、American Journal of Human Genetics、Molecular Biology and Evolution等雜志30多篇。曾獲全國(guó)百篇優(yōu)秀博士論文、中科院青年科學(xué)家獎(jiǎng)、上海市青年科技啟明星、教育部自然科學(xué)獎(jiǎng)（一等獎(jiǎng)）(第二完成人)等。
8.何云剛，博士，中科院-馬普學(xué)會(huì)計(jì)算生物學(xué)伙伴研究所研究員。主要從事人類群體遺傳學(xué)和計(jì)算基因組學(xué)研究，并著重于基因組多態(tài)性的群體遺傳學(xué)， 計(jì)算基因組學(xué)和疾病研究中的計(jì)算生物學(xué)問(wèn)題。部分相關(guān)工作發(fā)表在PNAS、Cell Research等雜志。
9．汪思佳，博士，研究員，博士生導(dǎo)師�，F(xiàn)為馬普Paul Gerson Unna青年科學(xué)家小組組長(zhǎng)，加入中國(guó)科學(xué)院-馬普學(xué)會(huì)計(jì)算生物學(xué)伙伴研究所。主要從事人類群體遺傳學(xué)研究。近年來(lái)的相關(guān)工作發(fā)表在Cell、PLoS Genetics、American Journal of Human Genetics等雜志。
10. 屈會(huì)起，博士，美國(guó)德州大學(xué)公共衛(wèi)生學(xué)院助理教授，多年從事糖尿病的人類遺傳學(xué)和功能基因組學(xué)研究，發(fā)現(xiàn)了多個(gè)新的1型糖尿病基因，并精確定位了一個(gè)決定內(nèi)分泌胰腺發(fā)育的新基因RFX6。其新近對(duì)墨西哥裔美國(guó)人的糖尿病遺傳研究揭示了影響胰島素抵抗的重要機(jī)理。自2009年以來(lái)，屈會(huì)起擔(dān)任Journal of Medical Genetics雜志(IF= 6.365)的副主編，并擔(dān)任BMC Medical Genetics和其它數(shù)個(gè)遺傳或糖尿病專業(yè)雜志編委。目前已在國(guó)際糖尿病和遺傳專業(yè)刊物上發(fā)表論文50余篇。
11. 倪挺，博士，研究員，博士生導(dǎo)師�，F(xiàn)為復(fù)旦大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院研究員并入選中組部“青年千人”計(jì)劃。主要從事真核生物全基因組水平的基因表達(dá)調(diào)控研究。針對(duì)轉(zhuǎn)錄起始、過(guò)程調(diào)控、轉(zhuǎn)錄終止這三個(gè)核心環(huán)節(jié)，系統(tǒng)創(chuàng)建了基于高通量測(cè)序方法的轉(zhuǎn)錄研究體系，特別是轉(zhuǎn)錄起始位點(diǎn)、反義轉(zhuǎn)錄體和多聚腺苷酸加尾的全基因組水平精確定位。在Nature Methods(一作), Nature Protocols(一作), Nature(共同作者), PNAS(共同作者, 三篇)等雜志發(fā)表多篇重要論文。申請(qǐng)13項(xiàng)中美專利，5項(xiàng)已獲授權(quán)。
12．長(zhǎng)谷川政美（Masami Hasegawa），教授，博士生導(dǎo)師�，F(xiàn)為復(fù)旦大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院特聘教授，為國(guó)際知名的進(jìn)化生物學(xué)家，長(zhǎng)谷川政美擅長(zhǎng)分子進(jìn)化建模（著名的HKY模型作者），曾擔(dān)任該領(lǐng)域國(guó)際主流刊物Molecular Biology and Evolution、Moecular Phylogenetics and Evolution和Applied Bioinformatics等副主編（編委），發(fā)表論文180余篇。
13.周雁，教授,博士生導(dǎo)師�，F(xiàn)為復(fù)旦大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院微生物學(xué)與微生物工程系教授，上海人類基因組研究中心研究員、生物信息部主管，上海市生物信息協(xié)會(huì)理事。參與人類基因組計(jì)劃、水稻基因組計(jì)劃與家蠶基因組計(jì)劃，負(fù)責(zé)完成日本血吸蟲基因組、棘球絳蟲基因組計(jì)劃注釋工作。所做工作發(fā)表在《Nature》、《Nature Genetics》、《Science》、《Nucleic Acids Research》等國(guó)際一流雜志。
 
五、組織委員會(huì)
主任委員：金力 (復(fù)旦大學(xué)和中科院計(jì)算生物所)
委員：熊墨淼（復(fù)旦大學(xué)）、姚音（復(fù)旦大學(xué)）、盧大儒(復(fù)旦大學(xué))、林鵬程（青海民族大學(xué)）、徐書華（中科院計(jì)算生物所)、何云剛（中科院計(jì)算生物所)、谷迅（復(fù)旦大學(xué)）、汪思佳（中科院計(jì)算生物所)、鐘楊（復(fù)旦大學(xué)）
秘書長(zhǎng)：林鵬程（青海民族大學(xué)）

六、聯(lián)系方式                 
青海民族學(xué)院：
聯(lián) 系 人：林鵬程、閆淑艷
通訊地址：青海省西寧市八一中路72號(hào)（青海民族大學(xué) 生命科學(xué)學(xué)院）810007
電話：0971-8804649、0971-8800379
傳真：0971-8804649
E-mail: [email protected]
 
復(fù)旦大學(xué)聯(lián)系方式：
聯(lián) 系 人：錢吉 王玲娥
通訊地址：上海市淞滬路2005號(hào)復(fù)旦大學(xué)遺傳學(xué)研究所200438
電話：021-51630629
傳真：021-51630629
E-mail: [email protected]

七、注冊(cè)費(fèi)匯寄
（1）銀行匯款方式：
戶名：復(fù)旦大學(xué)
帳號(hào)：中國(guó)農(nóng)行五角場(chǎng)支行營(yíng)業(yè)部033267－08017003441， 用途：論壇會(huì)議費(fèi)

請(qǐng)注明：“統(tǒng)計(jì)遺傳學(xué)與基因組學(xué)講習(xí)班”

八、主辦單位：青海民族學(xué)院、復(fù)旦大學(xué)

九、承辦單位：青海民族學(xué)院、復(fù)旦大學(xué)

十、協(xié)辦單位：中科院-馬普計(jì)算生物學(xué)伙伴研究所

十一、會(huì)議時(shí)間：2015年6月1日至2015年6月7日

十二、會(huì)議地點(diǎn)：青海省西寧市
會(huì)議注冊(cè)報(bào)到地點(diǎn): 青海民族大學(xué)  生命科學(xué)學(xué)院（待定）

會(huì)議注冊(cè)費(fèi)：
a.2015年4月30日前注冊(cè)：
正式代表：3000元/人
學(xué)生代表（博士、碩士研究生）：2800 元/人
b.2015年4月30日后及現(xiàn)場(chǎng)注冊(cè)：
正式代表：3600元/人
學(xué)生代表（博士、碩士研究生）：3200 元/人
c.會(huì)議注冊(cè)費(fèi)說(shuō)明
注冊(cè)費(fèi)包含資料費(fèi)、餐費(fèi)。
4月30日之前通過(guò)網(wǎng)上（http://loca.fudan.edu.cn/sgc_main.html ）注冊(cè)交費(fèi)的代表均按以上標(biāo)準(zhǔn)優(yōu)惠。
代表的交通費(fèi)、住宿費(fèi)回原單位報(bào)銷。