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                                                              English | 中文版 | 手機版 企業(yè)登錄 | 個人登錄 | 郵件訂閱
                                                              當前位置 > 首頁 > 行業(yè)資訊 > 講座 > 微生物宏基因組學(xué)及后期數(shù)據(jù)分析專題培訓(xùn)班(北京)通知

                                                              微生物宏基因組學(xué)及后期數(shù)據(jù)分析專題培訓(xùn)班(北京)通知

                                                              瀏覽次數(shù):7064 發(fā)布日期:2018-12-25  來源:本站 本站原創(chuàng),轉(zhuǎn)載請注明出處
                                                              各有關(guān)單位:
                                                              微生物作為地球環(huán)境中的一大類生物群體,每種微生物都有其獨特的功能。微生物學(xué)(microbiology)作為生物學(xué)的分支學(xué)科之一,在許多學(xué)科領(lǐng)域都發(fā)揮著舉足輕重的作用。作為國內(nèi)最大的綜合性微生物學(xué)研究機構(gòu),為推動我國微生物學(xué)的發(fā)展,提高從業(yè)人員的技術(shù)水平,更好地與微生物研究領(lǐng)域的專家學(xué)者們分享、交流在微生物研究領(lǐng)域中的心得、經(jīng)驗。應(yīng)廣大行業(yè)工作者的要求,由中科成創(chuàng)(北京)生物技術(shù)有限公司舉辦“生物信息學(xué)最新技術(shù)-微生物宏基因組學(xué)及后期數(shù)據(jù)分析專題培訓(xùn)班。培訓(xùn)班采用理論和演示相結(jié)合的教學(xué)形式,使學(xué)員在短時間內(nèi)對微生物研究中涉及的知識和方法得到進一步地提高,同時學(xué)員與授課專家進行現(xiàn)場交流與咨詢,探討學(xué)員在平時工作、研究中的瓶頸問題。與同行交流以拓寬自己的研究思路,共同探討和挖掘微生物資源的科學(xué)研究價值和應(yīng)用前景。具體事宜通知如下:
                                                               
                                                              一、 授課模式:
                                                              1.上機操作為主,理論為輔;
                                                              2.學(xué)員與授課老師互動性授課;
                                                              3.解決學(xué)員在授課當中的疑難問題;
                                                              4.幫助學(xué)員開拓在課題工作中實驗設(shè)計思路及解決相關(guān)問題;
                                                              5.配合研究中所需的要點,圍繞實際研究中常用的軟件展開;
                                                              二、授課專家
                                                              主講專家來自中科院權(quán)威機構(gòu),擁有豐富的科研及工程技術(shù)經(jīng)驗,長期從事生物信息領(lǐng)域項目研究,具有資深的技術(shù)底蘊和專業(yè)背景。
                                                              三、時間地點:2019年1月10日——1月13日   北京(時間安排:第1天報到,授課3天)
                                                              四、培訓(xùn)內(nèi)容:
                                                              理論內(nèi)容:
                                                              一、宏基因組學(xué)
                                                              1. 16S rDNA AMPLICON SEQUENCING 法
                                                              1.1. 測序平臺、引物設(shè)計及區(qū)域選擇不同測序平臺、針對細菌、真菌不同微生物實驗設(shè)計
                                                              1.2. 測序量及采樣建議
                                                              針對水體、糞便、土壤、物體表面、口腔等不同生境
                                                              1.3. 分析流程圖
                                                              數(shù)據(jù)收集、數(shù)據(jù)預(yù)處理、數(shù)據(jù)分析
                                                              1.4. 結(jié)果解析
                                                              1.4.1 OTU聚類
                                                              1.4.2 物種注釋
                                                              1.4.3 物種分布情況
                                                              1.4.4 樣品復(fù)雜度分析:α多樣性
                                                              Coverage
                                                              Chao指數(shù)
                                                              ACE指數(shù)
                                                              Shannon曲線
                                                              Richness rarefaction曲線
                                                              1.4.5 多樣品比較分析:β多樣性
                                                              樣品間物種豐度熱圖
                                                              排序分析:
                                                              PCA分析
                                                              PCoA分析
                                                              NMDS分析
                                                              Unifrac分析
                                                              樣品聚類分析
                                                              2. DSS (direct shotgun sequencing)法
                                                              2.1. 分析流程
                                                              2.2. 功能注釋分析
                                                              2.3. 代謝途徑解析
                                                              二、宏轉(zhuǎn)錄組學(xué)
                                                              1 介紹
                                                              2 物種組成、功能及代謝途徑分析
                                                              宏基因組優(yōu)勢菌分析
                                                              1.泛基因組分析
                                                              2.宏基因組中的優(yōu)勢菌株單基因組分析
                                                              上機實習(xí):
                                                              一、宏基因組中的優(yōu)勢菌株單基因組常規(guī)分析流程
                                                              1.原始數(shù)據(jù)評估 (fastqc)
                                                              2 基因組拼接、畫圖(CGview等)
                                                              3 功能注釋 (KEGG、CARD、Resfinder等)
                                                              4 進化樹分析 (MEGA、evolview)
                                                              5 多菌株泛基因組分析 (PanGP)
                                                              二、宏基因組學(xué)(16S部分)介紹以及上機操作
                                                              1.Virtual box 及Qiime2 安裝
                                                              2.Linux基礎(chǔ)知識介紹
                                                              3.Qiime2:
                                                              數(shù)據(jù)處理,
                                                              質(zhì)控,
                                                              生成feature,
                                                              進化樹構(gòu)建,
                                                              多樣性分析,
                                                              差異分析,
                                                              物種注釋
                                                              三、R語言基礎(chǔ)及宏基因組相關(guān)統(tǒng)計分析
                                                              1.常用基本命令
                                                              變量賦值
                                                              文件讀寫
                                                              常用的統(tǒng)計函數(shù)
                                                              2.差異OTU及差異菌群分析
                                                              wilcox檢驗
                                                              3.相關(guān)性檢驗
                                                              差異OTU與樣本臨床信息相關(guān)性檢驗
                                                              4.alpha多樣性
                                                              5.beta多樣性
                                                              6.PCoA
                                                              7.機器學(xué)習(xí)
                                                              邏輯回歸
                                                              隨機森林
                                                              svm
                                                              五、報名辦法及費用: 
                                                              每人¥3900元(含報名費、培訓(xùn)費、資料費、證書費)
                                                              團隊報名:4+1優(yōu)惠。(5位其中1位免除費用)
                                                              食宿可統(tǒng)一安排,費用自理。各單位人員報名參加,報名回執(zhí)表請回傳至?xí)⻊?wù)處即可。
                                                              如單位有內(nèi)訓(xùn)需求,請將內(nèi)訓(xùn)方案傳至?xí)⻊?wù)組,根據(jù)單位需求安排相應(yīng)專家進行授課
                                                              六、頒發(fā)證書:
                                                              參加本次培訓(xùn)通過考試審核可獲得《生物信息工程師》結(jié)業(yè)證書。報道時攜帶兩張藍底1寸照片,一張身份證復(fù)印件
                                                              交給現(xiàn)場會務(wù)老師。
                                                               
                                                              七、聯(lián)系方式:
                                                              聯(lián)系電話/傳真: 010-5947 9271    
                                                              聯(lián)系人:張琦 177 4456 9660
                                                              報名郵箱:[email protected]
                                                                                                                                    中科成創(chuàng)(北京)生物技術(shù)有限公司
                                                                二零一八年十一月二十日

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