2012 年 3 月 27 日，加利福尼亞州圣克拉拉市——安捷倫科技公司（紐約證交所：A）今日發(fā)布了其廣受歡迎的生物信息學(xué)軟件的重要擴(kuò)展版本 GeneSpring 12.0，該軟件的推出使醫(yī)學(xué)研究水平達(dá)到一個(gè)新的高度。使用新版 GeneSpring，用戶(hù)可以在熟悉的軟件環(huán)境中分析新一代測(cè)序數(shù)據(jù)，并可以在通路水平進(jìn)行跨多組學(xué)平臺(tái)數(shù)據(jù)的聯(lián)合分析。

 

      這些新功能是在GeneSpring 之前已有的轉(zhuǎn)錄組學(xué)、基因組學(xué)、代謝組學(xué)和蛋白組學(xué)的數(shù)據(jù)分析模塊上的進(jìn)一步擴(kuò)展。

 

      安捷倫生物系統(tǒng)事業(yè)部副總裁兼總經(jīng)理 Gustavo Salem 談到：“隨著GeneSpring 12.0 的發(fā)布，安捷倫再次實(shí)現(xiàn)了一直以來(lái)的承諾，提供先進(jìn)的儀器和功能強(qiáng)大的軟件，幫助系統(tǒng)生物學(xué)研究人員取得研究成果。GeneSpring 生物信息學(xué)軟件套裝集復(fù)雜分析、可視化和數(shù)據(jù)管理于一體，讓新一代整合生物學(xué)研究成為現(xiàn)實(shí)�！�

 

從現(xiàn)在起到 8 月 17 日截止，所有客戶(hù)均可免費(fèi)測(cè)試集成了新型通路構(gòu)建模塊（Pathway Architect module）的 GeneSpring 12.0 。

 

GeneSpring 12.0還包含可以用于新一代測(cè)序數(shù)據(jù)分析的 NGS 模塊。NGS 模塊經(jīng)過(guò)設(shè)計(jì)和測(cè)試，可與安捷倫 SureSelect 靶向序列捕獲平臺(tái)聯(lián)用，也可用于不采用靶向序列捕獲的新一代測(cè)序?qū)嶒?yàn)。質(zhì)量控制（QC）管理工具是 NGS 模塊的一個(gè)重要組成部分，為研究人員提供了針對(duì)靶向序列捕獲結(jié)果圖形化、測(cè)序堿基質(zhì)量、序列比對(duì)以及拼接等環(huán)節(jié)質(zhì)量控制的工具。GeneSpring NGS 模塊中的 DNA-SEQ 工作流程，包括可以用于已知和未知變體鑒定和特征圖譜分析、SNP標(biāo)注、SNP 效應(yīng)預(yù)測(cè)、結(jié)構(gòu)變異檢測(cè)的工具。RNA-SEQ 工作流程，則支持在絕對(duì)和相對(duì)空間進(jìn)行 mRNA 特征圖譜分析，可以實(shí)現(xiàn)基因和剪切變異體的檢測(cè)和差異表達(dá)分析。該工作流程包括用于新基因和外顯子檢測(cè)、基因融合分析以及復(fù)雜的統(tǒng)計(jì)和通路分析的工具。

 

安捷倫的全新生物信息學(xué)軟件GeneSpring 12.0，能夠幫助對(duì)新一代測(cè)序生物信息學(xué)沒(méi)有經(jīng)驗(yàn)的的生物學(xué)家，通過(guò)工作流程向?qū)лp松實(shí)現(xiàn)測(cè)序數(shù)據(jù)的管理和分析。生物信息學(xué)中心也可以使用該軟件，簡(jiǎn)化數(shù)據(jù)的分組、分類(lèi)和研究過(guò)程。GeneSpring 12.0 還可以結(jié)合安捷倫免費(fèi)的 eArray portal 使用，用戶(hù)通過(guò)簡(jiǎn)便易用的界面就可以完成定制實(shí)驗(yàn)。

 

整合來(lái)自不同組學(xué)技術(shù)的數(shù)據(jù)是系統(tǒng)生物學(xué)研究的重要組成部分，涉及在相同或非常相近的生物樣品中檢測(cè)不同生物學(xué)組分的豐度。研究人員可使用 GeneSpring 通路構(gòu)建模塊對(duì)幾乎所有的生物學(xué)組分進(jìn)行通路水平的聯(lián)合分析。這些生物學(xué)組分包括轉(zhuǎn)錄本、剪切變異體、變異分析得出的受影響基因組合、代謝物以及蛋白質(zhì)。

 

GeneSpring 通路構(gòu)建模塊，能夠幫助科學(xué)家觀察和分析人工注釋的通路內(nèi)容。該功能通過(guò)WikiPathways公眾數(shù)據(jù)庫(kù)，來(lái)完善建立、注釋和查詢(xún)生物通路方面的信息。用戶(hù)還可以通過(guò)連接另一個(gè)公眾數(shù)據(jù)庫(kù) BridgeDB ，實(shí)現(xiàn)在多個(gè)公開(kāi)和專(zhuān)有注釋數(shù)據(jù)庫(kù)中進(jìn)行生物標(biāo)記物的比對(duì)分析。任何單組學(xué)實(shí)驗(yàn)的原始數(shù)據(jù)都可以合并到多組學(xué)實(shí)驗(yàn)當(dāng)中，通過(guò)聯(lián)合分析，找出在許多生物學(xué)過(guò)程中均涉及的具備顯著統(tǒng)計(jì)學(xué)意義的通路，例如信號(hào)傳導(dǎo)、疾病惡化或毒性等。

 

GeneSpring 12.0 的定制化功能現(xiàn)已支持 Jython 和 R 編程語(yǔ)言。通過(guò)嵌入式腳本編輯器，生物信息學(xué)科學(xué)家可在 GeneSpring 12.0 的編程框架中編寫(xiě)、執(zhí)行和保存自己的算法和工作流程。

 

      GeneSpring 12.0 由安捷倫與 Strand Scientific Intelligence 公司聯(lián)合研發(fā)，基于 Strand 的 Avadis技術(shù)平臺(tái)，該平臺(tái)專(zhuān)門(mén)為科學(xué)家簡(jiǎn)化和應(yīng)對(duì)復(fù)雜的生命科學(xué)挑戰(zhàn)而設(shè)計(jì)。

 

      要了解更多有關(guān) GeneSpring 12.0 的信息，包括要參加一系列的免費(fèi)在線研討會(huì)，請(qǐng)?jiān)L問(wèn) 。

 

 

安捷倫科技公司（紐約證交所：A）是全球領(lǐng)先的測(cè)量公司，同時(shí)也是化學(xué)分析、生命科學(xué)、電子和通信領(lǐng)域的技術(shù)領(lǐng)導(dǎo)者。公司的 18,700 名員工為 100 多個(gè)國(guó)家的客戶(hù)提供服務(wù)。在 2011 財(cái)政年度，安捷倫的業(yè)務(wù)凈收入為66 億美元。要了解安捷倫科技的信息，請(qǐng)?jiān)L問(wèn)：www.agilent.com.cn。