時間 |
課程內(nèi)容 |
學(xué)時 |
講師 |
06月15日(周日)
全天 |
報到、注冊 |
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06月16日(周一)
9:00-12:00 |
轉(zhuǎn)錄組學(xué)發(fā)展前沿、科研思路及技術(shù)路線 |
3h |
于軍 |
06月16日(周一)
13:30~16:30 |
動物轉(zhuǎn)錄組項目研究講解 |
3h |
于軍 |
06月17日(周二)
9:00-12:00 |
二代測序、三代測序在轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究中的應(yīng)用 |
3h |
胡松年 |
06月17日(周二)
13:30~16:30 |
植物轉(zhuǎn)錄組、微生物轉(zhuǎn)錄組項目研究講解 |
3h |
胡松年
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06月18日(周三)
9:00-12:00 |
二/三代測序儀原理介紹
轉(zhuǎn)錄組建庫實驗流程詳解(包括文庫選擇,測序文庫構(gòu)建注意事項)
測序文庫試劑的選擇和使用心得等 |
3h |
中科院專家 |
06月18日(周三)
13:30~16:30 |
轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析概述與經(jīng)驗交流
(1)介紹轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析的整體流程:包括de novo轉(zhuǎn)錄組分析、有基因組reference的轉(zhuǎn)錄組分析、microRNA分析等。
(2)轉(zhuǎn)錄組分析經(jīng)驗交流:包括測序量如何選擇;測序質(zhì)量如何評估;如何根據(jù)自己的實際情況選擇mapping/denovo assembly軟件;如何從轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)尋找生物學(xué)問題。
Linux常用基本命令
R語言應(yīng)用簡介 |
3h(上機) |
中科院專家 |
06月19日(周四)
9:00-12:00 |
轉(zhuǎn)錄組denovo(無參考序列)測序數(shù)據(jù)拼接及分析:
利用trinity實現(xiàn)轉(zhuǎn)錄組denovo組裝,并進行預(yù)測蛋白序列、篩選差異基因及計算表達(dá)量等功能分析的講解。 |
3h(上機) |
中科院專家 |
06月19日(周四)
13:30~16:30 |
基于二代RNA-seq的差異基因分析(參照序列):
主要利用tophat和cufflinks,cuffdiff以及cummeRbund 等工具,實現(xiàn)reads的mapping, 轉(zhuǎn)錄本的重構(gòu),轉(zhuǎn)錄本的表達(dá)量計算,差異基因分析以及利用cummeRbund圖形化展示cuffdiff的分析結(jié)果。GO、KEGG富集等功能分析。 |
3h(上機) |
中科院專家 |
06月20日(周五)
9:00-12:00 |
miRNA二代測序數(shù)據(jù)分析
1. miRNA數(shù)據(jù)mapping的原理介紹及軟件使用
2. 靶基因預(yù)測原理介紹及軟件使用
3. miRNA數(shù)據(jù)庫介紹及使用
4. miRNA的功能分析 |
3h(上機) |
中科院專家 |