一、背景
隨著深度測序技術的發(fā)展與成熟，產(chǎn)生了海量的基因組/表觀基因組的數(shù)據(jù)（包括各類常見和罕見變異、insertion/deletion, CNVs, RNA-seq, mRNA-seq, methylation-seq and Chip-seq），統(tǒng)計遺傳學和系統(tǒng)生物學方法是當前研究多基因復雜疾病易感性，復雜疾病的發(fā)生機制和疾病防治與藥物開發(fā)的主要技術手段，并將成為我國基因組醫(yī)學自主創(chuàng)新的重要條件。越來越多的證據(jù)表明，復雜疾病是由多基因，基因-基因相互作用，基因與環(huán)境相互作用所引起的。這些基因和基因，基因與環(huán)境的相互作用，或者更廣泛地說遺傳，表觀遺傳和環(huán)境形成一個多層次的復雜生物網(wǎng)絡。正是這些復雜網(wǎng)絡的變異引起了疾病的發(fā)生與發(fā)展。研究疾病的發(fā)生與發(fā)展的主要工具是統(tǒng)計遺傳學和計算系統(tǒng)生物學。統(tǒng)計遺傳學運用遺傳學與數(shù)學的理論和方法，歸納整合群體遺傳學、遺傳流行病學、數(shù)量遺傳學、生態(tài)遺傳學和分子遺傳學等分支學科內(nèi)容，涉及遺傳連鎖分析、遺傳關聯(lián)分析、群體遺傳結(jié)構與分化分析等眾多內(nèi)容。特別是隨著Illumina,ABI 等公司新的測序技術的推廣應用，基于大規(guī)模全基因組測序數(shù)據(jù)的深度分析將成為多基因復雜疾病遺傳易感性關系和基因定位研究的主要方法。

然而，針對這種全基因深度測序數(shù)據(jù)的分析，統(tǒng)計遺傳學面臨著巨大挑戰(zhàn)和革命性變化，本講習班將提供標準多變量分析到功能數(shù)據(jù)分析、獨立取樣數(shù)據(jù)到非獨立取樣數(shù)據(jù)、低解析度數(shù)據(jù)到高解析度數(shù)據(jù)、單個基因組/表觀基因組變異到多個整合基因組/表觀基因組數(shù)據(jù)分析的全套解決方案。目前，國際上在該領域的試驗設計和統(tǒng)計分析技術進展很快，本次講習班的目的就是為中美統(tǒng)計遺傳學領域的專家學者、計算系統(tǒng)生物學家、從事復雜疾病遺傳易感性研究的專業(yè)人員、生物信息科學工作者、研究生提供一個互相交流的平臺，并為今后的項目交流和相互合作創(chuàng)造條件。

二、會議主題：統(tǒng)計遺傳學與基因組學
We recognize that next generation sequencing technologies have raised expectations for new genomic and epigenomic knowledge that will be translatable into novel therapeutics and insights into human health issues. However, immense biomedical complexities obstruct clinically valuable discoveries hidden under the deluge of high dimensional data and extensive analyses. To develop new analytic paradigms and novel statistical methods for sequence-based genomic and epigenomic data analysis needs to overcome the serious limitations of the current paradigms and statistical methods for genomic and epigenomic data analysis which has mainly been designed for microarray data. We will also need to confront the great challenges of genomic and epigenomic data analysis raised by the next-generation sequencing (NGS).  
 
By this workshop, we will gain insights of the statistical challenges arising from next-generation sequencing data analysis and foster discussions about the paradigm shift in genomic and epigenomic data analysis. The presented concepts, methods and algorithms will open a new avenue for the attendee on the analysis of growing bigger and bigger genomic and epigenomic data generated by the NGS.
 
三、會議日程
2015年6月1日   
會議注冊報到（全天上午8：00-23：00）地點:青海民族學院生命科學學院

2015年6月2 日   
上午：開幕式主題發(fā)言、特邀報告（金力）
1. Big genomic, epigenomic, physiological and imaging data analysis (Momiao Xiong)
(1) Association Analysis with next-generation sequencing (NGS) data  (Momiao Xiong)
(2) Genotype-phenotype Network Analysis (Momiao Xiong)
(3) Causal Inference as a Unified Framework for Integrative Analysis of Genomic, Epigenomic, Physiological and Imaging Data Analysis (Momiao Xiong)  

下午專題課：統(tǒng)計遺傳學理論方法培訓與研討
1．復雜疾病基因定位中的連鎖分析方法及fbat/pBAT上機實習（YinYao）
2. 群體基因組學與基因定位研究（徐書華）

2015年6月3 日   
上午: 特邀報告（鐘楊）
2. Interaction analysis with NGS Data
(1) Qualitative trait (Momiao Xiong)
(2) Quantitative trait (Momiao Xiong, Futao Zhang)
(3) Interaction analysis with functional response data and its application to sleep apnea (Momiao Xiong)
(4) Nonlinear Structural Equation and Its Application to Interaction Analysis (Momiao Xiong)
(5) softwarefor interaction analysis with NGS data (Momiao Xiong, Futao Zhang)
 
下午專題課：統(tǒng)計遺傳學理論方法培訓與研討
1. 群體遺傳結(jié)構對關聯(lián)分析的影響（何云剛）
2. 人類群體中正向選擇信號的檢測（汪思佳）

2015年6月4 日
上午： 特邀報告（盧大儒）
3. Historical and Modern psychiatry genetics (Yin Yao)
(a) Moving from Common to Rare variants
(b) Moving from gene-based to pathway-based analysis, a lesson learned from OCD drug effect study
 
下午專題課：比較基因組學和分子進化中的統(tǒng)計分析方法（谷迅）
上機實習（蘇志熙）

2015年6月5日   
上午： 特邀報告（日本專家長谷川政美）
4. Family-based association studies for common and rare analysis
(1) Family-based association analysis: from candidate gene to Gwas and NGS (weighted and un-weighted, Yin Yao)
(2) Integration analysis of gene expression and SNP data (Yin Yao)
(3) Analysis of gene expression microarray data (Huiqi Qu)
 
下午專題課：全基因組測序數(shù)據(jù)分析（周雁）
 理解復雜的轉(zhuǎn)錄組：從頭到尾(倪挺) 
上機實習(倪挺等)

2015年6月6日    市區(qū)生物多樣性考察

2015年6月7日    代表離會

四、特邀報告人
1.金力，博士、復旦-浩青特聘教授、中科院院士。研究領域涵蓋醫(yī)學遺傳學、遺傳流行病學、計算生物學、人類群體遺傳學和基因組學。承擔973、863等多項國家重點研究項目和重大課題。在國際學術刊物如Nature、Science、PNAS、American Journal of Human Genetics等發(fā)表論文200余篇。Human Genomics、現(xiàn)代人類學通訊主編。
2.熊墨淼，教授，博士生導師�，F(xiàn)任美國德州大學公共衛(wèi)生學院終生教授，復旦大學現(xiàn)代人類學教育部重點實驗室兼職教授。主要研究領域為統(tǒng)計遺傳學，系統(tǒng)生物學與大數(shù)據(jù)分析。先后主持和承擔了多個NIH課題。 在基因之間、基因與環(huán)境之間交互作用模型、遺傳網(wǎng)絡構建等方面成績顯著。在Nature, PNAS、American Journal of Human Genetics、Genetics等國際學術刊物發(fā)表論文170余篇。
3.Yin Yao，教授，博士生導師。哥倫比亞大學遺傳學博士，法國里昂國際癌癥研究所博士后。復旦大學現(xiàn)代人類學研究中心特聘教授，現(xiàn)為美國NIH精神疾病研究所研究員, Chief, Unit of Statistical Genomics, NIMH。多年來一致從事復雜疾病遺傳易感性研究。先后主持和承擔了多個NIH課題，具有豐富的復雜疾病遺傳易感性研究關聯(lián)分析工作經(jīng)驗。在Nature Genetics、Science、American Journal of Human Genetics、Molecular Psychiatry, Schizophrenia Bullion Board, Cancer Research等國際學術刊物發(fā)表論文160余篇。
4.盧大儒，教授，博士生導師。復旦大學生命科學學院遺傳學研究所教授。主要研究方向為基因組醫(yī)學，人類遺傳學， 基因治療。發(fā)表SIC論文百余篇，獲獎30余項。兼任中國遺傳學會副秘書長等職，和實驗生物學報、國外醫(yī)學遺傳學分冊和突變癌變畸變雜志編委等。
5.谷迅，教授，博士生導師。美國愛亥華洲立大學遺傳學系教授，復旦大學生命科學學院遺傳學研究所教授。主要研究方向為比較基因組學、生物信息學、系統(tǒng)生物學。在國際學術刊物上發(fā)表論文多篇，獲獎多項。
6．鐘楊，教授，博士生導師。復旦大學生命科學學院教授，西藏大學特聘教授（教育部長江學者），國家杰出青年基金獲得者�，F(xiàn)任西藏大學校長助理、復旦大學研究生院院長、國家“863”生物資源與安全技術主題專家組成員。BMC Bioinformatics、科學通報、Journal of Systematics and Evolution、Computer Methods and Programs in Biomedicine、Protein & Cell和Computer Biology and Chemistry等學術刊物編委。主要從事分子進化研究及生物信息學分析,發(fā)表SCI論文180余篇，曾獲國家發(fā)明二等獎和教育部自然科學一等獎。
7．徐書華，博士，現(xiàn)為中科院-馬普學會計算生物學伙伴研究所研究員、研究組長、博士生導師。主要從事人類群體遺傳學和計算基因組學研究，包括混合人群的遺傳結(jié)構、環(huán)境適應和基因定位策略等。部分相關工作發(fā)表在Science、American Journal of Human Genetics、Molecular Biology and Evolution等雜志30多篇。曾獲全國百篇優(yōu)秀博士論文、中科院青年科學家獎、上海市青年科技啟明星、教育部自然科學獎（一等獎）(第二完成人)等。
8.何云剛，博士，中科院-馬普學會計算生物學伙伴研究所研究員。主要從事人類群體遺傳學和計算基因組學研究，并著重于基因組多態(tài)性的群體遺傳學， 計算基因組學和疾病研究中的計算生物學問題。部分相關工作發(fā)表在PNAS、Cell Research等雜志。
9．汪思佳，博士，研究員，博士生導師�，F(xiàn)為馬普Paul Gerson Unna青年科學家小組組長，加入中國科學院-馬普學會計算生物學伙伴研究所。主要從事人類群體遺傳學研究。近年來的相關工作發(fā)表在Cell、PLoS Genetics、American Journal of Human Genetics等雜志。
10. 屈會起，博士，美國德州大學公共衛(wèi)生學院助理教授，多年從事糖尿病的人類遺傳學和功能基因組學研究，發(fā)現(xiàn)了多個新的1型糖尿病基因，并精確定位了一個決定內(nèi)分泌胰腺發(fā)育的新基因RFX6。其新近對墨西哥裔美國人的糖尿病遺傳研究揭示了影響胰島素抵抗的重要機理。自2009年以來，屈會起擔任Journal of Medical Genetics雜志(IF= 6.365)的副主編，并擔任BMC Medical Genetics和其它數(shù)個遺傳或糖尿病專業(yè)雜志編委。目前已在國際糖尿病和遺傳專業(yè)刊物上發(fā)表論文50余篇。
11. 倪挺，博士，研究員，博士生導師�，F(xiàn)為復旦大學生命科學學院研究員并入選中組部“青年千人”計劃。主要從事真核生物全基因組水平的基因表達調(diào)控研究。針對轉(zhuǎn)錄起始、過程調(diào)控、轉(zhuǎn)錄終止這三個核心環(huán)節(jié)，系統(tǒng)創(chuàng)建了基于高通量測序方法的轉(zhuǎn)錄研究體系，特別是轉(zhuǎn)錄起始位點、反義轉(zhuǎn)錄體和多聚腺苷酸加尾的全基因組水平精確定位。在Nature Methods(一作), Nature Protocols(一作), Nature(共同作者), PNAS(共同作者, 三篇)等雜志發(fā)表多篇重要論文。申請13項中美專利，5項已獲授權。
12．長谷川政美（Masami Hasegawa），教授，博士生導師�，F(xiàn)為復旦大學生命科學學院特聘教授，為國際知名的進化生物學家，長谷川政美擅長分子進化建模（著名的HKY模型作者），曾擔任該領域國際主流刊物Molecular Biology and Evolution、Moecular Phylogenetics and Evolution和Applied Bioinformatics等副主編（編委），發(fā)表論文180余篇。
13.周雁，教授,博士生導師�，F(xiàn)為復旦大學生命科學學院微生物學與微生物工程系教授，上海人類基因組研究中心研究員、生物信息部主管，上海市生物信息協(xié)會理事。參與人類基因組計劃、水稻基因組計劃與家蠶基因組計劃，負責完成日本血吸蟲基因組、棘球絳蟲基因組計劃注釋工作。所做工作發(fā)表在《Nature》、《Nature Genetics》、《Science》、《Nucleic Acids Research》等國際一流雜志。
 
五、組織委員會
主任委員：金力 (復旦大學和中科院計算生物所)
委員：熊墨淼（復旦大學）、姚音（復旦大學）、盧大儒(復旦大學)、林鵬程（青海民族大學）、徐書華（中科院計算生物所)、何云剛（中科院計算生物所)、谷迅（復旦大學）、汪思佳（中科院計算生物所)、鐘楊（復旦大學）
秘書長：林鵬程（青海民族大學）

六、聯(lián)系方式                 
青海民族學院：
聯(lián) 系 人：林鵬程、閆淑艷
通訊地址：青海省西寧市八一中路72號（青海民族大學 生命科學學院）810007
電話：0971-8804649、0971-8800379
傳真：0971-8804649
E-mail: [email protected]
 
復旦大學聯(lián)系方式：
聯(lián) 系 人：錢吉 王玲娥
通訊地址：上海市淞滬路2005號復旦大學遺傳學研究所200438
電話：021-51630629
傳真：021-51630629
E-mail: [email protected]

七、注冊費匯寄
（1）銀行匯款方式：
戶名：復旦大學
帳號：中國農(nóng)行五角場支行營業(yè)部033267－08017003441， 用途：論壇會議費

請注明：“統(tǒng)計遺傳學與基因組學講習班”

八、主辦單位：青海民族學院、復旦大學

九、承辦單位：青海民族學院、復旦大學

十、協(xié)辦單位：中科院-馬普計算生物學伙伴研究所

十一、會議時間：2015年6月1日至2015年6月7日

十二、會議地點：青海省西寧市
會議注冊報到地點: 青海民族大學  生命科學學院（待定）

會議注冊費：
a.2015年4月30日前注冊：
正式代表：3000元/人
學生代表（博士、碩士研究生）：2800 元/人
b.2015年4月30日后及現(xiàn)場注冊：
正式代表：3600元/人
學生代表（博士、碩士研究生）：3200 元/人
c.會議注冊費說明
注冊費包含資料費、餐費。
4月30日之前通過網(wǎng)上（http://loca.fudan.edu.cn/sgc_main.html ）注冊交費的代表均按以上標準優(yōu)惠。
代表的交通費、住宿費回原單位報銷。